体外抗增殖活性评估
评估LBH589对STS细胞系增殖和集落形成能力的影响。
用不同浓度LBH589处理HT1080、SK-LMS-1、SW872和U2197细胞,进行MTT实验和集落形成实验。
Panobinostat enhances NK cell cytotoxicity in soft tissue sarcoma.
包含体外细胞增殖与集落形成实验、转录组分析、流式检测、Western blot、ChIP-qPCR、体外共培养杀伤实验及小鼠体内移植瘤模型等多个证据层级。
HT1080纤维肉瘤细胞系 SK-LMS-1平滑肌肉瘤细胞系 NOD/SCID小鼠HT1080移植瘤模型 NK-92细胞系和原代NK细胞
LBH589处理浓度(0-20 nM)和时间(0-5天) NK细胞与靶细胞效靶比(12:1, 6:1, 3:1) Wnt/β-catenin抑制剂ICG001浓度(5 μM) 体内实验中LBH589给药剂量(10 mg/kg,每周一次)和NK-92细胞数量(5×10^6) NK细胞来源(NK-92细胞系及健康供者PBMCs分离的原代NK细胞)
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
评估LBH589对STS细胞系增殖和集落形成能力的影响。
用不同浓度LBH589处理HT1080、SK-LMS-1、SW872和U2197细胞,进行MTT实验和集落形成实验。
探索LBH589处理对STS细胞转录组的影响,寻找与免疫相关的信号通路。
LBH589或DMSO处理HT1080和SK-LMS-1细胞48小时,提取RNA进行RNA-seq,并通过GSEA和KEGG富集分析。
验证LBH589对MICA/MICB及ULBP等NKG2D配体表达的影响。
qRT-PCR检测mRNA表达,流式细胞术检测细胞表面MICA/MICB蛋白水平。
探究LBH589上调MICA/MICB的分子机制,特别是信号通路的变化。
Western blot检测PI3K/AKT、MAPK/ERK、JAK/STAT3和Wnt/β-catenin通路蛋白表达;使用通路抑制剂处理细胞,流式检测MICA/MICB水平;ChIP-qPCR检测β-catenin启动子组蛋白乙酰化。
评估LBH589处理的肉瘤细胞对NK细胞杀伤的敏感性,并验证Wnt通路的作用。
将LBH589或LBH589+ICG001预处理的靶细胞与NK-92或原代NK细胞共培养,通过LDH释放法检测细胞毒性。
在体内模型中验证LBH589联合NK-92细胞对肿瘤生长的抑制作用及MICA/MICB表达变化。
NOD/SCID小鼠皮下接种HT1080-LUC细胞,随机分为四组(PBS、LBH589、NK-92、联合),监测肿瘤生长并通过生物发光成像和免疫组化分析。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养 | DMEM培养基 | -- | -- |
| MEM α培养基 | procell | PM150421 | |
| β-巯基乙醇 | procell | PB180633 | |
| 马血清 | procell | 164215-100 | |
| 胎牛血清 | procell | 164210-500 | |
| 青霉素-链霉素 | procell | PB180120 | |
| 重组人白细胞介素-2 | -- | -- | |
| 细胞增殖检测 | MTT试剂 | BD Biosciences | -- |
| 二甲基亚砜 | -- | -- | |
| 分光光度酶标仪 | BioTek ELX 800 | -- | |
| 集落形成实验 | 结晶紫 | -- | -- |
| NK细胞分离 | Ficoll分离液 | -- | -- |
| NK细胞分离试剂盒 | Miltenyi Biotec | 130-092-657 | |
| NK细胞活化 | 重组人白细胞介素-15 | PeproTech | 200-15-10 |
| 重组人白细胞介素-2 | PeproTech | 200-02-50 | |
| Western blot | RIPA裂解液 | -- | -- |
| PVDF膜 | -- | -- | |
| ECL化学发光检测系统 | Thermo Fisher Scientific | 34095 | |
| 成像系统 | Bio-Rad | -- | |
| Western blot (antibody) | 抗MICA/MICB抗体 | Biolegend | 320906 |
| Western blot & IHC | 抗MICA/MICB抗体 | Abcam | ab224702 |
| Western blot (antibody) | 抗PI3K抗体 | CST | 4252S |
| 抗p-Akt抗体 | CST | 4060S | |
| 抗AKT抗体 | CST | 9272S | |
| 抗p-p38抗体 | CST | 4511S | |
| 抗ERK抗体 | CST | 4695S | |
| 抗p-Erk抗体 | CST | 4370S | |
| 抗JAK1抗体 | upstate | 06-665 | |
| 抗p-JAK1抗体 | upstate | 07-849 | |
| 抗Stat3抗体 | CST | 30835S | |
| 抗p-Stat3抗体 | CST | 9145S | |
| 抗β-catenin抗体 | CST | 8480s | |
| 抗vimentin抗体 | CST | 5741S | |
| 抗c-Jun抗体 | CST | 9165S | |
| 抗β-actin抗体 | CST | 3700S | |
| ChIP | 抗乙酰化组蛋白H3(Lys27)抗体 | CST | 8173S |
| RNA-seq | TRIzol试剂 | -- | -- |
| Illumina HiSeq 2500测序平台 | Illumina | -- | |
| qRT-PCR | TRIzol试剂 | Invitrogen | -- |
| NanoDrop分光光度计 | Thermo Scientific | -- | |
| 逆转录试剂盒 | Invitrogen | -- | |
| SYBR Green荧光染料 | -- | -- | |
| Bio-Rad CFX96实时荧光定量PCR仪 | Bio-Rad | -- | |
| 药物处理 | 帕比司他 | -- | -- |
| ICG001 | -- | -- | |
| 鲁索替尼 | -- | -- | |
| SB203580 | -- | -- | |
| LY294002 | -- | -- | |
| 细胞毒性检测 | CytoTox 96非放射性细胞毒性检测试剂盒 | -- | -- |
| ChIP | SYBR Green试剂盒 | Roche | -- |
| 动物实验 | NOD/SCID小鼠 | -- | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 细胞培养 | 细胞系来源(ATCC)、培养基(DMEM,10% FBS;MEMα,12.5%马血清,12.5%FBS,200 U/mL rhIL-2)、培养条件(37°C,5% CO2) 阅读提示:Materials and Methods, Cell lines |
| 体外药物处理 | LBH589浓度(0-20 nM)、处理时间(24小时至5天)、DMSO对照 阅读提示:Results, Figure 2; Materials and Methods, MTT assay, colony formation assay |
| NK细胞制备 | PBMCs分离(Ficoll密度梯度离心)、NK细胞分离试剂盒(Miltenyi Biotec, 130-092-657)、IL-15(50 ng/mL)和IL-2(200 U/mL)活化3天 阅读提示:Materials and Methods, Preparation of peripheral blood NK cells and activation |
| 体外杀伤实验 | 靶细胞预处理(LBH589 20 nM或ICG001 5 μM,24小时)、效靶比(12:1, 6:1, 3:1)、共培养时间4小时、LDH释放检测 阅读提示:Materials and Methods, Cytotoxicity assay; Results, Figure 5 |
| 体内实验 | 小鼠品系(NOD/SCID)、细胞接种(HT1080-LUC 皮下)、分组(PBS、LBH589、NK-92、联合)、LBH589剂量(10 mg/kg ip,每周一次)、NK-92细胞数量(5×10^6 iv)、治疗时间(第7、14、21天) 阅读提示:Materials and Methods, In Vivo Experiments; Results, Figure 6 |
| 机制验证 | ChIP实验(细胞数量5×10^6、LBH589处理24小时、抗体anti-acetyl-histone H3K27)、Western blot检测通路蛋白 阅读提示:Materials and Methods, Chromatin immunoprecipitation (Ch-IP) assays; Results, Figure 4 |