NRP1在PRV复制中的作用
验证NRP1是否影响PRV的复制,以及内源性NRP1的缺失是否影响病毒产生。
在RK13、HEK293T、Vero-E6细胞中过表达NRP1或使用siRNA敲低SK-N-SH细胞中的NRP1,感染PRV后检测病毒滴度和gB表达。
Neuropilin-1 Facilitates Pseudorabies Virus Replication and Viral Glycoprotein B Promotes Its Degradation in a Furin-Dependent Manner.
包含细胞模型(RK13、HEK293T、Vero-E6、LoVo、神经母细胞瘤细胞)、分子机制验证(Co-IP、BiFC、突变体、抑制剂)、病毒构建(CRISPR/Cas9)、体内小鼠模型(生存率、病毒载量、组织病理)等多层级实验。
RK13细胞 HEK293T细胞 Vero-E6细胞 小鼠模型
NRP1过表达或敲低对PRV复制的影响(TCID50、Western blot) NRP1对PRV吸附(4°C结合实验)和进入(NanoLuc报告病毒)的影响 NRP1与gB、gD、gH的相互作用(Co-IP、BiFC) gB介导的NRP1降解依赖溶酶体途径(CQ处理)及弗林蛋白酶切割(gB突变体) Δfurin PRV在小鼠中的毒力(生存率、病毒载量、H&E染色)
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
验证NRP1是否影响PRV的复制,以及内源性NRP1的缺失是否影响病毒产生。
在RK13、HEK293T、Vero-E6细胞中过表达NRP1或使用siRNA敲低SK-N-SH细胞中的NRP1,感染PRV后检测病毒滴度和gB表达。
评估NRP1是否为PRV的进入受体,并比较其与已知受体Nectin-1的作用。
在CHO细胞中表达NRP1或Nectin-1,感染表达NanoLuc的rPRVTJ-NLuc,检测荧光素酶活性。
确定NRP1促进PRV复制是否通过增强吸附和细胞间融合实现。
进行PRV吸附实验(4°C结合)和细胞间融合实验(共转染糖蛋白和EGFP或荧光素酶报告系统)。
验证NRP1是否与gB、gD、gH和gL直接相互作用,并明确是否依赖CendR基序。
在HEK293T细胞中共表达NRP1和各糖蛋白,通过Co-IP和BiFC检测相互作用;并用gB-FCS突变体验证相互作用是否依赖CendR。
阐明gB是否通过溶酶体或蛋白酶体途径促进NRP1降解,并评估对弗林蛋白酶切割的依赖性。
共转染gB和NRP1,使用溶酶体抑制剂CQ和蛋白酶体抑制剂MG132处理,检测NRP1水平;构建gB-FCS突变体并检测其降解NRP1能力。
评估gB中FCS敲除是否影响PRV在体外的复制和噬斑形成。
利用CRISPR/Cas9构建PRV gB-Δ500R、Δ500-501RA和Δfurin突变病毒,进行生长曲线和噬斑实验。
在体内评估gB FCS敲除对PRV毒力的影响。
用野生型及FCS突变PRV感染小鼠,监测生存率,检测组织病毒载量并进行H&E染色。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养 | DMEM培养基 | Gibco | -- |
| RPMI 1640培养基 | -- | -- | |
| 胎牛血清 | Excell | FND500 | |
| 转染 | jetPRIME转染试剂 | Polyplus Transfection | -- |
| RNA干扰 | Lipofectamine RNAiMAX转染试剂 | Invitrogen | -- |
| 免疫沉淀 | FLAG M2磁珠 | Sigma | -- |
| Western blot | PVDF膜 | Millipore | -- |
| BCA蛋白定量试剂盒 | Solarbio | -- | |
| Odyssey CLx成像系统 | LI-COR | -- | |
| 生化分析 | Nano-Glo荧光素酶检测系统 | Promega | -- |
| 荧光素酶检测系统 | Promega | -- | |
| DNA提取 | TIANamp基因组DNA提取试剂盒 | Tiangen | -- |
| RNA提取 | 总RNA提取试剂盒I | Tiangen | -- |
| 逆转录 | M-MLV逆转录酶 | TaKaRa | -- |
| 病毒DNA提取 | TIANamp病毒DNA/RNA提取试剂盒 | Tiangen | -- |
| 蛋白裂解 | RIPA裂解液 | Beyotime Biotechnology | -- |
| 蛋白酶抑制剂 | 完全蛋白酶抑制剂混合物 | Sigma-Aldrich | -- |
| 抑制剂处理 | 氯喹 | Sigma | -- |
| MG132 | Sigma | -- | |
| 抗体 | 抗β-actin抗体 | Proteintech | -- |
| 抗NRP1抗体(小鼠) | Proteintech | -- | |
| 抗NRP1抗体(兔) | CST | -- | |
| 抗PVRL1抗体(Nectin-1) | Proteintech | -- | |
| 抗Flag抗体 | Sigma | -- | |
| 抗HA抗体 | Sigma | -- | |
| 抗小鼠IgG-FITC抗体 | Sigma | -- | |
| Alexa Fluor 488二抗 | Invitrogen | -- | |
| Alexa Fluor 568二抗 | Invitrogen | -- | |
| 质粒构建 | KOD聚合酶 | Toyobo | -- |
| DpnI限制酶 | Thermo Fisher Scientific | -- | |
| 细胞培养 | SK-N-SH专用培养基 | Procell | CM-0214 |
| 细胞系 | SK-N-SH细胞系 | Procell | CL-0214 |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 细胞培养 | 所用细胞系及其培养条件,如RK13、HEK293T、Vero-E6、LoVo、SK-N-SH、SH-SY5Y等;培养基种类(DMEM、RPMI 1640、SK-N-SH专用培养基)和血清浓度(10% FBS)。 阅读提示:见Materials and Methods 'Cells, viruses, antibodies, and plasmids' |
| 病毒复制实验 | PRV感染MOI(0.1)、感染时间(24小时)、NRP1过表达或敲低方式、病毒滴度测定方法(TCID50)。 阅读提示:见Results 'NRP1 is a host factor that promotes PRV infection' 和对应图1图注 |
| 病毒进入实验 | CHO细胞、质粒转染量(0.5 μg)、rPRVTJ-NLuc感染量(1~4×106 PFU/well)、感染时间(6小时)。 阅读提示:见Materials and Methods 'PRV entry assay' 和Results对应部分 |
| 吸附实验 | 感染MOI(1)、4°C结合时间(2小时)、PBS洗涤次数(3次)、qPCR定量。 阅读提示:见Materials and Methods 'PRV attachment assay' 和Results对应部分 |
| 细胞间融合实验 | 共转染质粒量(NRP1 500 ng,EGFP 200 ng,糖蛋白各125 ng)、RK13或HEK293T细胞、荧光显微镜观察时间(36小时)、ImageJ分析。 阅读提示:见Materials and Methods 'Cell-to-cell fusion assay' 和Results对应部分 |
| 蛋白相互作用实验 | HEK293T细胞共转染质粒量(各1.5 μg)、免疫沉淀抗体(Flag)、洗涤条件。 阅读提示:见Materials and Methods 'Coimmunoprecipitation assay' |
| NRP1降解实验 | 抑制剂浓度(MG132 1 μM,CQ 50、100 μM)、处理时间(24小时)、gB剂量梯度。 阅读提示:见Materials and Methods 'gB promoted decreases in exogenous and endogenous NRP1' |
| 病毒突变体构建与体外特性 | CRISPR/Cas9构建方法、MOI(0.01)、时间点(12、24、48、72小时)、细胞类型(Vero、HEK293T、ST)。 阅读提示:见Materials and Methods 'Δfurin virus construction by the CRISPR system' 和 'Viral growth curves and plaque assays' |
| 小鼠感染实验 | 小鼠品系、性别(雌性)、周龄(6周)、每组数量(5只)、接种方式(肌内注射)、剂量(104 TCID50)、观察时间(15天)。 阅读提示:见Materials and Methods 'Challenge experiments with mice' |
| 组织病理与病毒载量检测 | H&E染色处理、组织类型(脾、肺、肾、脑)、qPCR检测病毒载量的方法。 阅读提示:见Materials and Methods 'H&E staining and viral load detection' |
| 统计分析 | 使用的统计方法(Student's t检验)、重复次数(至少3次独立重复)、显著性阈值(P<0.05)。 阅读提示:见Materials and Methods 'Statistical analysis' |