Fn14表达评估
验证Fn14在GBM组织和细胞系中的表达情况,以及其作为治疗靶点的可行性。
通过Oncomine和TCGA数据库进行生物信息学分析,IHC检测人脑胶质瘤组织芯片中Fn14表达,免疫荧光、Western blot和流式细胞术检测GBM细胞系中Fn14表达。
Fn14-targeted BiTE and CAR-T cells demonstrate potent preclinical activity against glioblastoma.
包含Fn14表达分析(IHC、WB、流式)、CRISPR敲除验证、体外2D/3D杀伤实验、细胞因子检测及PDX小鼠模型体内验证等多个独立证据层级,并有功能验证和机制验证。
GBM细胞系(U87、U251、A172、T98G) Fn14基因敲除U87和U251细胞(U87KO、U251KO) 患者来源的异种移植瘤(PDX)小鼠模型(NSG小鼠) 正常人肺成纤维细胞(HFL1)
Fn14在GBM组织和细胞系中高表达,在正常脑组织中不表达 Fn14×CD3 BiTE和CAR-T细胞的抗原特异性(对Fn14阴性细胞无杀伤) IL-15分泌增强CAR-T细胞增殖、存活和抗肿瘤活性 体内PDX模型中BiTE和CAR-T的给药方案(瘤内注射10ng BiTE,每周两次;1×10^7 CAR-T细胞静脉单次输注)
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
验证Fn14在GBM组织和细胞系中的表达情况,以及其作为治疗靶点的可行性。
通过Oncomine和TCGA数据库进行生物信息学分析,IHC检测人脑胶质瘤组织芯片中Fn14表达,免疫荧光、Western blot和流式细胞术检测GBM细胞系中Fn14表达。
构建Fn14×CD3 BiTE和Fn14 CAR-T细胞,并验证其特异性和功能。
利用CRISPR-Cas9敲除U87和U251中的Fn14,构建Fn14-mFc重组蛋白、Fn14×CD3 BiTE和Fn14 CAR-T(含或不含IL-15),通过SDS-PAGE验证蛋白,流式细胞术检测CAR表达。
评估Fn14×CD3 BiTE和CAR-T细胞对GBM细胞的杀伤活性。
将效应细胞与肿瘤细胞以不同效靶比共培养,使用荧光素酶法检测细胞毒性,也在3D球形模型中验证。
评估T细胞活化、增殖和细胞因子分泌。
通过流式检测CD69表达和CytoTell Red稀释来评估T细胞活化和增殖;收集培养基检测IFN-γ、TNF-α和IL-15的分泌。
在PDX小鼠模型中评估BiTE和CAR-T细胞的抗肿瘤效果。
建立颅内PDX模型,通过生物发光成像监测肿瘤生长,记录生存期,分析外周血中CAR-T细胞和细胞因子水平。
评估治疗后肿瘤组织中Fn14表达和T细胞浸润情况。
通过MRI和IHC检测肿瘤体积和T细胞浸润。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养 | DMEM培养基 | Gibco | -- |
| HFL1细胞培养基 | Procell | -- | |
| 免疫组织化学 | 抗CD3兔单克隆抗体 | Cell Signaling Technology | -- |
| 抗Fn14兔单克隆抗体 | Cell Signaling Technology | -- | |
| 正常山羊血清 | Boster | -- | |
| DAB显色液 | ZSGB-BIO | -- | |
| 基因敲除 | lentiCRISPR_v2载体 | Addgene | 52961 |
| 免疫荧光 | Cy3标记二抗 | Proteintech | -- |
| FITC标记二抗 | Proteintech | -- | |
| DAPI | Beyotime | -- | |
| Western blotting | RIPA裂解液 | Beyotime | -- |
| 蛋白酶抑制剂混合物 | Beyotime | -- | |
| BCA蛋白定量试剂盒 | Beyotime | -- | |
| 抗Fn14抗体 | Cell Signaling Technology | -- | |
| 抗α-微管蛋白抗体 | Cell Signaling Technology | -- | |
| 辣根过氧化物酶标记二抗 | Beyotime | -- | |
| Chemiscope 5300化学发光成像系统 | Clinx Science Instruments | -- | |
| 蛋白纯化 | Ni-NTA亲和层析柱 | -- | -- |
| Superdex 200 Increase 10/300 GL凝胶过滤柱 | GE | -- | |
| 载体构建 | 聚乙烯亚胺 | Sigma | -- |
| T细胞培养 | X-vivo培养基 | Lonza | -- |
| T细胞激活 | 抗CD3单克隆抗体OKT3 | BioLegend | -- |
| 抗CD28单克隆抗体CD28.2 | BioLegend | -- | |
| T细胞培养 | 重组人白细胞介素-2 | Life Science | -- |
| T细胞转导 | 聚凝胺 | Sigma | -- |
| 细胞毒性检测 | Infinite M200酶标仪 | Tecan | -- |
| 3D球形模型 | DMEM/F12培养基 | Gibco | -- |
| B27补充剂 | Gibco | -- | |
| 人重组表皮生长因子 | Sino Biological | -- | |
| 人重组成纤维细胞生长因子2 | Sino Biological | -- | |
| 肝素 | -- | -- | |
| T细胞增殖 | CytoTell Red | AAT Bioquest | -- |
| 细胞因子检测 | ELISA试剂盒 | BioLegend | -- |
| 流式细胞术 | Fc受体阻断剂 | Biolegend | -- |
| Annexin-V, 7-AAD | BD | -- | |
| 抗鼠IgG-FITC二抗 | BioLegend | -- | |
| 抗EGFR抗体C225 | -- | -- | |
| PE标记抗人IgG抗体 | BioLegend | -- | |
| 动物实验 | IVIS活体成像系统 | Caliper Life Sciences | -- |
| 统计分析 | GraphPad Prism 8.0 | -- | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 细胞培养 | GBM细胞系(U87, U251, A172, T98G)培养条件,HFL1培养基,血清和抗生素浓度。 阅读提示:Materials and methods - Cells and mice |
| Fn14表达检测 | IHC染色详细步骤、抗体稀释度、组织芯片的样本类型和数量。 阅读提示:Materials and methods - Immunohistochemistry (IHC) |
| CRISPR敲除 | gRNA序列、lentiCRISPR_v2载体、嘌呤霉素筛选浓度、验证方法(测序和FACS)。 阅读提示:Materials and methods - Knockout of Fn14 in U87 and U251 cell lines |
| BiTE和CAR-T构建 | scFv序列来源(P4A8),BiTE连接子序列,CAR结构(信号肽、铰链、跨膜、共刺激域),重组蛋白表达和纯化条件。 阅读提示:Materials and methods - Construction of Fn14-mFc recombinant protein and Fn14× CD3 BiTE; Construction of the CAR vector |
| 体外细胞毒性实验 | 效应细胞类型(NT、CD19 CAR-T、Fn14 CAR-T、Fn14 CAR-T/IL-15),靶细胞类型(U87、U251、U87KO、U251KO、HFL1),E:T比,孵育时间(12 h),细胞接种密度,BiTE浓度梯度(10^-4到1 μg/ml)。 阅读提示:Materials and methods - Cytotoxicity of Fn14× CD3 BiTE and Fn14-redirected CAR-T cells; Figure 4 |
| 细胞因子检测 | 共培养时间(24 h for IFN-γ/TNF-α, 24/48/72 h for IL-15),效靶比(1:4),ELISA试剂盒品牌。 阅读提示:Materials and methods - Cytokine production assays |
| 体内PDX模型 | 小鼠品系(NSG),年龄和性别(6-8周雌性),GBM细胞接种量(2×10^5),分组和样本量(n=4),给药方案(BiTE:5×10^5 T细胞+10ng BiTE瘤内注射,每2天一次,共4次;CAR-T:1×10^7细胞尾静脉单次),监测时间点(第7天开始,之后每2天或特定天数),肿瘤成像和生存期分析。 阅读提示:Materials and methods - Patient-derived xenografts (PDXs); Figure 5 |
| 流式分析 | 抗体克隆和荧光标记(CD3, CD4, CD8, CD45RO, CD62L, CD69, PD-1, TWEAK/Fn14),CAR检测抗体(C225),仪器(ACEA NovoCyte),分析软件(FlowJo 9.3.2)。 阅读提示:Materials and methods - Flow cytometry |