发现并验证血清生物标志物
筛选能够准确诊断胆道闭锁的血清生物标志物。
对20例样本进行DIA-MS蛋白质组学分析,并在包含110例BA、90例IHS和30例健康对照的验证队列中通过ELISA验证候选蛋白。
Polymeric immunoglobulin receptor promotes Th2 immune response in the liver by increasing cholangiocytes derived IL-33: a diagnostic and therapeutic biomarker of biliary atresia.
包含患者样本、三种小鼠模型(轮状病毒、BDL、CCL4)和体外培养人胆管上皮细胞,并通过siRNA和腺病毒体内干预进行了功能验证和机制验证。
胆道闭锁患者肝组织和血清样本 轮状病毒诱导的胆道闭锁小鼠模型 人肝内胆管上皮细胞系BECs 胆管结扎小鼠模型和CCl4诱导肝纤维化小鼠模型
用于诊断评估的患者队列,包括121例BA、90例IHS和39例健康对照,血清样本采集于初次就诊时 PIGR沉默使用化学修饰siRNA,剂量为0.5 nmol/g腹腔注射,隔日一次从第3天至第11天 PIGR过表达使用腺病毒表达载体,剂量为1×10^8 PFU腹腔注射,在第2、6、10天给药 在BECs中PIGR沉默使用siRNA序列GACAGACATTAGCATGTCA,浓度为50 nmol/mL BA小鼠模型中,外源性IL-33补充剂量为50 ng重组小鼠IL-33蛋白腹腔注射,每日一次从第3天至第11天
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
筛选能够准确诊断胆道闭锁的血清生物标志物。
对20例样本进行DIA-MS蛋白质组学分析,并在包含110例BA、90例IHS和30例健康对照的验证队列中通过ELISA验证候选蛋白。
确定PIGR在胆道闭锁患者肝组织及实验小鼠模型中的表达定位和水平。
通过免疫荧光和RT-qPCR检测BA患者肝和胆管活检样本中PIGR表达;建立三种小鼠模型(RRV、BDL、CCL4)检测肝脏PIGR表达。
探讨炎症因子对胆管上皮细胞PIGR表达的调控作用及机制。
用IL-1β、TNF-α、IFN-γ、IL-4、TGF-β刺激培养的人胆管上皮细胞,检测PIGR表达;使用NF-κB抑制剂PDTC预处理以验证通路。
验证PIGR在胆道闭锁小鼠模型中对症状、炎症和纤维化的影响。
在RRV诱导的BA小鼠模型中,通过腹腔注射siRNA沉默PIGR,或注射腺病毒过表达PIGR,观察体重、存活率、血清生化、肝组织学及Th2细胞比例。
阐明PIGR促进Th2炎症的分子机制。
通过RNA-seq分析PIGR过表达BECs的差异基因;在细胞和小鼠模型中检测IL-33表达;补充外源性IL-33验证其对Th2炎症的诱导作用。
研究PIGR对胆管上皮细胞增殖、凋亡和上皮-间质转化的影响。
在培养的人胆管上皮细胞中沉默或过表达PIGR,检测细胞活力、凋亡率及EMT标志物表达。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 蛋白质组学 | 数据非依赖采集质谱仪 | -- | -- |
| ELISA | ELISA试剂盒 | Camilo Biological | -- |
| 细胞因子检测 | Bio-Plex 小鼠细胞因子23重检测试剂盒 | BIO-RAD | M60009RDPD |
| Luminex检测 | Luminex-X200仪器 | Merck | -- |
| 蛋白定量 | BCA蛋白定量试剂盒 | Epizyme | ZJ101 |
| RNA提取 | Steady-Pure RNA提取试剂盒 | Accurate-Biotechnology | AG21017 |
| RNA质量检测 | 安捷伦2100生物分析仪 | Agilent Technologies | -- |
| RNA测序文库构建 | NEB Next Ultra RNA文库制备试剂盒(Illumina) | New England Biolabs | NEB #7530 |
| RNA测序 | Illumina Novaseq6000测序仪 | Illumina | -- |
| RT-qPCR | SYBR Premix Pro Taq试剂盒 | Accurate-Biotechnology | AG11701 |
| 7500实时荧光定量PCR仪 | Applied Biosystems | -- | |
| 蛋白提取 | 蛋白提取试剂盒 | Solarbio | BC3710 |
| Western blot SDS-PAGE | 10% SDS-PAGE凝胶试剂盒 | Epizyme | PG112 |
| 蛋白成像 | Amersham-Imager-680成像仪 | General Electric Company | -- |
| Western blot抗体 | 抗PIGR抗体 | Beyotime | AF7746 |
| 抗E-cadherin抗体 | Proteintech | 20874 | |
| 抗平滑肌肌动蛋白抗体 | Proteintech | 14395 | |
| 抗GAPDH抗体 | Abcam | ab9485 | |
| 抗β-微管蛋白抗体 | Proteintech | 10068 | |
| 山羊抗兔IgG-HRP | Abcam | ab6721 | |
| 免疫荧光 | 抗细胞角蛋白19抗体 | Proteintech | 60187 |
| 抗白细胞介素33抗体 | Proteintech | 66235 | |
| 免疫荧光二抗 | CoraLite594偶联山羊抗兔IgG (H+L) | Proteintech | SA00013-4 |
| 异硫氰酸荧光素偶联山羊抗小鼠IgG (H+L) | Proteintech | SA0003-1 | |
| 免疫荧光核染色 | DAPI溶液 | Servicebio | 1012 |
| 免疫荧光三重染色 | TSA Plus荧光三重标记四色染色试剂盒 | Servicebio | G1236 |
| 细胞培养 | 人肝内胆管上皮细胞 | ScienCell | 5100 |
| RPMI 1640培养基 | Pricella Life Science & Technology Co., Ltd | PM150110 | |
| 胎牛血清 | Pricella | 164210 | |
| 细胞处理 | 重组人IL-1β蛋白 | R&D system | 201-LB |
| 重组人TNF-α蛋白 | R&D system | 10291-TA | |
| 重组人IFN-γ蛋白 | R&D system | 285-IF | |
| 重组人IL-4蛋白 | R&D system | 204-IL | |
| 重组人TGF-β蛋白 | R&D system | 7754-BH | |
| 细胞增殖检测 | CCK-8溶液 | Sangon Biotech | 606335 |
| 细胞凋亡检测 | Annexin V-FITC/PI凋亡检测试剂盒 | Biosharp | BL110A |
| 流式细胞术 | FACS-Canto-Ⅱ流式细胞仪 | BD Biosciences | -- |
| 淋巴细胞分离 | 小鼠组织淋巴细胞分离试剂盒 | Solarbio | P8870 |
| 流式抗体 | CD3单克隆抗体-FITC | eBioscience | 110032 |
| CD4单克隆抗体-PE | eBioscience | 120041 | |
| IL-4单克隆抗体-APC | eBioscience | 177041 | |
| 流式同型对照 | 大鼠IgG2b kappa同型对照-FITC | eBioscience | 114031 |
| 大鼠IgG2b kappa同型对照-PE | eBioscience | 124031 | |
| 大鼠IgG1 kappa同型对照-APC | eBioscience | 174301 | |
| 动物模型 | 恒河猴轮状病毒(MMU18006) | American Type Culture Collection | -- |
| 体内基因沉默 | 2OMe + 5Chol修饰的小干扰RNA | Ribo Bio | -- |
| 体内基因过表达 | pcADV-EF1-CMV-Pigr腺病毒表达载体 | OBIO technology | -- |
| 体内基因过表达对照 | pcADV-EF1-CMV-MCS对照载体 | OBIO | -- |
| 体内补充IL-33 | 重组小鼠IL-33蛋白 | R&D system | 3626-ML |
| 血清生化检测 | 比色法检测试剂盒 | Elabscience | K760, K761, K235, K236, K126 |
| HE染色 | HE染色试剂盒 | Solarbio | G1120 |
| Masson染色 | Masson三色染色试剂盒 | Solarbio | G1340 |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 患者队列 | 纳入标准:BA患者年龄≤90天,排除其他病因;血清样本于首次就诊时采集;验证队列包含110例BA、90例IHS、30例HC。 阅读提示:Methods: Patient cohorts and samples |
| 轮状病毒诱导BA小鼠模型 | 新生BALB/c小鼠出生第1天内腹腔注射1.5×10^6 PFU RRV(MMU18006);对照组注射等量生理盐水。 阅读提示:Methods: Animal models |
| PIGR沉默 | 2OMe+5Chol修饰siRNA剂量0.5 nmol/g腹腔注射,隔日一次从第3天至第11天;对照组使用阴性对照siRNA。 阅读提示:Methods: Animal models; Fig. 4A |
| PIGR过表达 | 腺病毒表达载体剂量1×10^8 PFU腹腔注射,第2、6、10天;对照组使用控制载体。 阅读提示:Methods: Animal models; Fig. 5A |
| 细胞培养和刺激 | BECs培养于含10% FBS的RPMI 1640;细胞因子处理浓度10 ng/mL;PDTC浓度100 μmol/mL。 阅读提示:Methods: Cell culture |
| BECs中PIGR沉默和过表达 | siRNA序列GACAGACATTAGCATGTCA,浓度50 nmol/mL;过表达使用pcSlenti-CMV-PIGR-3FLAG-PGK-Puro-WPRE载体。 阅读提示:Methods: Cell culture |
| Th2细胞检测 | 肝淋巴细胞分离后,使用CD3-FITC、CD4-PE、IL-4-APC抗体染色,流式检测Th2(CD3+CD4+IL4+)细胞比例。 阅读提示:Methods: Flow cytometric analysis of lymphocytes in mouse liver |