人类流行病学关联分析
探究当地温度波动与肌少症患病率的相关性
使用CHARLS 2013数据库,纳入5737名60岁以上参与者,评估肌少症状态,收集124个城市的气象数据,计算mDTR和DTR15%,进行相关性分析。
Augmented temperature fluctuation aggravates muscular atrophy through the gut microbiota.
包含人类流行病学关联分析,小鼠温度波动模型、菌群移植、代谢物干预和菌群补充的多层级验证,以及体外细胞机制研究。
12月龄雄性C57BL/6J小鼠 C2C12肌管细胞 CHARLS 2013队列(5737名60岁以上参与者)
温度波动范围:10–25°C,白天25°C(8:00am-8:00pm),夜间10°C(8:00pm-8:00am),持续12周 菌群移植:抗生素预处理1周,每周3次灌胃菌群悬液,持续8周 α-AA处理:浓度500mg/kg/d,饮用水给药,持续4周 Eubacterium补充:浓度1×10^9 cfu/ml,每次100μl,每周2次灌胃,持续4周
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
探究当地温度波动与肌少症患病率的相关性
使用CHARLS 2013数据库,纳入5737名60岁以上参与者,评估肌少症状态,收集124个城市的气象数据,计算mDTR和DTR15%,进行相关性分析。
验证温度波动对肌肉萎缩和功能的影响
12月龄雄性小鼠分为RT(25°C)、LT(10°C)和FT(10-25°C波动)三组,暴露12周,进行运动能力测试、肌肉质量和纤维分析。
探讨温度波动对肠道菌群组成的影响
对RT、LT、FT组小鼠粪便进行16S rDNA测序和宏基因组测序,分析α/β多样性、菌群组成和差异菌属。
验证温度波动改变的菌群是否介导肌肉功能障碍
12月龄小鼠经抗生素处理1周后,接受来自RT、LT、FT小鼠的粪便悬液灌胃,每周3次,持续8周,评估肌肉功能。
寻找菌群与肌肉线粒体功能障碍之间的代谢物中介
基于宏基因组KEGG通路分析,发现赖氨酸降解通路显著富集,检测循环中赖氨酸和氨基己二酸水平,并用α-AA处理小鼠验证表型。
验证α-AA是否通过抑制线粒体自噬损害线粒体功能
C2C12肌管细胞经α-AA处理,检测自噬/线粒体自噬标志物、线粒体功能,并通过Park2过表达验证恢复效应。
验证补充Eubacterium是否能缓解温度波动诱导的肌肉萎缩
12月龄小鼠在温度波动环境中8周后,口服Eubacterium悬液或PBS,每周2次,持续4周,评估肌肉功能。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 动物实验 | 氯喹 | Sigma-Aldrich | -- |
| 代谢物处理 | α-氨基己二酸 | MedChemExpress | HY-113328 |
| 细胞培养 | DMEM培养基 | Gibco | -- |
| 胎牛血清 | Gibico | -- | |
| 青霉素-链霉素 | Procell | -- | |
| ROS测定 | DCFH-DA荧光探针 | Beyotime | S0033S |
| ATP测定 | ATP检测试剂盒 | Beyotime | S0027 |
| 线粒体膜电位检测 | JC-1探针 | Beyotime | C2006 |
| TMRE探针 | Beyotime | C2001S | |
| 线粒体提取 | 线粒体提取试剂盒 | Beyotime | C3606 |
| RNA提取 | TRIzol试剂 | Invitrogen | -- |
| RT-qPCR | 逆转录试剂盒 | Takara | -- |
| ABI QuantStudio3实时荧光定量PCR仪 | -- | -- | |
| Western blot | RIPA裂解液 | Biosharp | -- |
| PVDF膜 | Millipore | -- | |
| P62抗体 | CST | 5114 | |
| LC3B抗体 | CST | 2775 | |
| PARK2抗体 | Proteintech | 14060-1-AP | |
| 泛素抗体 | CST | 3933 | |
| TFAM抗体 | Santa Cruz | sc-166965 | |
| PGC1α抗体 | Santa Cruz | sc-518025 | |
| MFN1抗体 | Santa Cruz | sc-166644 | |
| OPA1抗体 | Santa Cruz | sc-393296 | |
| 磷酸化mTOR抗体 | CST | 5536 | |
| mTOR抗体 | CST | 2983 | |
| TNFα抗体 | Santa Cruz | sc-52746 | |
| IL6抗体 | Santa Cruz | sc-28343 | |
| GAPDH抗体 | OriGene | TA802519 | |
| 二抗 | Invitrogen | 31430, 31460 | |
| Western ECL底物 | BioRad | -- | |
| 组织化学染色 | SDH溶液 | Solarbio | -- |
| BODIPY染料 | Invitrogen | -- | |
| 自噬流检测 | MitoTracker线粒体染料 | Beyotime | C1049B |
| TEM | 透射电子显微镜 | Hitachi | -- |
| 代谢监测 | 血糖仪 | Sinocare | -- |
| 胰岛素检测 | ELISA试剂盒 | CUSABIO | CSB-E05071m |
| 激素检测 | 皮质醇ELISA试剂盒 | CUSABIO | CSB-E05113m |
| 血管加压素ELISA试剂盒 | CUSABIO | CSB-E09272m | |
| 16S rDNA测序 | Tks Gflex DNA聚合酶 | Takara | -- |
| AMPure XP磁珠 | Beckman | -- | |
| Illumina NovaSeq6000测序仪 | Illumina | -- | |
| 宏基因组测序 | TruSeq Nano DNA文库制备试剂盒 | Illumina | -- |
| Illumina MiSeq测序仪 | Illumina | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 人类流行病学分析 | 样本量、纳入排除标准、肌少症诊断标准、mDTR和DTR15%计算、相关性分析方法 阅读提示:Methods中Human data analysis部分 |
| 小鼠温度波动模型 | 小鼠品系、月龄、性别、温度范围、暴露时长、分组设置(RT/LT/FT)、每组动物数 阅读提示:Methods中Fluctuated temperature treatment部分及图2a |
| 粪便菌群分析 | 测序方法(16S rDNA和宏基因组)、各组样本量、生物信息学分析流程 阅读提示:Methods中16S rDNA sequencing和Metagenome sequencing部分 |
| 粪便菌群移植 | 抗生素配方及预处理时间、菌群悬液制备、灌胃频率和时长、受体小鼠条件 阅读提示:Methods中Feces microbiota transplantation部分 |
| α-AA处理 | α-AA浓度、给药方式和时长、小鼠周龄 阅读提示:Methods中α-AA treatment部分 |
| Eubacterium补充 | 菌株培养条件、灌胃浓度和体积、给药频率和时长、温度波动背景 阅读提示:Methods中Eubacterium culture and oral supplementation部分 |
| 体外细胞实验 | 细胞系、培养条件、分化方法、α-AA浓度和处理时间、线粒体功能检测方法 阅读提示:Methods中Cell culture和 Measurement of ROS level, ATP content, and mitochondrial membrane potential部分 |