基于综合生物信息学和体外研究鉴定PSMD2作为胰腺癌患者有前景的生物标志物

Identification of PSMD2 as a promising biomarker for pancreatic cancer patients based on comprehensive bioinformatics and in vitro studies.

作者信息Xiuxue Feng, Qiang Liu, Huikai Li, Jing Yang, Enqiang Linghu
PMID39634424
期刊Heliyon
发布时间2024-11-05
DOI10.1016/j.heliyon.2024.e40117

实验完整度

包含TCGA等数据库的生物信息学分析,以及细胞系中的功能实验(敲低/过表达、增殖、凋亡、药物敏感性)和机制验证(AKT/mTOR通路),但缺乏动物实验和患者样本验证。

主要模型

胰腺癌细胞系MIA PaCa-2(MIA) 胰腺癌细胞系PANC-1 胰腺癌患者样本(TCGA队列)

重点核对

PSMD2在MIA和PANC-1细胞中的敲低和过表达效率(通过Western blot和RT-qPCR验证) AKT/mTOR通路关键蛋白(AKT、S6)的磷酸化水平 AKT抑制剂MK-2206的处理浓度和时间(10 μM,48小时) 吉西他滨处理浓度和时间(72小时)及细胞活力检测(CCK-8)

摘要

背景:胰腺癌患者的治疗选择有限,预后极差。蛋白酶体26S亚基非ATP酶(PSMDs)的失调导致多种癌症的发生发展,而PSMDs在胰腺癌中的意义知之甚少。在本研究中,我们旨在探讨PSMDs在胰腺癌中的治疗潜力。方法:基于TCGA数据库,分析了胰腺癌患者中PSMDs的表达。采用多变量Cox回归和Kaplan-Meier生存分析探讨PSMDs的预后价值。还评估了PSMD2/14的表达与免疫细胞浸润、免疫检查点基因表达、信号通路富集以及化疗敏感性的相关性。通过敲低和过表达实验探讨PSMD2/14的生物学功能。采用免疫印迹检测PSMD2的下游信号通路。结果:除PSMD5和PSMD6外,大多数PSMDs在胰腺癌组织中显著上调。肿瘤分级较高的患者PSMD1/2/5/7/8/11/12/14的mRNA水平升高。生存和多变量Cox回归分析表明,PSMD2和PSMD14是预后较差的生物标志物。PSMD2和PSMD14的高表达与免疫检查点基因水平正相关,但与特定免疫细胞类型的浸润无关。体外敲低PSMD2(而非PSMD14)可增加MIA细胞的凋亡、吉西他滨的毒性并抑制其生长能力。相反,在PSMD2过表达的PANC-1细胞中观察到凋亡减少和吉西他滨敏感性降低以及细胞增殖能力加速。机制上,PSMD2激活AKT/mTOR信号通路,这与KEGG和GSEA分析的结果一致。AKT特异性抑制剂MK-2206在PSMD2高表达的MIA和PANC-1细胞中表现出更高的细胞毒性。重要的是,MK-2206在很大程度上逆转了PSMD2对PANC-1细胞生长和增殖的致癌功能。结论:总之,我们的研究对胰腺癌中的PSMDs进行了全面的生物信息学分析。我们确定PSMD2通过激活AKT/mTOR通路在胰腺癌中发挥促肿瘤蛋白的作用。PSMD2的过表达可能是预测胰腺癌患者对AKT抑制剂治疗反应的潜在生物标志物。

实验结论

提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。

研究问题
PSMDs在胰腺癌中的表达、预后价值及其生物学功能和潜在机制是什么?
核心机制
PSMD2通过激活AKT/mTOR信号通路促进胰腺癌细胞的增殖、抑制凋亡,并降低对吉西他滨的敏感性。
主要证据
体外实验显示,敲低PSMD2抑制MIA细胞生长并增加凋亡和吉西他滨毒性,过表达PSMD2则促进PANC-1细胞增殖并降低凋亡;Western blot证实PSMD2增强AKT和S6的磷酸化;AKT抑制剂MK-2206可逆转PSMD2的作用。
研究意义
PSMD2过表达可能作为预测胰腺癌患者对AKT抑制剂(如MK-2206)和化疗药物(如吉西他滨)治疗反应的潜在生物标志物,为胰腺癌的靶向治疗提供新线索。

研究路径

按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。

1

生物信息学分析PSMDs表达和预后

评估PSMDs在胰腺癌中的表达差异和预后价值,筛选关键分子。

利用GEPIA和UALCAN数据库分析PSMD1-14在胰腺癌组织和正常组织中的mRNA表达及其与肿瘤分级的关系;通过Kaplan-Meier生存分析和多变量Cox回归评估预后价值。

2

免疫微环境与化疗敏感性关联分析

探索PSMD2/14与免疫细胞浸润、免疫检查点基因表达及化疗药物敏感性的相关性。

基于TIMER2数据库和TCGA数据,利用CIBERSORT分析免疫细胞浸润,分析PSMD2/14与免疫检查点基因表达的相关性;基于GDSC数据库分析PSMD2/14表达与化疗药物IC50的关系。

3

细胞功能实验验证PSMD2的作用

验证PSMD2对胰腺癌细胞增殖、凋亡和化疗敏感性的影响。

在MIA细胞中敲低PSMD2,在PANC-1细胞中过表达PSMD2,通过CCK-8、集落形成、流式细胞术检测细胞活力、增殖、凋亡及对吉西他滨的敏感性。

4

机制验证:AKT/mTOR通路

探究PSMD2调控胰腺癌细胞生长的分子机制。

通过Western blot检测AKT和S6的磷酸化水平,并使用AKT抑制剂MK-2206处理细胞,观察细胞活力和集落形成能力的变化。

研究方法

按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。

产品清单

实验环节名称品牌货号
杜氏改良Eagle培养基Hyclone--
Leibovitz's L-15培养基Procell--
胎牛血清Gibco--
青霉素/链霉素Procell--
马血清Procell--
RNAiMAX转染试剂Invitrogen--
pCDH载体----
psPAX2包装质粒----
pMD2.G包膜质粒----
聚凝胺----
RIPA裂解液Beyotime--
PSMD2抗体Proteintech14748-1-AP
磷酸化AKT抗体Cell Signaling4060
AKT抗体Cell Signaling2938
磷酸化S6抗体Cell Signaling2211
S6抗体Cell Signaling2217
β-肌动蛋白抗体Proteintech81115-1-RR
二抗ProteintechSA00001-2
SuperSignal West Pico PLUS化学发光底物Thermo Fisher Scientific--
Trizol试剂Invitrogen15596026CN
M-MLV逆转录酶PromegaM1701
qPCR预混液Servicebio BiotechG3325-01
细胞计数试剂盒-8BeyotimeC0039
PI和Annexin V染色试剂盒BeyotimeC1062L
流式细胞仪Beckman--
GraphPad Prism 8.0软件----

关键环节

汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。

环节核对要点
生物信息学分析
PSMDs表达分析所用数据库(GEPIA、UALCAN)、样本量(癌症组织179例、正常组织171例)、分组依据(中位值)
阅读提示:Methods 2.1节及Results 3.1节
细胞培养
细胞系(MIA、PANC-1)来源、培养基(DMEM、L-15)、血清浓度(10% FBS,MIA额外2.5%马血清)、培养条件(37°C,5% CO2)
阅读提示:Methods 2.2节
基因敲低
siRNA序列(siCtrl、siPSMD2#1、siPSMD2#2)、转染试剂(RNAiMAX)、转染条件
阅读提示:Methods 2.3节
基因过表达
过表达载体(pCDH)、包装质粒(psPAX2、pMD2.G)、包装细胞(293FT)、感染条件(Polybrene)
阅读提示:Methods 2.4节
蛋白质印迹
抗体信息(品牌、货号、稀释比例)、蛋白上样量(40-70 μg)、封闭条件(5%脱脂牛奶)
阅读提示:Methods 2.5节
RT-qPCR
引物序列(PSMD2、PSMD14、PD-L1、PD-L2、IDO1、GAPDH)、逆转录酶(M-MLV)、qPCR mix
阅读提示:Methods 2.6节
细胞增殖和活力
细胞接种密度(CCK-8:3000细胞/孔;集落形成:MIA 1000细胞/孔,PANC-1 500细胞/孔)、检测时间(CCK-8孵育3小时;集落形成5-7天)
阅读提示:Methods 2.7和2.8节
凋亡检测
染色试剂(PI+Annexin V)、仪器(流式细胞仪)
阅读提示:Methods 2.9节
药物处理
吉西他滨浓度(梯度)和处理时间(72小时);MK-2206浓度(梯度,10 μM)和处理时间(48小时或不同时间)
阅读提示:Methods 及Results 3.6和3.7节