生物信息学分析PSMDs表达和预后
评估PSMDs在胰腺癌中的表达差异和预后价值,筛选关键分子。
利用GEPIA和UALCAN数据库分析PSMD1-14在胰腺癌组织和正常组织中的mRNA表达及其与肿瘤分级的关系;通过Kaplan-Meier生存分析和多变量Cox回归评估预后价值。
Identification of PSMD2 as a promising biomarker for pancreatic cancer patients based on comprehensive bioinformatics and in vitro studies.
包含TCGA等数据库的生物信息学分析,以及细胞系中的功能实验(敲低/过表达、增殖、凋亡、药物敏感性)和机制验证(AKT/mTOR通路),但缺乏动物实验和患者样本验证。
胰腺癌细胞系MIA PaCa-2(MIA) 胰腺癌细胞系PANC-1 胰腺癌患者样本(TCGA队列)
PSMD2在MIA和PANC-1细胞中的敲低和过表达效率(通过Western blot和RT-qPCR验证) AKT/mTOR通路关键蛋白(AKT、S6)的磷酸化水平 AKT抑制剂MK-2206的处理浓度和时间(10 μM,48小时) 吉西他滨处理浓度和时间(72小时)及细胞活力检测(CCK-8)
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
评估PSMDs在胰腺癌中的表达差异和预后价值,筛选关键分子。
利用GEPIA和UALCAN数据库分析PSMD1-14在胰腺癌组织和正常组织中的mRNA表达及其与肿瘤分级的关系;通过Kaplan-Meier生存分析和多变量Cox回归评估预后价值。
探索PSMD2/14与免疫细胞浸润、免疫检查点基因表达及化疗药物敏感性的相关性。
基于TIMER2数据库和TCGA数据,利用CIBERSORT分析免疫细胞浸润,分析PSMD2/14与免疫检查点基因表达的相关性;基于GDSC数据库分析PSMD2/14表达与化疗药物IC50的关系。
验证PSMD2对胰腺癌细胞增殖、凋亡和化疗敏感性的影响。
在MIA细胞中敲低PSMD2,在PANC-1细胞中过表达PSMD2,通过CCK-8、集落形成、流式细胞术检测细胞活力、增殖、凋亡及对吉西他滨的敏感性。
探究PSMD2调控胰腺癌细胞生长的分子机制。
通过Western blot检测AKT和S6的磷酸化水平,并使用AKT抑制剂MK-2206处理细胞,观察细胞活力和集落形成能力的变化。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养 | 杜氏改良Eagle培养基 | Hyclone | -- |
| Leibovitz's L-15培养基 | Procell | -- | |
| 胎牛血清 | Gibco | -- | |
| 青霉素/链霉素 | Procell | -- | |
| 马血清 | Procell | -- | |
| 基因敲低 | RNAiMAX转染试剂 | Invitrogen | -- |
| 基因过表达 | pCDH载体 | -- | -- |
| psPAX2包装质粒 | -- | -- | |
| pMD2.G包膜质粒 | -- | -- | |
| 聚凝胺 | -- | -- | |
| 蛋白质印迹 | RIPA裂解液 | Beyotime | -- |
| PSMD2抗体 | Proteintech | 14748-1-AP | |
| 磷酸化AKT抗体 | Cell Signaling | 4060 | |
| AKT抗体 | Cell Signaling | 2938 | |
| 磷酸化S6抗体 | Cell Signaling | 2211 | |
| S6抗体 | Cell Signaling | 2217 | |
| β-肌动蛋白抗体 | Proteintech | 81115-1-RR | |
| 二抗 | Proteintech | SA00001-2 | |
| SuperSignal West Pico PLUS化学发光底物 | Thermo Fisher Scientific | -- | |
| RT-qPCR | Trizol试剂 | Invitrogen | 15596026CN |
| M-MLV逆转录酶 | Promega | M1701 | |
| qPCR预混液 | Servicebio Biotech | G3325-01 | |
| 细胞活力检测 | 细胞计数试剂盒-8 | Beyotime | C0039 |
| 凋亡检测 | PI和Annexin V染色试剂盒 | Beyotime | C1062L |
| 流式细胞仪 | Beckman | -- | |
| 统计分析 | GraphPad Prism 8.0软件 | -- | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 生物信息学分析 | PSMDs表达分析所用数据库(GEPIA、UALCAN)、样本量(癌症组织179例、正常组织171例)、分组依据(中位值) 阅读提示:Methods 2.1节及Results 3.1节 |
| 细胞培养 | 细胞系(MIA、PANC-1)来源、培养基(DMEM、L-15)、血清浓度(10% FBS,MIA额外2.5%马血清)、培养条件(37°C,5% CO2) 阅读提示:Methods 2.2节 |
| 基因敲低 | siRNA序列(siCtrl、siPSMD2#1、siPSMD2#2)、转染试剂(RNAiMAX)、转染条件 阅读提示:Methods 2.3节 |
| 基因过表达 | 过表达载体(pCDH)、包装质粒(psPAX2、pMD2.G)、包装细胞(293FT)、感染条件(Polybrene) 阅读提示:Methods 2.4节 |
| 蛋白质印迹 | 抗体信息(品牌、货号、稀释比例)、蛋白上样量(40-70 μg)、封闭条件(5%脱脂牛奶) 阅读提示:Methods 2.5节 |
| RT-qPCR | 引物序列(PSMD2、PSMD14、PD-L1、PD-L2、IDO1、GAPDH)、逆转录酶(M-MLV)、qPCR mix 阅读提示:Methods 2.6节 |
| 细胞增殖和活力 | 细胞接种密度(CCK-8:3000细胞/孔;集落形成:MIA 1000细胞/孔,PANC-1 500细胞/孔)、检测时间(CCK-8孵育3小时;集落形成5-7天) 阅读提示:Methods 2.7和2.8节 |
| 凋亡检测 | 染色试剂(PI+Annexin V)、仪器(流式细胞仪) 阅读提示:Methods 2.9节 |
| 药物处理 | 吉西他滨浓度(梯度)和处理时间(72小时);MK-2206浓度(梯度,10 μM)和处理时间(48小时或不同时间) 阅读提示:Methods 及Results 3.6和3.7节 |