ZSCAN16表达分析
验证ZSCAN16在HCC组织和细胞系中的表达水平及其与预后的关系
利用GEO数据集分析差异表达基因,通过UALCAN和Kaplan-Meier Plotter分析表达和预后,并用RT-qPCR和IHC检测临床样本和细胞系中ZSCAN16表达。
ZSCAN16 expedites hepatocellular carcinoma progression via activating TBC1D31.
包含临床样本表达检测、体外细胞功能实验、体内裸鼠移植瘤模型,以及ChIP-qPCR和双荧光素酶报告基因等机制验证,功能验证与机制验证相互补充。
HCC细胞系Hep3B和PLC/PRF/5 正常肝细胞系THLE-2 裸鼠异种移植瘤模型(BALB/c nude mice) HCC患者肿瘤及癌旁组织样本
ZSCAN16和TBC1D31在HCC组织和细胞系中的表达水平 慢病毒介导的ZSCAN16敲低效率(sh-ZSCAN16 vs sh-Scramble) TBC1D31过表达对ZSCAN16敲低效应的逆转作用 ChIP-qPCR和双荧光素酶实验验证ZSCAN16对TBC1D31启动子的结合和转录激活 体内实验中Hep3B细胞皮下注射的细胞数量(2×10^6)和监测周期(32天)
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
验证ZSCAN16在HCC组织和细胞系中的表达水平及其与预后的关系
利用GEO数据集分析差异表达基因,通过UALCAN和Kaplan-Meier Plotter分析表达和预后,并用RT-qPCR和IHC检测临床样本和细胞系中ZSCAN16表达。
评估ZSCAN16敲低对HCC细胞增殖、迁移、侵袭和凋亡的影响
使用慢病毒sh-ZSCAN16感染Hep3B和PLC/PRF/5细胞,进行集落形成、迁移、侵袭、TUNEL、流式细胞术和Western blot等实验。
验证ZSCAN16敲低对裸鼠皮下移植瘤生长的影响
将sh-ZSCAN16处理的Hep3B细胞皮下注射到裸鼠,监测肿瘤体积和重量,并通过IHC和TUNEL检测相关蛋白和凋亡。
确定ZSCAN16的下游靶基因,并验证TBC1D31是否受ZSCAN16转录调控
通过数据库预测和实验验证,使用RT-qPCR检测TBC1D31表达,ChIP-qPCR和双荧光素酶实验验证ZSCAN16与TBC1D31启动子的结合。
验证TBC1D31过表达是否能逆转ZSCAN16敲低对HCC细胞恶性行为的影响
在sh-ZSCAN16处理的HCC细胞中过表达TBC1D31,通过CCK-8、迁移、侵袭、凋亡和Western blot检测表型变化。
验证TBC1D31过表达在体内逆转ZSCAN16敲低对肿瘤生长的影响
将共处理的Hep3B细胞注射到裸鼠,监测肿瘤体积和重量,并通过IHC检测相关蛋白表达和凋亡。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养 | MEM培养基 | Procell | PM150410 |
| Eagle's MEM培养基 | ATCC | 30-2003 | |
| BEGM培养基 | Lonza | CC-3170 | |
| 表皮生长因子 | Merck KGaA | SRP3027 | |
| 基因干预 | 慢病毒 | Origene | -- |
| RT-qPCR | Biozol总RNA提取试剂 | Biorigin | BN20537 |
| FastKing cDNA第一链合成试剂盒 | Tiangen | KR116-01 | |
| SYBR Green预混液 | Thermo Fisher Scientific | A46012 | |
| 细胞培养 | Hep3B细胞系 | Procell | CL-0102 |
| PLC/PRF/5细胞系 | ATCC | CRL-8024 | |
| THLE-2细胞系 | ATCC | CRL-2706 | |
| 免疫组织化学 | ZSCAN16抗体 | Novus Biologicals | NBP1-85184 |
| N-钙黏蛋白抗体 | Abcam | ab76011 | |
| Snail抗体 | ABclonal | A5243 | |
| Cleaved Caspase-3抗体 | Thermo Fisher | PAF5-114687 | |
| Ki67抗体 | Thermo Fisher | 701198 | |
| TBC1D31抗体 | Novus Biologicals | NBP1-81818 | |
| 羊抗兔IgG H&L (HRP) | Abcam | ab205718 | |
| Western blot | RIPA裂解液 | Boster | AR0105-100 |
| BCA蛋白定量试剂盒 | Beyotime | P0012 | |
| GAPDH抗体 | Abcam | ab9485 | |
| 超敏ECL发光试剂 | Meilunbio | MA0186 | |
| 细胞侵袭实验 | 基质胶 | Solarbio | M8370 |
| 细胞凋亡检测 | 一步法TUNEL凋亡检测试剂盒 | Beyotime | C1090 |
| 细胞活力检测 | 细胞计数试剂盒-8 | TargetMol Chemicals | C0005 |
| 流式细胞术 | APC-Annexin V/PI凋亡检测试剂盒 | UElandy Biotechnology | A6030S |
| 动物实验 | BALB/c裸鼠 | Charles River | 401 |
| ChIP-qPCR | 抗ZSCAN16抗体 | Absolute Antibody | RAB-S238 |
| 小鼠IgG2a同型对照(ChIP级) | Abcam | ab18413 | |
| Pierce Protein A磁珠 | Thermo Scientific | 88846 | |
| 双荧光素酶实验 | pGL3-basic载体 | Promega Corporation | E1751 |
| Lipofectamine 2000转染试剂 | Invitrogen | 11668019 | |
| 海肾荧光素酶载体pRL-SV40-N | Beyotime | D2762 |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 细胞培养 | Hep3B和PLC/PRF/5细胞培养于MEM或Eagle's MEM(含10% FBS和1% P/S);THLE-2培养于BEGM(含10% FBS、5 ng/mL EGF和70 ng/mL磷酸乙醇胺);所有细胞在37°C、5% CO2培养箱中培养 阅读提示:Methods 'Cell culture and reagents' 部分 |
| 基因干预 | 慢病毒感染:MOI=15,细胞密度70%时感染,感染后24小时用嘌呤霉素筛选 阅读提示:Methods 'Gene expression intervention' 部分 |
| 体外功能实验 | 集落形成:1000细胞/孔,2周;迁移划痕:0和48小时;侵袭:5×10^4细胞,36小时;凋亡:TUNEL和流式;蛋白检测:Western blot 阅读提示:Methods 'Colony formation assay', 'Cell migration assay', 'Cell invasion assay', 'TUNEL', 'Cell viability assay', 'Flow cytometry', 'Western blot' 部分 |
| 体内异种移植瘤实验 | 6周龄雌性BALB/c裸鼠,每组5只,皮下注射2×10^6 Hep3B细胞,每4天测量肿瘤体积,32天后安乐死并取材 阅读提示:Methods 'Subcutaneous xenograft tumor' 部分 |
| 机制验证 | ChIP-qPCR:抗ZSCAN16抗体(RAB-S238)和小鼠IgG2a对照(ab18413);双荧光素酶:pGL3-TBC1D31启动子,转染后48小时检测 阅读提示:Methods 'Chromatin immunoprecipitation (ChIP)-qPCR' 和 'Dual luciferase assay' 部分 |