网络药理学筛选活性成分和靶点
识别SJZD治疗PD的潜在活性成分和靶点。
利用BATMAN-TCM数据库筛选SJZD四种草药(白术、茯苓、甘草、人参)的活性成分和靶点;通过GeneCards和DisGeNet数据库获取PD相关靶点;取交集获得SJZD-PD共同靶点。
Molecular targets and mechanisms of Sijunzi decoction in the treatment of Parkinson's disease: evidence from network pharmacology, molecular docking, molecular dynamics simulation, and experimental validation.
包含网络药理学、分子对接、分子动力学模拟和细胞实验验证,但缺乏动物模型和体内实验。
SH-SY5Y人神经母细胞瘤细胞 6-OHDA诱导的SH-SY5Y细胞凋亡模型
6-OHDA处理浓度:70 µM,处理时间24小时 SJZD给药浓度:25、50、75、100、125、150 μg/mL SJZD分组:SJZD-L (75 μg/mL),SJZD-M (100 μg/mL),SJZD-H (125 μg/mL),对照组 CCK-8检测细胞活力,450 nm波长测定吸光度 Western blot检测p-PI3K、p-AKT、Bcl-2、Bax、Caspase-3表达,β-actin作为内参
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
识别SJZD治疗PD的潜在活性成分和靶点。
利用BATMAN-TCM数据库筛选SJZD四种草药(白术、茯苓、甘草、人参)的活性成分和靶点;通过GeneCards和DisGeNet数据库获取PD相关靶点;取交集获得SJZD-PD共同靶点。
确定SJZD治疗PD的关键活性成分和核心靶点。
使用Cytoscape构建“SJZD-活性成分-交集靶点”网络,基于Degree值筛选核心成分;利用STRING数据库构建PPI网络,计算Degree值筛选核心靶点。
预测SJZD治疗PD涉及的生物学过程、细胞组分、分子功能和信号通路。
利用Bioconductor数据库和RX64软件对451个共同靶点进行GO和KEGG富集分析。
验证核心活性成分与核心靶点的结合亲和力及复合物稳定性。
对核心成分(十三烷酸、十五烷酸、十六烷酸、三磷酸腺苷、腺苷)与核心靶点(AKT1、INS、TNF、IL-6、TP53)进行分子对接;对得分最高的三个复合物(IL-6-腺苷、AKT1-腺苷、TNF-三磷酸腺苷)进行200 ns的分子动力学模拟,计算RMSD、Rog、RMSF和结合自由能。
验证SJZD对6-OHDA诱导的SH-SY5Y细胞凋亡的影响及其机制。
使用CCK-8检测不同浓度SJZD对6-OHDA处理的SH-SY5Y细胞活力的影响;通过Western blot检测PI3K/AKT通路相关蛋白(p-PI3K、p-AKT)和凋亡相关蛋白(Bax、Bcl-2、Caspase-3)的表达。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养 | DMEM/F12培养基 | Abiowell | AW-M006 |
| 胎牛血清 | Abiowell | AWC0227a | |
| 青霉素-链霉素 | Abiowell | AWH0529a | |
| 96孔板 | NEST | 703001 | |
| 细胞处理 | 6-羟基多巴胺 | Sigma-Aldrich | H4381 |
| 细胞活力检测 | CCK-8试剂 | Dojindo | -- |
| Western blot | Bax抗体 | Proteintech | 50599-2-Ig |
| Bcl-2抗体 | Proteintech | 26593-1-AP | |
| Caspase-3抗体 | Proteintech | 19677-1-AP | |
| p-PI3K抗体 | Proteintech | Bs-5570R | |
| p-AKT抗体 | Proteintech | 66444-1-Ig | |
| β-actin抗体 | Proteintech | -- | |
| ECL发光试剂 | ThermoFisher Scientific | -- | |
| 蛋白质提取 | RIPA裂解液 | -- | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 网络药理学筛选 | BATMAN-TCM筛选阈值(相关分数>20,p<0.05),GeneCards和DisGeNet的评分阈值 阅读提示:参见Methods 2.1和2.2 |
| PPI网络构建 | 物种设置为“Homo sapiens”,置信度阈值“medium confidence (0.400)” 阅读提示:参见Methods 2.4 |
| 分子对接 | 使用的核心化合物和靶点列表,对接软件和评分函数 阅读提示:参见Methods 2.6和Results 3.7 |
| 分子动力学模拟 | 模拟时间(200 ns),力场参数(ff14SB),水模型(TIP3P),温度(300 K),集成(NPT) 阅读提示:参见Methods 2.7 |
| 细胞培养和药物处理 | SH-SY5Y细胞来源,培养基组成,6-OHDA浓度(70 µM)和时间(24小时),SJZD浓度范围和分组 阅读提示:参见Methods 2.8和2.9 |
| Western blot | 一抗稀释比例,二抗稀释比例,内参β-actin,蛋白上样量等 阅读提示:参见Methods 2.10 |