生物信息学分析Fra-1表达与化疗耐药相关性
探究Fra-1在胃癌组织中的表达及其与化疗耐药和预后的关系。
利用GEPIA2数据库分析Fra-1在胃癌组织中的表达;通过DRESIS和GEO数据库分析Fra-1与化疗耐药的相关性;采用Kaplan-Meier生存分析评估Fra-1表达与患者生存期关系。
Fra-1 affects chemotherapy sensitivity by inhibiting ferroptosis in gastric cancer cells.
包含体外细胞实验(CCK8、EDU、Western blot、RT-qPCR、ChIP-qPCR、双荧光素酶报告基因、Co-IP)和体内裸鼠移植瘤实验,并涉及代谢组学、铁死亡检测及机制验证。
胃癌细胞系AGS 胃癌细胞系HGC27 B/C裸鼠皮下移植瘤模型
Fra-1表达水平(过表达或沉默)对胃癌细胞化疗敏感性的影响 Fra-1对PPP代谢通路关键酶(G6PD、6PGD等)表达和酶活性的影响 Fra-1与G6PD启动子结合位点(第6位点)的验证 Fra-1对G6PD蛋白稳定性和泛素化的影响 PPP通路抑制剂6AN或铁死亡诱导剂erastin处理对Fra-1介导的化疗耐药的影响
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
探究Fra-1在胃癌组织中的表达及其与化疗耐药和预后的关系。
利用GEPIA2数据库分析Fra-1在胃癌组织中的表达;通过DRESIS和GEO数据库分析Fra-1与化疗耐药的相关性;采用Kaplan-Meier生存分析评估Fra-1表达与患者生存期关系。
验证Fra-1表达水平对胃癌细胞化疗药物敏感性的影响。
在AGS和HGC27细胞中过表达或沉默Fra-1,用不同浓度CDDP处理,通过CCK8和EDU实验检测细胞增殖能力。
探究Fra-1对胃癌细胞能量代谢通路的影响。
在AGS细胞中过表达Fra-1,进行能量代谢组学测序,分析差异代谢物,发现PPP通路相关代谢物显著上调。
验证Fra-1是否激活PPP通路。
通过RT-qPCR和Western blot检测PPP关键酶(G6PD、6PGD等)的表达;检测G6PD酶活性、NADPH和ROS水平。
确认Fra-1通过激活PPP通路介导化疗耐药。
用PPP抑制剂6AN处理Fra-1过表达或沉默的胃癌细胞,检测细胞增殖能力。
阐明Fra-1调控G6PD表达的分子机制。
通过JASPAR数据库预测Fra-1在G6PD启动子的结合位点,用ChIP-qPCR验证结合,构建野生型和突变型荧光素酶报告基因载体验证结合位点特异性。
探究Fra-1对G6PD蛋白稳定性的调控机制。
用CHX和MG132处理细胞,Western blot检测G6PD蛋白降解速率;Co-IP检测G6PD泛素化水平。
确认G6PD是Fra-1促进化疗耐药的关键下游分子。
在胃癌细胞中沉默Fra-1并同时过表达G6PD,检测细胞对CDDP的敏感性。
探究Fra-1激活PPP通路是否通过抑制铁死亡来诱导化疗耐药。
检测Fra-1过表达或沉默后GSH、MDA、Fe2+水平及铁死亡相关分子(GPX4、SLC7A11、FTH1)表达;用铁死亡诱导剂erastin和PPP抑制剂6AN处理,验证因果关系。
在体内验证Fra-1通过激活PPP通路促进胃癌细胞化疗耐药和肿瘤生长。
B/C裸鼠皮下接种Fra-1过表达的HGC27细胞,给予CDDP治疗,测量肿瘤体积,并通过免疫组化和RT-qPCR检测Fra-1、G6PD表达。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养 | RPMI-1640培养基 | Procell | PM150110 |
| 胎牛血清 | Procell | 164210-50 | |
| 药物处理 | 顺铂 | MCE | 15663-27-1 |
| 铁死亡诱导 | Erastin | Selleck | S7242 |
| 细胞增殖检测 | CCK-8试剂 | Yeasen | 40203ES76 |
| 质粒转染 | polyplus转染试剂 | Sartorius Stedim Biotech | -- |
| RT-qPCR | TRIzol | NCM Biotech | -- |
| RNA第一链cDNA合成试剂盒 | Yugong Biotech | -- | |
| RT-qPCR试剂盒(SYBR Green法) | Yugong Life | -- | |
| Western blot | RIPA裂解液 | Beyotime | -- |
| BCA蛋白定量试剂盒 | Thermo Fisher Scientific | -- | |
| PVDF膜 | Millipore | -- | |
| ECL检测试剂 | NCM | -- | |
| ChIP-qPCR | ChIP检测试剂盒 | Beyotime | P2078 |
| 双荧光素酶报告实验 | 双荧光素酶报告基因检测试剂盒 | Uelandy | F6075S |
| 蛋白酶体抑制 | MG132 | Selleck | S2619 |
| PPP抑制 | 6-氨基烟酰胺 | Selleck | S9783 |
| 抗体 | GAPDH抗体 | ImmunoWay | YM3029 |
| IgG抗体 | Santa Cruz Biotechnology | sc-34665 | |
| 山羊抗大鼠IgG | ImmunoWay | RS0002 | |
| 山羊抗小鼠IgG | ImmunoWay | RS0001 | |
| HA标签抗体 | ImmunoWay | YM3003 | |
| Flag抗体 | ImmunoWay | YM3808 | |
| Fra-1抗体 | ImmunoWay | YT1772 | |
| SLC7A11抗体 | ImmunoWay | YT8130 | |
| GPX4抗体 | ImmunoWay | YN3047 | |
| G6PD抗体 | ImmunoWay | YM0291 | |
| 6PGD抗体 | ImmunoWay | YT3691 | |
| TKT抗体 | ImmunoWay | YT5938 | |
| TALDO抗体 | ImmunoWay | YT6489 |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 细胞培养 | AGS和HGC27细胞培养条件(RPMI-1640培养基、10% FBS、37°C、5% CO2) 阅读提示:Methods中的Cell culture部分 |
| 药物处理 | CDDP浓度(10 μM)处理时间(24小时) 阅读提示:Methods中的Cell culture部分及Figure legends |
| 质粒和siRNA转染 | 转染试剂(polyplus)、质粒量(2 μg)、siRNA量(5 μL)、收获时间(48小时) 阅读提示:Methods中的Plasmid and siRNA transfection部分 |
| 细胞活力检测(CCK8) | CCK-8试剂使用步骤、孵育时间(2小时)、检测波长(450 nm) 阅读提示:Methods中的Cell viability assay (CCK8)部分 |
| RT-qPCR | RNA提取、cDNA合成、定量方法(2-ΔΔCt)、内参GAPDH、引物序列(Table 3) 阅读提示:Methods中的RT-qPCR部分 |
| Western blot | RIPA裂解液、BCA定量、SDS-PAGE、PVDF膜、抗体信息(Table 1) 阅读提示:Methods中的Western blot部分 |
| ChIP-qPCR | ChIP试剂盒、染色质免疫沉淀步骤、RT-qPCR检测 阅读提示:Methods中的ChIP-qPCR部分 |
| 双荧光素酶报告实验 | 工具:双荧光素酶报告基因检测试剂盒、荧光值测定方法 阅读提示:Methods中的Dual luciferase reporter assay部分 |
| Co-IP | 磁珠、抗体、裂解条件、SDS-PAGE检测 阅读提示:Methods中的Co-IP部分 |
| 体内实验 | 动物品系(B/C裸鼠)、周龄(4周)、性别(雌性)、数量(20只)、分组(4组)、细胞注射量(5×10^6)、CDDP剂量(4 mg/kg)、给药频率(每周一次)、治疗周期(3周)、肿瘤体积测量公式 阅读提示:Methods中的Nude mouse experiment部分及Figure 7 legend |