构建CagA突变菌株
获得遗传背景相同、仅CagA亚型不同的H. pylori菌株,用于比较CagAE和CagAW的致病差异。
以H. pylori G27为起始菌株,通过同源重组敲除内源cagA基因(G27ΔCagA),再将CagAE或CagAW表达质粒pCHFHP-CagA转化至G27ΔCagA,获得G27CagAE和G27CagAW菌株。通过Western blot验证了细菌和感染细胞中CagA的表达水平无显著差异。
More powerful dysregulation of Helicobacter pylori East Asian-type CagA on intracellular signalings.
包含体外细胞感染模型(GES-1)、小鼠胃类器官感染模型、转录组测序及表型验证(IL-8、活力、迁移侵袭)、机制验证(HIF-1α抑制)等两个以上独立证据层级和功能验证。
人胃上皮细胞系GES-1 小鼠胃类器官 幽门螺杆菌G27突变菌株(G27CagAE、G27CagAW、G27ΔCagA)
感染时间:4小时 感染复数(MOI):100:1 CagA表达和转入水平的一致性(Western blot验证) HIF-1α抑制剂LW6处理(浓度未明确) 转录组测序样本量:每组4-5个独立样本
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
获得遗传背景相同、仅CagA亚型不同的H. pylori菌株,用于比较CagAE和CagAW的致病差异。
以H. pylori G27为起始菌株,通过同源重组敲除内源cagA基因(G27ΔCagA),再将CagAE或CagAW表达质粒pCHFHP-CagA转化至G27ΔCagA,获得G27CagAE和G27CagAW菌株。通过Western blot验证了细菌和感染细胞中CagA的表达水平无显著差异。
评估不同CagA亚型对胃上皮细胞的细胞毒性、炎症反应、形态改变和迁移侵袭能力的影响。
将G27ΔCagA、G27CagAW、G27CagAE以MOI=100:1感染GES-1细胞4小时,检测细胞活力(CCK-8)、IL-8分泌(ELISA)、“蜂鸟表型”比例、迁移和侵袭(Transwell)。
比较感染不同CagA亚型菌株后GES-1细胞的基因表达谱,揭示差异调控的信号通路。
感染4小时后提取RNA进行RNA-seq(NovaSeq 6000平台),通过DESeq2和GSEA分析hallmark基因集的富集。
验证转录组中差异表达基因在体外和更接近体内的模型中的表达变化。
从测序结果中选取关键基因,在感染GES-1细胞和小鼠胃类器官中通过qRT-PCR验证表达。
验证CagAE是否诱导更严重的细胞内缺氧和ROS,并检测缺氧信号在CagAE诱导的细胞迁移中的作用。
使用ROS-ID缺氧/氧化应激检测试剂盒检测感染GES-1细胞的缺氧和ROS水平;用HIF-1α抑制剂LW6处理感染细胞,检测细胞迁移变化。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养 | GES-1细胞系 | Beyotime Biotechnology | C6268 |
| DMEM培养基 | Macgene | CM10017 | |
| 胎牛血清 | Gibco | FSS500 | |
| 磷酸盐缓冲液 | Meilunbio | MA0015 | |
| 类器官培养 | D-PBS缓冲液 | Procell | PB180329 |
| Advanced DMEM/F12培养基 | Gibco | 12634010 | |
| 基质胶 | R&D system | 3533-005-02 | |
| Wnt3A蛋白 | Peprotech | 315-20 | |
| Noggin蛋白 | R&D system | 1967-NG | |
| R-Spondin-1蛋白 | Peprotech | 315-32 | |
| Glutamax-I添加剂 | Gibco | 35050061 | |
| 青霉素/链霉素 | Gibco | 15070063 | |
| FGF-10蛋白 | R&D system | 6224-FG | |
| EGF蛋白 | R&D system | 2028-EG | |
| B27添加剂 | Gibco | 17504044 | |
| 胃泌素-1 | Tocris Bioscience | 3006 | |
| N-乙酰半胱氨酸 | Tocris Bioscience | 5619 | |
| Y-27632 | Tocris Bioscience | 1254 | |
| 细胞活力检测 | CCK-8试剂盒 | Meilun Biotechnology Co., Ltd | -- |
| SpectraMax Plus384酶标仪 | Molecular Devices | -- | |
| 迁移和侵袭实验 | Transwell小室 | Corning | -- |
| 基质胶 | Abwbio | -- | |
| IL-8检测 | 人IL-8 ELISA试剂盒 | Elabscience Biotechnology Co., Ltd | -- |
| 缺氧和ROS检测 | ROS-ID缺氧/氧化应激检测试剂盒 | Enzo Life Sciences | -- |
| Zeiss LSM880 Airyscan共聚焦显微镜 | Zeiss | -- | |
| RNA提取 | Trizol试剂 | Invitrogen | -- |
| DNA-free DNase I | Ambion | -- | |
| RNA质控 | Qsep 100 | Bioptic | -- |
| RNA 1000 Nano LabChip试剂盒 | Agilent | -- | |
| RNA建库 | VAHTS Universal V8 RNA-seq建库试剂盒 | Vazyme Biotech Co., Ltd | -- |
| RNA测序 | NovaSeq 6000测序平台 | Novogene | -- |
| qRT-PCR | ABI Prism 7500检测系统 | Applied Biosystems | -- |
| 2×SYBR Green qPCR Mix | Sparkjade | -- | |
| Western blot | RIPA裂解液 | Solarbio | -- |
| BCA蛋白定量试剂盒 | Beyotime | -- | |
| 抗CagA抗体 | Santa Cruz Biotechnology | -- | |
| 抗GAPDH抗体 | Proteintech | -- | |
| 抗鼠IgG-HRP二抗 | Proteintech | -- | |
| Tanon 5200 Multi化学发光成像系统 | Tanon | -- | |
| 机制验证 | LW6 | -- | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 细菌菌株构建 | 同源重组敲除cagA基因的验证,CagA表达和转入水平的均一性 阅读提示:Materials and methods: Bacterial strains, plasmids and primers, Construction of CagA mutants; Figure 1D-E |
| 细胞感染实验 | GES-1细胞培养条件、MOI 100:1、感染时间4小时 阅读提示:Materials and methods: Cell culture and infection; Figure legends |
| 表型检测 | CCK-8检测的细胞密度和孵育时间,IL-8 ELISA的样本处理,Transwell实验的细胞密度和培养时间 阅读提示:Materials and methods: Cell vitality assay, Transwell assay, Measurement of IL-8 secretion |
| 转录组测序 | RNA质量要求(RQN>7),建库试剂盒,测序平台和样本分组 阅读提示:Materials and methods: RNA extraction and sequence analysis |
| 缺氧和ROS检测 | ROS-ID检测试剂盒的使用,荧光信号采集条件(激发420nm,发射600-700nm) 阅读提示:Materials and methods: Hypoxia analysis and intracellular ROS detection |
| 机制验证 | HIF-1α抑制剂LW6的浓度和处理时间(文中未明确),细胞迁移检测的条件 阅读提示:Materials and methods: Transwell assay; Results: CagAE caused more severe hypoxia enhancing the migration |