利用CRISPR/Cas9双sgRNA策略高效产生敲除小胶质细胞

The efficient generation of knockout microglia cells using a dual-sgRNA strategy by CRISPR/Cas9.

作者信息Mengfei Zhang, Fang Yi, Junjiao Wu, Yu Tang
PMID36311032
发布时间2022-10-13
DOI10.3389/fnmol.2022.1008827

实验完整度

包含明确的体外细胞实验、分子克隆、慢病毒包装、基因编辑验证(PCR、测序、Western blot)及细胞功能检测(迁移实验),但缺少动物模型或患者样本验证。

主要模型

BV2小胶质细胞系 293T细胞 LRRK2基因敲除的BV2细胞系

重点核对

细胞系:BV2细胞(ATCC #CRL-2467) sgRNA序列:sgLRRK2-1 (GAGTTCCCAGCGGCGCGATG) 和 sgLRRK2-2 (GGCATTACCGCGGTCCGAGT) 筛选浓度:杀稻瘟菌素10 μg/ml 单克隆来源:稀释至5 cells/ml,96孔板接种0.5 cells/100 μl 基因型验证:junction PCR、Sanger测序、Western blot

摘要

在小胶质细胞中进行基因敲除已成为研究神经炎症的重要且令人兴奋的方法,尤其是在过去十年中CRISPR/Cas9系统用于基因组编辑的发展之后。在本研究中,我们描述了一种利用CRISPR/Cas9双短引导RNA(sgRNA)策略高效产生敲除小胶质细胞的方案。富亮氨酸重复激酶2(LRRK2)是帕金森病(PD)的致病基因,在疾病发展过程中扮演多种角色。尽管对LRRK2的研究已获得许多关键见解,但LRRK2在小胶质细胞和神经炎症中的正常及疾病相关功能仍有待充分研究。鉴于LRRK2在PD发病机制中的重要性,我们设计并应用了该方案来靶向LRRK2。具体来说,我们设计了两个靶向LRRK2 N端的sgRNA,跨越5'非翻译区(UTR)和外显子1,并通过单细胞扩增筛选敲除细胞。在实践中,双sgRNA系统可以更方便、快速和准确地获得敲除细胞。候选敲除细胞可以通过基因组PCR和琼脂糖凝胶电泳根据不同的条带大小轻松区分。成功的敲除进一步通过Sanger测序和Western blot验证。使用该方案,我们获得了LRRK2缺陷的小胶质细胞系,其特征是细胞突起更长、粘附增强和迁移能力减弱。敲除的小胶质细胞可能进一步作为重要的细胞工具,揭示LRRK2在PD发展和进展中的保守和新颖功能。我们使用双sgRNA靶向的方案保证>60%的靶向效率,并可应用于靶向其他基因/位点,特别是非编码RNA和调控元件。

实验结论

提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。

研究问题
如何利用CRISPR/Cas9系统高效产生LRRK2敲除的小胶质细胞,并探究LRRK2缺失对小胶质细胞功能的影响?
核心机制
文中未明确说明具体机制,但表明LRRK2可能参与调节小胶质细胞的粘附、形态和迁移能力。
主要证据
通过双sgRNA策略靶向LRRK2 N端,利用junction PCR、Sanger测序和Western blot验证敲除,获得LRRK2-KO BV2细胞系,并观察到其细胞突起显著伸长、粘附增强、迁移能力减弱。
研究意义
LRRK2敲除的小胶质细胞系可作为重要细胞工具,用于揭示LRRK2在帕金森病发生发展中的功能,且该双sgRNA方案有望应用于靶向其他基因/位点,特别是非编码RNA和调控元件。

研究路径

按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。

1

sgRNA设计与载体构建

设计高效且特异的双sgRNA,构建表达Cas9和sgRNA的靶向质粒。

利用CRISPOR网站设计两条sgRNA(sgLRRK2-1和sgLRRK2-2)靶向LRRK2 N端,跨越5'UTR和外显子1。将sgRNA克隆到lentiCRISPR-blasticidin载体中,通过BsmBI酶切、寡核苷酸退火磷酸化和连接转化完成载体构建。

2

慢病毒包装与感染

通过慢病毒将Cas9和sgRNA导入难以转染的小胶质细胞。

在293T细胞中包装慢病毒,收集病毒上清并感染BV2细胞,随后使用杀稻瘟菌素筛选稳定表达细胞。

3

单克隆筛选与基因型鉴定

筛选并验证基因组编辑成功的单克隆细胞。

将存活细胞稀释至单细胞接种至96孔板,扩增后提取基因组DNA,通过junction PCR检测编辑事件,并对PCR产物进行Sanger测序验证。

4

Western blot验证蛋白敲除

在蛋白水平确认LRRK2敲除成功。

提取细胞总蛋白,使用BCA法测定浓度,通过SDS-PAGE和免疫印迹检测LRRK2蛋白表达。

5

细胞表型功能检测

评估LRRK2敲除对小胶质细胞形态、粘附和迁移功能的影响。

比较LRRK2-WT和LRRK2-KO BV2细胞的消化时间、细胞突起长度(荧光显微镜观察)和迁移能力(Transwell实验)。

研究方法

按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。

产品清单

实验环节名称品牌货号
MEM培养基ProcellPM150410
DMEM培养基ProcellPM150210
胎牛血清Transgen BiotechPS201-02
胰蛋白酶-EDTA (0.25%)Thermo Fisher25200072
抗生素(青霉素/链霉素/两性霉素B)BeyotimeC0224
6孔细胞培养板Jet BiofilTCP010006
24孔细胞培养板Jet BiofilTCP010024
96孔细胞培养板Jet BiofilTCP010096
3.5厘米细胞培养皿Jet BiofilTCD000035
6厘米细胞培养皿Jet BiofilTCD0000660
10厘米细胞培养皿Jet BiofilTCP011001
聚乙烯亚胺Polysciences23966
Opti-MEM培养基Thermo Fisher31985070
0.45 μm滤器Jet BiofilFPE404030
BsmBI限制酶NEBR0739S
NEBuffer r3.1缓冲液NEBB6003V
T4多核苷酸激酶NEBM0201V
10x T4 DNA连接酶缓冲液NEBB0202S
T4 DNA连接酶NEBM0202V
FastAP碱性磷酸酶Thermo FisherEF0652
SanPrep柱式质粒小提试剂盒Sangon BiotechB518191
蛋白酶K----
醋酸钠(3 M,pH5.2)----
乙醇----
TE缓冲液Thermo Fisher12090015
EasyTaq DNA聚合酶Transgen BiotechAP111-01
甜菜碱SigmaB2629
dNTP (2.5 mM)----
RIPA裂解液BeyotimeP0013B
蛋白酶抑制剂混合物Transgen BiotechDI101-01
蛋白磷酸酶抑制剂混合物SolarbioP1260
Easy II蛋白定量试剂盒(BCA法)Transgen BiotechDQ111-01
WesternBright ECL-HRP底物AdvanstaK-12045-D50
PVDF膜Thermo Fisher88518
M5 SuperRange蛋白分子量标准Mei5 BiotechMF290
抗LRRK2抗体Abcamab133474
抗α-微管蛋白抗体SigmaT5168
Transwell小室SPL Life Sciences35224
结晶紫----
甲醇----
HERAcell 150i细胞培养箱Thermo Fisher--
ChemiDoc XRS+成像系统Bio-Rad1708265
T100 PCR热循环仪Bio-Rad1861096
Nano300微量分光光度计Allsheng--
荧光显微镜(Leica DMi8)LeicaDMi8

关键环节

汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。

环节核对要点
sgRNA设计与载体构建
sgRNA序列:sgLRRK2-1 (GAGTTCCCAGCGGCGCGATG) 和 sgLRRK2-2 (GGCATTACCGCGGTCCGAGT);载体骨架:lentiCRISPR-blasticidin;酶切条件:BsmBI,55°C 30-45min
阅读提示:Methods: The strategy of sgRNA design; Construction of targeting plasmids
慢病毒包装与感染
293T细胞密度3×10^6/dish;转染试剂PEI用量40.5μl;病毒收集时间48h和72h;感染MOI=100,polybrene浓度8 μg/ml;筛选杀稻瘟菌素浓度10 μg/ml
阅读提示:Methods: Transfection and lentivirus package; Lentiviral infection of BV2 cells
单克隆筛选
细胞稀释浓度0.5 cells/100μl;96孔板接种;单克隆确认;细胞扩增条件
阅读提示:Methods: Single clone selection
基因型验证
引物序列:mLRRK2-F (CCATGTAGCTGGCCGATTTTG),mLRRK2-R (GGACAATCAACAGAGGCACGT);PCR体系含Betaine;PCR程序;Sanger测序
阅读提示:Methods: Junction PCR; Results and discussion
Western blot验证
裂解液:RIPA含1% PIC、1% PPI、1% EDTA;蛋白上样量20 μg;8% PAGE胶;转膜条件:300 mA 90 min;一抗稀释浓度(文中未明确说明)
阅读提示:Methods: Protein isolation and western blot
迁移实验
细胞悬液密度3×10^5 cells/ml;细胞100μl;下室600μl含10% FBS培养基;孵育24h;结晶紫染色;统计五个视野
阅读提示:Methods: Migration assay