sgRNA设计与载体构建
设计高效且特异的双sgRNA,构建表达Cas9和sgRNA的靶向质粒。
利用CRISPOR网站设计两条sgRNA(sgLRRK2-1和sgLRRK2-2)靶向LRRK2 N端,跨越5'UTR和外显子1。将sgRNA克隆到lentiCRISPR-blasticidin载体中,通过BsmBI酶切、寡核苷酸退火磷酸化和连接转化完成载体构建。
The efficient generation of knockout microglia cells using a dual-sgRNA strategy by CRISPR/Cas9.
包含明确的体外细胞实验、分子克隆、慢病毒包装、基因编辑验证(PCR、测序、Western blot)及细胞功能检测(迁移实验),但缺少动物模型或患者样本验证。
BV2小胶质细胞系 293T细胞 LRRK2基因敲除的BV2细胞系
细胞系:BV2细胞(ATCC #CRL-2467) sgRNA序列:sgLRRK2-1 (GAGTTCCCAGCGGCGCGATG) 和 sgLRRK2-2 (GGCATTACCGCGGTCCGAGT) 筛选浓度:杀稻瘟菌素10 μg/ml 单克隆来源:稀释至5 cells/ml,96孔板接种0.5 cells/100 μl 基因型验证:junction PCR、Sanger测序、Western blot
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
设计高效且特异的双sgRNA,构建表达Cas9和sgRNA的靶向质粒。
利用CRISPOR网站设计两条sgRNA(sgLRRK2-1和sgLRRK2-2)靶向LRRK2 N端,跨越5'UTR和外显子1。将sgRNA克隆到lentiCRISPR-blasticidin载体中,通过BsmBI酶切、寡核苷酸退火磷酸化和连接转化完成载体构建。
通过慢病毒将Cas9和sgRNA导入难以转染的小胶质细胞。
在293T细胞中包装慢病毒,收集病毒上清并感染BV2细胞,随后使用杀稻瘟菌素筛选稳定表达细胞。
筛选并验证基因组编辑成功的单克隆细胞。
将存活细胞稀释至单细胞接种至96孔板,扩增后提取基因组DNA,通过junction PCR检测编辑事件,并对PCR产物进行Sanger测序验证。
在蛋白水平确认LRRK2敲除成功。
提取细胞总蛋白,使用BCA法测定浓度,通过SDS-PAGE和免疫印迹检测LRRK2蛋白表达。
评估LRRK2敲除对小胶质细胞形态、粘附和迁移功能的影响。
比较LRRK2-WT和LRRK2-KO BV2细胞的消化时间、细胞突起长度(荧光显微镜观察)和迁移能力(Transwell实验)。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养 | MEM培养基 | Procell | PM150410 |
| DMEM培养基 | Procell | PM150210 | |
| 胎牛血清 | Transgen Biotech | PS201-02 | |
| 胰蛋白酶-EDTA (0.25%) | Thermo Fisher | 25200072 | |
| 抗生素(青霉素/链霉素/两性霉素B) | Beyotime | C0224 | |
| 6孔细胞培养板 | Jet Biofil | TCP010006 | |
| 24孔细胞培养板 | Jet Biofil | TCP010024 | |
| 96孔细胞培养板 | Jet Biofil | TCP010096 | |
| 3.5厘米细胞培养皿 | Jet Biofil | TCD000035 | |
| 6厘米细胞培养皿 | Jet Biofil | TCD0000660 | |
| 10厘米细胞培养皿 | Jet Biofil | TCP011001 | |
| 慢病毒包装 | 聚乙烯亚胺 | Polysciences | 23966 |
| Opti-MEM培养基 | Thermo Fisher | 31985070 | |
| 0.45 μm滤器 | Jet Biofil | FPE404030 | |
| 载体构建 | BsmBI限制酶 | NEB | R0739S |
| NEBuffer r3.1缓冲液 | NEB | B6003V | |
| T4多核苷酸激酶 | NEB | M0201V | |
| 10x T4 DNA连接酶缓冲液 | NEB | B0202S | |
| T4 DNA连接酶 | NEB | M0202V | |
| FastAP碱性磷酸酶 | Thermo Fisher | EF0652 | |
| 质粒提取 | SanPrep柱式质粒小提试剂盒 | Sangon Biotech | B518191 |
| 基因组DNA提取 | 蛋白酶K | -- | -- |
| 醋酸钠(3 M,pH5.2) | -- | -- | |
| 乙醇 | -- | -- | |
| TE缓冲液 | Thermo Fisher | 12090015 | |
| Junction PCR | EasyTaq DNA聚合酶 | Transgen Biotech | AP111-01 |
| 甜菜碱 | Sigma | B2629 | |
| dNTP (2.5 mM) | -- | -- | |
| Western blot | RIPA裂解液 | Beyotime | P0013B |
| 蛋白酶抑制剂混合物 | Transgen Biotech | DI101-01 | |
| 蛋白磷酸酶抑制剂混合物 | Solarbio | P1260 | |
| Easy II蛋白定量试剂盒(BCA法) | Transgen Biotech | DQ111-01 | |
| WesternBright ECL-HRP底物 | Advansta | K-12045-D50 | |
| PVDF膜 | Thermo Fisher | 88518 | |
| M5 SuperRange蛋白分子量标准 | Mei5 Biotech | MF290 | |
| 抗LRRK2抗体 | Abcam | ab133474 | |
| 抗α-微管蛋白抗体 | Sigma | T5168 | |
| 迁移实验 | Transwell小室 | SPL Life Sciences | 35224 |
| 结晶紫 | -- | -- | |
| 甲醇 | -- | -- | |
| 仪器设备 | HERAcell 150i细胞培养箱 | Thermo Fisher | -- |
| ChemiDoc XRS+成像系统 | Bio-Rad | 1708265 | |
| T100 PCR热循环仪 | Bio-Rad | 1861096 | |
| Nano300微量分光光度计 | Allsheng | -- | |
| 荧光显微镜(Leica DMi8) | Leica | DMi8 |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| sgRNA设计与载体构建 | sgRNA序列:sgLRRK2-1 (GAGTTCCCAGCGGCGCGATG) 和 sgLRRK2-2 (GGCATTACCGCGGTCCGAGT);载体骨架:lentiCRISPR-blasticidin;酶切条件:BsmBI,55°C 30-45min 阅读提示:Methods: The strategy of sgRNA design; Construction of targeting plasmids |
| 慢病毒包装与感染 | 293T细胞密度3×10^6/dish;转染试剂PEI用量40.5μl;病毒收集时间48h和72h;感染MOI=100,polybrene浓度8 μg/ml;筛选杀稻瘟菌素浓度10 μg/ml 阅读提示:Methods: Transfection and lentivirus package; Lentiviral infection of BV2 cells |
| 单克隆筛选 | 细胞稀释浓度0.5 cells/100μl;96孔板接种;单克隆确认;细胞扩增条件 阅读提示:Methods: Single clone selection |
| 基因型验证 | 引物序列:mLRRK2-F (CCATGTAGCTGGCCGATTTTG),mLRRK2-R (GGACAATCAACAGAGGCACGT);PCR体系含Betaine;PCR程序;Sanger测序 阅读提示:Methods: Junction PCR; Results and discussion |
| Western blot验证 | 裂解液:RIPA含1% PIC、1% PPI、1% EDTA;蛋白上样量20 μg;8% PAGE胶;转膜条件:300 mA 90 min;一抗稀释浓度(文中未明确说明) 阅读提示:Methods: Protein isolation and western blot |
| 迁移实验 | 细胞悬液密度3×10^5 cells/ml;细胞100μl;下室600μl含10% FBS培养基;孵育24h;结晶紫染色;统计五个视野 阅读提示:Methods: Migration assay |