筛选差异表达NPRGs
识别ccRCC肿瘤与正常组织之间差异表达的坏死性凋亡和焦亡相关基因。
从TCGA和GEO数据库获取转录组数据,使用Limma分析,以FDR<0.05且|log2FC|≥1筛选DE-NPRGs,并构建PPI网络。
Crosstalk of necroptosis and pyroptosis defines tumor microenvironment characterization and predicts prognosis in clear cell renal carcinoma.
包含转录组数据分析和体外细胞功能实验,但缺乏体内动物模型验证,证据层级有限。
786-O细胞系 769-P细胞系 ccRCC肿瘤组织及癌旁组织 TCGA-KIRC队列
TCGA和GEO数据库中ccRCC样本的NPRGs表达差异 LASSO Cox回归构建的10基因NPG评分模型 CASP4和GSDMB在ccRCC细胞中的敲低和过表达效率 CCK-8和集落形成实验中的细胞接种数量及培养时间
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
识别ccRCC肿瘤与正常组织之间差异表达的坏死性凋亡和焦亡相关基因。
从TCGA和GEO数据库获取转录组数据,使用Limma分析,以FDR<0.05且|log2FC|≥1筛选DE-NPRGs,并构建PPI网络。
基于DE-NPRGs表达将ccRCC患者分层,并探索各聚类的生物学功能差异。
使用NMF算法进行无监督聚类,确定最优聚类数,比较聚类间生存差异,并通过GSVA和ssGSEA分析功能通路和免疫浸润。
基于OS相关NPRGs构建预后评分模型并评估其预测能力。
对DE-NPRGs进行单因素Cox回归和LASSO Cox回归筛选基因,计算NPG评分,根据中位数分高低风险组,进行K-M、ROC分析,并在外部队列验证。
识别高低风险组间差异表达基因的生物学功能和通路。
筛选高低风险组间DEGs,进行GO、KEGG和GSEA富集分析。
评估NPG评分的独立预后价值并构建临床预测工具。
结合临床特征进行单因素和多因素Cox回归,构建列线图,进行ROC和校准分析。
探索NPG评分与临床特征、CSC指数、TMB及TME的相关性。
进行分层生存分析、CSC指数相关性分析、TMB比较及免疫浸润和TME评分分析。
评估NPG评分对免疫治疗和化疗药物敏感性的预测能力。
比较高低风险组中免疫检查点基因表达和IPS评分,并预测药物IC50。
验证关键NPRGs在组织中的表达及CASP4和GSDMB对细胞功能的影响。
通过qRT-PCR、IHC和Western blot检测基因表达,并通过siRNA敲低和过表达后评估细胞增殖、迁移和侵袭。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养 | MEM培养基 | -- | -- |
| RPMI-1640培养基 | -- | -- | |
| DMEM培养基 | -- | -- | |
| McCoy's 5A培养基 | -- | -- | |
| 胎牛血清 | -- | -- | |
| HK-2 | Procell | -- | |
| 786-O | Procell | -- | |
| 769-P | Procell | -- | |
| ACHN | Procell | -- | |
| A498 | Procell | -- | |
| CAKI-1 | Procell | -- | |
| CAKI-2 | Procell | -- | |
| OSRC2 | Procell | -- | |
| 基因操作 | Lipofectamine 2000转染试剂 | Invitrogen | -- |
| 嘌呤霉素 | -- | -- | |
| RNA提取与qRT-PCR | TRIzol试剂 | Invitrogen | -- |
| PrimeScript RT试剂盒 | EZBioscience | -- | |
| SYBR Green PCR试剂 | EZBioscience | -- | |
| Western blot | NP-40裂解液 | -- | -- |
| BCA蛋白定量试剂盒 | Beyotime | -- | |
| PVDF膜 | -- | -- | |
| Western blot底物试剂盒 | Tanon | -- | |
| GAPDH抗体 | Proteintech | 60004-I-Ig | |
| H3抗体 | Abcam | ab1791 | |
| AIM2抗体 | Proteintech | 20590-1-AP | |
| CASP4抗体 | Proteintech | 11856-1-AP | |
| GSDMB抗体 | Proteintech | 12885-1-AP | |
| NOD2抗体 | Abcam | ab31488 | |
| RBCK1抗体 | Proteintech | 26367-1-AP | |
| 免疫组化 | AIM2抗体 | Proteintech | 20590-1-AP |
| CASP4抗体 | Proteintech | 11856-1-AP | |
| GSDMB抗体 | Proteintech | 12885-1-AP | |
| NOD2抗体 | Abcam | ab31488 | |
| RBCK1抗体 | Proteintech | 26367-1-AP | |
| Transwell实验 | Transwell小室 | Corning | -- |
| Matrigel基质胶 | Corning | -- | |
| 集落形成实验 | 结晶紫 | -- | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 数据获取与差异表达分析 | TCGA和GEO数据版本、样本量、差异表达阈值 阅读提示:Methods: Acquisition of date and identification of differentially expressed necroptosis-related genes and pyroptosis-related genes |
| NPG评分模型构建 | LASSO Cox回归参数、10个基因系数、分组中位数 阅读提示:Methods: Construction and validation of NPG prognostic model |
| 细胞培养 | 细胞系来源、培养基类型、血清浓度、培养条件 阅读提示:Methods: Cell culture and clinical samples |
| 基因操作 | siRNA序列、过表达载体构建、转染试剂、筛选浓度 阅读提示:Methods: Plasmid construct and siRNA interference |
| mRNA表达检测 | 引物序列、内参基因、PCR条件 阅读提示:Methods: RNA isolation and quantitative real-time PCR (qRT-PCR) |
| 蛋白表达检测 | 抗体信息、蛋白上样量、电泳和转膜条件 阅读提示:Methods: Immunohistochemistry (IHC) and western blot (WB) |
| 细胞功能实验 | 细胞接种数量、培养时间、Transwell细胞数、基质胶使用 阅读提示:Methods: CCK8 and colony formation assays; Transwell assays |