网络药理学靶点筛选
预测雷公藤乙素的潜在靶点及与肺癌相关基因的交集
从PubChem获取雷公藤乙素结构,利用Swiss Target Prediction和PharmMapper预测靶点;从GEO数据库获取肺癌差异表达基因;通过Venn图获得16个交集靶点。
Network pharmacology‑based investigation of potential targets of triptonodiol acting on non-small-cell lung cancer.
包含网络药理学、分子对接和Western blot实验,但缺乏动物模型和功能验证,实验层级有限。
H1299细胞 A549细胞
细胞系:H1299和A549 药物处理浓度:文中未明确说明 处理时间:24小时 检测方法:Western blot检测GSK3B蛋白水平 对照:GAPDH作为内参
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
预测雷公藤乙素的潜在靶点及与肺癌相关基因的交集
从PubChem获取雷公藤乙素结构,利用Swiss Target Prediction和PharmMapper预测靶点;从GEO数据库获取肺癌差异表达基因;通过Venn图获得16个交集靶点。
分析交集靶点之间的蛋白质相互作用,筛选核心靶点
将16个靶点导入STRING数据库构建PPI网络,用Cytoscape分析,以Degree值大于平均值2倍的节点为关键节点,筛选出10个核心靶点,其中GSK3B得分最高。
解析核心靶点参与的生物学过程、细胞组分、分子功能及信号通路
将核心靶点导入DAVID数据库进行GO和KEGG富集分析,发现ErbB信号通路富集显著。
验证雷公藤乙素与核心靶点GSK3B的结合活性
从PubChem下载雷公藤乙素结构,用Chem3D优化;从PDB获取GSK3B蛋白结构,用PyMOL去水去配体,用AutoDock Vina进行分子对接,结合自由能绝对值6.35。
验证雷公藤乙素对GSK3B蛋白表达的影响
用雷公藤乙素处理H1299和A549细胞24小时,裂解细胞提取蛋白,通过Western blot检测GSK3B蛋白水平,发现显著下调。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养 | RPMI-1640培养基 | Cytiva | SH30809.01 |
| Ham's F-12K培养基 | Procell | PM150910 | |
| 胎牛血清 | Gibco | 10099-141 | |
| 药物处理 | 雷公藤乙素 | MedChemExpress | HY-N1121 |
| Western blot | RIPA裂解液 | -- | -- |
| BCA蛋白定量试剂盒 | -- | -- | |
| PVDF膜 | Millipore | -- | |
| GSK3B抗体 | Cell Signaling Technology | 12456S | |
| GAPDH抗体 | -- | -- | |
| 增强化学发光凝胶成像系统 | Bio-Rad | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 细胞培养 | H1299细胞使用RPMI-1640培养基,A549细胞使用Ham's F-12K培养基,添加10%胎牛血清,无抗生素;培养条件为37°C、5% CO2、饱和湿度。 阅读提示:见Methods中的Cell culture部分 |
| 药物处理 | 雷公藤乙素溶解于DMSO,浓度100mM储存于-20°C,使用时用培养基稀释,DMSO浓度低于0.1%;处理时间为24小时。 阅读提示:见Methods中的Preparation of drugs部分 |
| Western blot | 使用RIPA裂解液提取蛋白,BCA定量;一抗GSK3B (CST, 1:1000)孵育4°C过夜,二抗室温1小时;内参GAPDH。 阅读提示:见Methods中的Western blot部分 |