PCMT1敲低通过全局调控三阴性乳腺癌细胞的转录组谱抑制恶性特性

背景：作为女性中最常被诊断的癌症，乳腺癌具有高死亡率和转移率，尤其是三阴性乳腺癌（TNBC）。作为一种癌基因，蛋白-L-异天冬氨酸（D-天冬氨酸）O-甲基转移酶（PCMT1）在乳腺癌中高表达，是预后生物标志物，但其潜在功能仍不清楚。方法：在本研究中，我们通过短发夹RNA（shPCMT1）沉默TNBC MDA-MB-231细胞中的PCMT1，利用细胞增殖、凋亡、迁移和侵袭实验研究其细胞功能。随后，进行转录组测序（RNA-seq）实验以探索PCMT1的分子靶点，包括差异表达基因（DEGs）和调控的可变剪接事件（RASEs）。结果：结果表明，shPCMT1抑制了MDA-MB-231细胞的增殖、迁移和侵袭。通过RNA-seq，我们在shPCMT1和阴性对照（NC）组之间获得了1,084个DEGs和2,287个RASEs。DEGs显著富集于免疫或炎症反应以及细胞粘附相关通路，这些通路与PCMT1在细胞迁移中的细胞功能相关。RASE基因富集于细胞周期相关通路，并与改变的细胞增殖速率相关。我们最终验证了DEGs和RASEs的改变的表达和剪接水平。我们发现34个RNA结合蛋白（RBP）基因被shPCMT1失调，包括NQO1、S100A4、EEF1A2和RBMS2。失调的RBP基因可以部分解释PCMT1如何全局调控转录组谱。结论：总之，我们的研究确定了PCMT1在TNBC细胞系中的分子靶点，扩展了我们对PCMT1在癌症进展中调控机制的理解，并为TNBC的进展提供了新的见解。所识别的分子靶点是未来TNBC治疗的潜在治疗靶点。