RNA-seq鉴定铁死亡相关lncRNA
鉴定参与铁死亡的lncRNA
用DMSO、RSL3或RSL3+Fer-1处理A549细胞,提取RNA进行RNA-seq,比较差异表达。
Long non‑coding RNA lung cancer‑associated transcript 1 regulates ferroptosis via microRNA‑34a‑5p‑mediated GTP cyclohydrolase 1 downregulation in lung cancer cells.
体外细胞实验和RNA-seq分析,包括功能验证(过表达/敲低)和机制验证(双荧光素酶报告基因),但缺乏动物模型和临床样本验证。
A549人肺癌细胞系 H460人肺癌细胞系
RSL3和Erastin诱导铁死亡的浓度及处理时间 LUCAT1过表达和敲低效率 miR-34a-5p mimics/抑制剂转染浓度 脂质ROS检测方法(BODIPY C11)
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
鉴定参与铁死亡的lncRNA
用DMSO、RSL3或RSL3+Fer-1处理A549细胞,提取RNA进行RNA-seq,比较差异表达。
验证LUCAT1在铁死亡条件下的表达变化
通过RT-qPCR检测RSL3处理后LUCAT1表达。
评估LUCAT1对细胞增殖和铁死亡的影响
过表达或敲低LUCAT1后,检测细胞增殖、存活率和脂质ROS。
探究LUCAT1调控铁死亡的分子机制
检测铁死亡相关蛋白表达,预测并验证miR-34a-5p与LUCAT1和GCH1的结合。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养 | DMEM培养基 | Gibco; Thermo Fisher Scientific, Inc. | -- |
| RPMI-1640培养基 | Gibco; Thermo Fisher Scientific, Inc. | -- | |
| 胎牛血清 | Gemini Bio Products | -- | |
| 青霉素/链霉素 | -- | -- | |
| RNA-seq处理 | 二甲基亚砜 | -- | -- |
| RSL3 | MedChemExpress | HY-100218A | |
| Ferrostatin-1 | Selleck Chemicals | S7243 | |
| RNA提取 | TRIzol试剂 | Sigma-Aldrich; Merck KGaA | T9424 |
| RNA质量分析 | RNA 6000 Nano LabChip试剂盒 | Agilent Technologies, Inc. | 5067-1511 |
| Bioanalyzer 2100分析仪 | Agilent Technologies, Inc. | -- | |
| RNA-seq | Illumina Novaseq™ 6000测序平台 | Illumina | -- |
| 质粒构建与转染 | PB-CMV-MCS-EF1α-RedPuro载体 | System Biosciences, LLC | PB514B-2 |
| 稳定细胞系构建 | Super PiggyBac转座酶表达载体 | System Biosciences, LLC | PB210PA-1 |
| 转染 | jetPRIME转染试剂 | Polyplus-transfection SA | 101000046 |
| 稳定筛选 | 嘌呤霉素 | Gibco; Thermo Fisher Scientific, Inc. | A1113803 |
| 细胞活力检测 | CCK-8试剂盒 | Dojindo Molecular Technologies, Inc. | CK04 |
| 脂质ROS检测 | BODIPY 581/591 C11试剂盒 | Invitrogen; Thermo Fisher Scientific, Inc. | D3861 |
| 流式细胞术 | BD FACSAria™ II流式细胞仪 | BD Biosciences | -- |
| 逆转录 | ImProm-II™逆转录酶试剂盒 | Promega Corporation | A3803 |
| qPCR | PowerUp™ SYBR™ Green预混液 | Applied Biosystems; Thermo Fisher Scientific, Inc. | A24742 |
| miRNA加尾 | 大肠杆菌poly(A)聚合酶 | New England BioLabs, Inc. | M0276S |
| Western blotting | RIPA裂解液 | Genstar Biosolutions Co., Ltd. | ZE122-101S |
| 蛋白酶抑制剂混合物 | Bimake | B14001 | |
| 蛋白定量 | Pierce™ BCA蛋白定量试剂盒 | Thermo Fisher Scientific, Inc. | 23227 |
| Western blotting | 硝酸纤维素膜 | Pall Life Sciences | 66485 |
| GAPDH抗体 | ProteinTech Group, Inc. | 60004-1-Ig | |
| GCH1抗体 | ProteinTech Group, Inc. | 28501-1-AP | |
| GPX4抗体 | Abcam | ab125066 | |
| FSP1抗体 | ProteinTech Group, Inc. | 20886-1-AP | |
| 山羊抗小鼠二抗 | ProteinTech Group, Inc. | SA00001-1 | |
| 山羊抗兔二抗 | ProteinTech Group, Inc. | SA00001-2 | |
| HRP底物化学发光试剂 | MilliporeSigma | WBKLS0500 | |
| Tanon-4600SF化学发光成像系统 | Tanon Science and Technology Co., Ltd. | -- | |
| 双荧光素酶报告实验 | XbaI限制性内切酶 | New England BioLabs, Inc. | R0145S |
| NdeI限制性内切酶 | New England BioLabs, Inc. | R0111S | |
| pGL3-basic载体 | Promega Corporation | -- | |
| QuickMutation™ Plus试剂盒 | Beyotime Institute of Biotechnology | D0208S | |
| 双荧光素酶报告基因分析系统 | Promega Corporation | E1910 | |
| GloMax® 20/20发光检测仪 | Promega Corporation | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| RNA-seq | 细胞处理浓度和时间:RSL3 2 μM,Fer-1 5 μM;处理24小时;技术重复数3。 阅读提示:材料与方法:RNA-Seq部分 |
| LUCAT1表达验证 | RSL3浓度梯度(0, 1, 2, 4 μM)和时间点(0, 12, 24, 48h)的LUCAT1表达变化。 阅读提示:结果:Fig. 2M和2N |
| 过表达/敲低实验 | 转染浓度(siRNA: 50 nM; 质粒: 0.5 μg),筛选浓度(嘌呤霉素2 μg/ml),检测时间(RNA 48h,蛋白72h)。 阅读提示:材料与方法:质粒、稳定细胞系生成及转染部分 |
| 细胞活力检测 | 接种密度(1e3/孔),处理浓度:A549 2 μM RSL3或20 μM Erastin,H460 8 μM RSL3或20 μM Erastin;处理24小时。 阅读提示:材料与方法:细胞活力检测部分;图例Fig. 3C, 4C, 5G |
| 脂质ROS检测 | 处理浓度和时间(同上),C11-BODIPY浓度2 μM,染色30分钟,收集1e4细胞。 阅读提示:材料与方法:脂质ROS实验部分;图例Fig. 3E, 4E, 5H |