数据收集与预处理
获取并标准化多个ccRCC队列的转录组和临床数据
从TCGA、GEO、ArrayExpress及文献获取RNA-seq数据和临床信息,去除生存时间小于30天的患者,进行log转化。
Crosstalk of disulfidptosis-related subtypes identifying a prognostic signature to improve prognosis and immunotherapy responses of clear cell renal cell carcinoma patients.
基于公共数据库进行生物信息学分析,并构建和验证预后模型,同时通过qRT-PCR验证细胞系中基因表达。
TCGA-KIRC队列(509例ccRCC及72例正常组织) E-MTAB-1980队列(99例ccRCC) Braun队列(CheckMate 010, 025,167例ccRCC) JAVELIN试验队列(221例RCC) ccRCC细胞系(ACHN、CAKI-1、786-O)及人肾近端肾小管上皮细胞系HK-2
TCGA队列用于训练,E-MTAB-1980、Braun和JAVELIN队列用于测试。 基于13个DGs表达谱的共识聚类将TCGA队列分为两个聚类(k=2)。 基于LASSO Cox和多元Cox回归构建包含8个OS相关基因的DR评分公式。 根据中位DR评分将患者分为高低风险组。 qRT-PCR验证13个DGs在ccRCC细胞系中的mRNA表达水平。
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
获取并标准化多个ccRCC队列的转录组和临床数据
从TCGA、GEO、ArrayExpress及文献获取RNA-seq数据和临床信息,去除生存时间小于30天的患者,进行log转化。
分析13个DGs在ccRCC中的表达、突变和拷贝数变异
比较ccRCC和正常组织中13个DGs的mRNA表达,分析体细胞突变和CNV。
基于DGs表达将TCGA患者分为不同亚型并评估预后和免疫景观差异
使用ConsensusClusterPlus进行无监督共识聚类,比较亚型间预后、临床特征和免疫浸润。
建立基于DGs相关差异基因的预后评分模型
通过DEGs、单因素Cox、LASSO Cox和多因素Cox回归构建DR评分,并在多个队列验证。
评估DR评分的独立预后价值并构建临床预测工具
进行单因素和多因素Cox回归,构建列线图,并评估其校准和临床效益。
比较不同风险组的突变负荷和免疫细胞浸润差异
分析体细胞突变、TMB,使用ESTIMATE、CIBERSORT、ssGSEA评估免疫浸润。
评估DR评分预测免疫治疗应答的能力
使用TIDE算法、submap算法预测免疫治疗应答,并在CheckMate队列验证。
预测不同风险组对化疗药物的敏感性
基于GDSC数据库预测IC50值,并分析其与DR评分的相关性。
验证DGs在ccRCC细胞系中的mRNA表达水平
使用qRT-PCR检测THPs在三种ccRCC细胞系中的mRNA表达。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养 | RPMI-1640培养基 | Invitrogen | -- |
| 胎牛血清 | -- | -- | |
| RNA提取 | TRIzol试剂 | Invitrogen | -- |
| 逆转录 | PrimeScript逆转录试剂盒 | EZBioscience | -- |
| qRT-PCR | EZBioscience 2×SYBR Green qPCR预混液 | EZBioscience | -- |
| qRT-PCR引物 | 引物 | TSINGKE | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 数据收集与预处理 | 队列来源、样本数量、生存时间筛选(<30天排除)、数据标准化方法(log转化) 阅读提示:Methods: Sample data collection and procession |
| DGs表达和突变分析 | 13个DGs列表、表达差异分析、体细胞突变和CNV分析 阅读提示:Methods: Identification of disulfidptosis-related subtypes; Results: Expression profiles and transcriptional mutation |
| 共识聚类 | 聚类数k=2、TCGA队列患者数、无监督聚类算法 阅读提示:Methods: Identification of disulfidptosis-related subtypes |
| DR评分构建 | DEGs筛选标准(|log2FC|>1, padj<0.05)、LASSO和多元Cox回归、8个OS基因及系数 阅读提示:Methods: Development and validation of disulfidptosis-related prognostic signature |
| 临床相关性和列线图 | 单/多因素Cox分析、列线图包含变量、校准曲线和C-index 阅读提示:Methods: Clinical characteristic... and nomogram; Results: Clinical significance |
| TMB和免疫微环境分析 | TMB计算、中位数分组、ESTIMATE/CIBERSORT/ssGSEA算法 阅读提示:Methods: Tumor mutation burden analysis; Immune analysis |
| 免疫治疗应答预测 | TIDE算法、submap算法、CheckMate队列分组(CR/PR vs PD)、chi-square test 阅读提示:Methods: Prediction and verification of immunotherapy responses |
| 化疗药物敏感性预测 | IC50预测方法、药物列表、GDSC数据库 阅读提示:Methods: Prediction of chemotherapy |
| qRT-PCR验证 | 细胞系(786-O, ACHN, CaKi-1, HK-2)、培养条件、RNA提取和qRT-PCR程序、内参GAPDH 阅读提示:Methods: Cell culture; Quantitative real-time PCR (qRT-PCR) |