人群血清蛋白质组学筛选靶蛋白
筛选丙烯酰胺暴露人群中与学习记忆损伤相关的差异蛋白。
对ACR职业暴露组和非暴露组各10人血清进行TMT标记定量蛋白质组学分析,筛选差异蛋白,eEF2显著上调。
Reduction of eEF2 kinase alleviates the learning and memory impairment caused by acrylamide.
包含人群血清蛋白质组学、体外PC12细胞、体内大鼠和小鼠模型,以及eEF2K敲除功能验证和机制研究。
PC12细胞 SD大鼠 eEF2K基因敲除小鼠(C57BL/6J) 丙烯酰胺职业暴露人群
丙烯酰胺暴露剂量:大鼠低剂量6 mg/kg,高剂量18 mg/kg;小鼠18 mg/kg;PC12细胞1.25 mM和2.5 mM。 暴露时间:体内28天,体外24小时。 eEF2K-siRNA浓度:10 μM。 动物品系:SD大鼠、eEF2K敲除C57BL/6J小鼠 行为学测试:旷场实验、穿梭箱实验
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
筛选丙烯酰胺暴露人群中与学习记忆损伤相关的差异蛋白。
对ACR职业暴露组和非暴露组各10人血清进行TMT标记定量蛋白质组学分析,筛选差异蛋白,eEF2显著上调。
验证丙烯酰胺暴露是否影响PC12细胞中eEF2K和p-eEF2的表达。
PC12细胞分为对照组、1.25 mM ACR组、2.5 mM ACR组,暴露24小时后检测eEF2K蛋白和mRNA表达、p-eEF2/eEF2比值、细胞活力及形态。
验证丙烯酰胺暴露是否影响大鼠海马组织eEF2K表达及形态学变化。
SD大鼠随机分为对照组、低剂量ACR组(6 mg/kg)和高剂量ACR组(18 mg/kg),连续灌胃28天,观察海马DG区病理变化及eEF2K表达。
验证抑制eEF2K表达能否改善丙烯酰胺引起的PC12细胞神经毒性。
PC12细胞分为对照组、eEF2K-siRNA组、ACR组、eEF2K-siRNA+ACR组,ACR浓度2.5 mM,siRNA浓度10 μM,暴露24小时,检测细胞活力、eEF2K表达、细胞形态及学习记忆相关蛋白表达。
验证eEF2K敲除能否改善丙烯酰胺引起的学习记忆损伤及行为异常。
野生型(WT)和eEF2K敲除(KO)小鼠各24只,分为WT组、KO组、WT+ACR组、KO+ACR组(n=12/组),ACR剂量18 mg/kg灌胃28天,进行行为学测试(旷场、穿梭箱)、海马组织病理学检测及学习记忆相关蛋白表达分析。
探究eEF2K影响学习记忆损伤的潜在下游蛋白及信号通路。
对4组小鼠海马组织进行TMT标记定量蛋白质组学分析,筛选eEF2K调控的差异蛋白,通过分子对接和KEGG富集分析预测机制。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养 | DMEM培养基 | Procell | -- |
| 胎牛血清 | Wenren | -- | |
| 分子生物学 | 50×TAE缓冲液 | LEAGENE | -- |
| 细胞染色 | DAPI染料 | Beyotime | -- |
| 蛋白定量 | BCA蛋白定量试剂盒 | Beyotime | -- |
| 细胞活力检测 | 细胞计数试剂盒-8 (CCK-8) | Beyotime | -- |
| 基因沉默 | eEF2K小干扰RNA | RIBOBIO | -- |
| 蛋白电泳 | PAGE凝胶快速制备试剂盒 | Epizyme | -- |
| RT-qPCR | RT-qPCR试剂盒 | Toyobo | -- |
| 基因鉴定 | 基因鉴定试剂盒 | TIANGEN | -- |
| Western blot | eEF2抗体 | Abbkine | ABP58457 |
| 磷酸化eEF2 (Thr56)抗体 | Abbkine | ABP58456 | |
| eEF2K抗体 | GeneTex | GTX111496 | |
| 突触素1抗体 | Abbkine | ABP0125 | |
| TrkB抗体 | Abbkine | ABP55433 | |
| BDNF抗体 | GeneTex | GTX132621 | |
| Lpcat1抗体 | Affinity | DF12033 | |
| β-actin抗体 | ORIGENE | TA811000 | |
| 免疫荧光 | FITC标记的山羊抗小鼠IgG | ORIGENE | TA130013 |
| Cy3标记的山羊抗兔IgG | Abbkine | A23920 | |
| Western blot | HRP标记的山羊抗小鼠IgG | Abbkine | A21010 |
| HRP标记的山羊抗兔IgG | Abbkine | A21020 | |
| 血清蛋白质组学 | Pierce™ Top 12高丰度蛋白去除离心柱试剂盒 | Thermo | -- |
| 蛋白质组学 | Strata X C18 | Phenomenex | -- |
| TMT标记试剂盒 | -- | -- | |
| 细胞转染 | 脂质体2000 | Invitrogen | -- |
| 行为学实验 | 旷场实验箱 | Shenzhen Ward Life Science Co., Ltd. | -- |
| 穿梭箱 | Chengdu Taimeng Technology Co., Ltd. | -- | |
| 免疫组化 | DAB显色试剂盒 | Servicebio | -- |
| 显微镜 | 光学显微镜(BH-2) | Olympus | -- |
| 荧光显微镜(Fi3) | Nikon | -- | |
| 透射电镜 | 超薄切片机(Leica Ultracet R) | Leica | -- |
| 透射电子显微镜(JEM1230) | Japan | -- | |
| Western blot | RIPA裂解液 | Beyotime | -- |
| PVDF膜 | -- | -- | |
| 增强化学发光检测试剂盒 | -- | -- | |
| RNA提取 | E.Z.N.A.®总RNA提取试剂盒I | Omega | -- |
| RT-qPCR | ReverTra Ace® qPCR RT Master Mix(含gDNA去除剂) | TOYOBO | -- |
| THUNDERBIRD™ Next SYBR® qPCR Mix | TOYOBO | -- | |
| 蛋白质组学 | EASY-nLC 1200超高效液相色谱系统 | -- | -- |
| Orbitrap Exploris™ 480质谱仪 | ThermoFisher | -- | |
| 分子对接 | HDOCK在线平台 | -- | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 人群研究 | 纳入标准:从事ACR单体生产车间的工人,无ACR暴露的行政人员;排除标准包括长期使用抗精神病药物等。样本量:暴露组50人,非暴露组50人;血清蛋白质组学各10人。 阅读提示:Methods-Study subjects; Table 1,2,3 |
| 体外细胞实验 | PC12细胞培养条件:10% FBS、1%青霉素/链霉素、89% DMEM;ACR浓度:1.25 mM和2.5 mM;暴露时间:24小时;eEF2K-siRNA浓度:10 μM。 阅读提示:Methods-Cell culture and transfection; Results and Fig. 1,3 |
| 动物实验 | 动物品系:SD大鼠(8周龄雄性)、C57BL/6J小鼠(eEF2K-KO和WT,8周龄雄性);ACR给药剂量:大鼠6 mg/kg和18 mg/kg,小鼠18 mg/kg;给药方式:口服灌胃,按体重1%体积;暴露时间:28天。 阅读提示:Methods-Animal feeding and grouping |
| 行为学测试 | 旷场实验:大鼠监测10分钟,小鼠5分钟;穿梭箱实验:适应2分钟,CS最长10秒,US最长10秒,连续3天训练第4天测试。 阅读提示:Methods-Behavior tests |
| 蛋白表达检测 | 抗体使用浓度:eEF2K (1:1000 for WB, 1:500 for IHC in rat, 1:300 for IHC in mouse), eEF2 (1:1000), p-eEF2 (1:1000), BDNF (1:1000), SYN1 (1:1000), TrkB (1:1000), Lpcat1 (1:500), β-actin (1:1000)。 阅读提示:Methods-Western blot analysis, Immunohistochemical analysis, Immunofluorescence analysis |
| 海马蛋白质组学 | 样品数:每组3个样本;筛选标准:Fold change ≥1.2,P<0.05。 阅读提示:Methods-Mouse hippocampal tissue proteomics; Results and Fig. 6 |