验证eccDNA携带FAM84B并影响其表达
确认PCa细胞中eccDNA的存在及其携带的FAM84B转录本,并验证eccDNA合成抑制对FAM84B表达的影响。
通过向外和向内PCR验证eccDNA 3#的环状结构及其包含的FAM84B转录本;使用shRNA敲低Lig3抑制eccDNA合成,检测FAM84B表达变化。
Extrachromosomal circular DNA promotes prostate cancer progression through the FAM84B/CDKN1B/MYC/WWP1 axis.
体外细胞实验、异种移植和转移模型、患者样本分析,以及ChIP-qPCR、双荧光素酶报告、Co-IP等机制验证,证据层级多样。
LNCaP和PC-3前列腺癌细胞系 HPEC人前列腺上皮细胞 NOD/SCID小鼠异种移植和转移模型 38例前列腺癌患者的肿瘤及癌旁组织
使用LNCaP和PC-3细胞系,HPEC作为对照 敲低Lig3抑制eccDNA合成,验证FAM84B表达变化 使用MYCi361(6 μM,3小时)和LF3(30 μM,4小时)处理 异种移植实验使用PC-3细胞,每组5只小鼠,皮下注射150 μL(1×10^7 cells/mL)细胞悬液 转移实验通过心内注射100 μL(1×10^7 cells/mL)细胞悬液,并用IVIS成像监测
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
确认PCa细胞中eccDNA的存在及其携带的FAM84B转录本,并验证eccDNA合成抑制对FAM84B表达的影响。
通过向外和向内PCR验证eccDNA 3#的环状结构及其包含的FAM84B转录本;使用shRNA敲低Lig3抑制eccDNA合成,检测FAM84B表达变化。
检测FAM84B表达对PCa细胞增殖、迁移和侵袭能力的影响。
在PCa细胞中敲低Lig3并过表达FAM84B,通过CCK8、EdU和transwell实验检测细胞增殖、DNA合成、迁移和侵袭。
在动物模型中验证FAM84B对肿瘤生长和转移的影响。
皮下注射PC-3细胞建立异种移植模型,心内注射建立转移模型,检测肿瘤生长和转移情况。
确定FAM84B如何调节WWP1表达及其分子机制。
通过UALCAN和GEPIA数据库分析FAM84B共表达基因,确定WWP1为候选靶点;通过Western blot、ChIP-qPCR和双荧光素酶报告实验验证MYC对WWP1的转录调控,并探索β-catenin依赖性。
验证WWP1是否通过泛素化途径降解CDKN1B蛋白。
通过Co-IP检测WWP1与CDKN1B的相互作用,并检测WWP1过表达对CDKN1B泛素化水平和蛋白稳定性的影响。
确认该信号轴在PCa进展中的功能作用。
在FAM84B过表达细胞中过表达CDKN1B或敲低WWP1,检测细胞增殖、迁移和侵袭及体内肿瘤生长和转移。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养 | RPMI-1640培养基 | Gibco | -- |
| 胎牛血清 | -- | -- | |
| 青霉素/链霉素 | -- | -- | |
| 细胞转染 | Lipofectamine 2000 | Thermo Fisher Scientific | -- |
| PCR | PCR预混液 | Bio-Rad | 1665009EDU |
| Western blot | RIPA裂解液 | Roche Diagnostics | -- |
| PVDF膜 | Millipore | -- | |
| RT-qPCR | TRIzol试剂 | Glpbio | GK20008 |
| iScript cDNA合成试剂盒 | Bio-Rad | 1708890 | |
| SsoAdvanced通用SYBR Green预混液 | Bio-Rad | 1725270 | |
| CFX Opus 96实时荧光定量PCR系统 | Bio-Rad | -- | |
| 细胞增殖 | 细胞计数试剂盒-8 | Glpbio | GK10001 |
| BeyoClick EdU-594细胞增殖检测试剂盒 | Beyotime | C0078S | |
| 迁移和侵袭 | Transwell小室 | Corning Costar | -- |
| Matrigel基质胶 | Corning | -- | |
| ChIP | SimpleChIP Plus酶法ChIP试剂盒 | Cell Signaling Technologies | 9005 |
| 荧光素酶报告 | pGL3 basic载体 | Promega | -- |
| 双荧光素酶报告检测系统 | Promega | -- | |
| TOP/FOP flash | TOP flash质粒 | Beyotime | D2501 |
| FOP flash质粒 | Beyotime | D2503 | |
| 动物实验 | NOD/SCID小鼠 | Beijing Vital River Laboratory Animal Technology | -- |
| D-荧光素 | -- | -- | |
| 药物处理 | MYCi361 | Selleck | S8905 |
| LF3 | Selleck | S8474 | |
| MG-132 | Selleck | S2619 | |
| Co-IP | 蛋白A/G琼脂糖珠 | Thermo Fisher Scientific | -- |
| 抗体 | FAM84B抗体 | ProteinTech | 18421-1-AP |
| MYC抗体 | Cell Signaling Technologies | 18583 | |
| β-连环蛋白抗体 | Cell Signaling Technologies | 17565-1-AP | |
| WWP1抗体 | ProteinTech | 28689-1-AP | |
| CDKN1B抗体 | Abcam | ab32034 | |
| β-肌动蛋白抗体 | Abcam | ab115777 | |
| 泛素抗体 | Cell Signaling Technologies | 20326 | |
| Ki67抗体 | ProteinTech | 28074-1-AP | |
| Lig3抗体 | ABclonal | A22136 |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 细胞培养与转染 | 细胞系(HPEC、LNCaP、PC-3)的来源和培养条件;慢病毒感染MOI=5,48小时;嘌呤霉素筛选浓度2 μg/mL,2周。 阅读提示:详见Materials and methods中的Cell culture, cell transfection, and establishment of stable cell lines部分。 |
| eccDNA验证 | 向外和向内PCR引物序列(Table 1);phi29处理;PCR反应体系。 阅读提示:详见Materials and methods中的Outward and inward PCR部分和Table 1。 |
| 药物处理 | MYCi361处理浓度6 μM,时间3小时;LF3处理浓度30 μM,时间4小时;DMSO作为对照;动物实验中MYCi361给药剂量55 mg/kg/天,连续3天/周,共2周。 阅读提示:详见Materials and methods中的Cell culture部分和Formation of xenografts and metastases部分。 |
| 体外功能实验 | CCK8实验细胞数3000/孔,孵育时间1、3、5天;EdU实验细胞数1×10^4,EdU浓度50 μM,处理2小时;Transwell迁移和侵袭实验细胞数1×10^5,迁移时间24小时,侵袭需预铺Matrigel。 阅读提示:详见Materials and methods中的Proliferation and viability assays和Migration and invasion assays部分。 |
| 体内实验 | 小鼠品系NOD/SCID,年龄7周龄,每组10只;皮下注射细胞数1×10^7 cells/mL,150 μL;心内注射相同浓度100 μL;肿瘤体积测量每周一次,4周后处死;转移模型使用IVIS成像。 阅读提示:详见Materials and methods中的Formation of xenografts and metastases部分。 |
| 机制实验 | ChIP实验使用的抗体(MYC、β-catenin)和阴性对照IgG;双荧光素酶报告实验使用的载体和转染试剂;Co-IP实验MG-132预处理浓度100 nM,12小时;CHX浓度500 nM,0、3、6小时。 阅读提示:详见Materials and methods中的Chromatin immunoprecipitation assay、Luciferase reporter assay、Co-immunoprecipitation部分。 |