外泌体分离与功能验证
验证乳腺癌细胞来源外泌体对HUVEC血管生成能力的影响
从MDA-MB-231和MCF-10A细胞培养上清中通过超速离心提取外泌体,用TEM和western blot鉴定,并与HUVECs共培养后检测其增殖、迁移和成管能力。
Exosomal lncRNA SNHG12 promotes angiogenesis and breast cancer progression.
包含体外细胞功能实验(增殖、迁移、成管)、体内裸鼠成瘤模型、转录组测序、RNA pull-down、RIP、ChIP等分子机制验证,证据层级丰富。
MDA-MB-231乳腺癌细胞系 人脐静脉内皮细胞(HUVECs) BALB/c裸鼠皮下移植瘤模型 MCF-10A正常乳腺上皮细胞系
外泌体来源:MDA-MB-231 vs MCF-10A细胞条件培养基 SNHG12敲低或过表达的外泌体处理HUVECs,剂量为20 μg/mL 体内实验:雌性无胸腺BALB/c裸鼠(5周龄,20±2 g),肿瘤体积100 mm3时瘤内注射,每周一次,n=5 MMP10敲低或过表达及PBRM1过表达的HUVECs功能实验 统计方法:Student's t检验、方差分析,P<0.05为显著性
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
验证乳腺癌细胞来源外泌体对HUVEC血管生成能力的影响
从MDA-MB-231和MCF-10A细胞培养上清中通过超速离心提取外泌体,用TEM和western blot鉴定,并与HUVECs共培养后检测其增殖、迁移和成管能力。
鉴定外泌体中调控血管生成的关键lncRNA
利用外泌体测序和TCGA数据库筛选差异lncRNA,并通过GO/KEGG富集及网络分析,最终选择SNHG12。
验证外泌体SNHG12对HUVEC增殖、迁移和成管的影响
在MDA-MB-231细胞中过表达或敲低SNHG12,收集外泌体处理HUVECs,检测其功能变化。
验证外泌体SNHG12敲低对肿瘤生长和血管生成的影响
建立裸鼠皮下移植瘤模型,瘤内注射SNHG12敲低的外泌体和对照,测量肿瘤体积、重量,并通过免疫荧光检测CD31和CD34表达评估微血管密度。
鉴定SNHG12调控血管生成的下游靶基因
对SNHG12过表达的HUVECs进行转录组测序,分析差异表达基因,并通过功能富集和qRT-PCR验证,最终确定MMP10。
验证MMP10对HUVEC血管生成功能的影响
在HUVECs中过表达或敲低MMP10,通过CCK-8、划痕、Transwell和成管实验检测功能变化。
阐明SNHG12调控MMP10的分子机制
通过RNA pull-down、RIP和ChIP实验验证SNHG12与PBRM1的直接相互作用,以及PBRM1与MMP10启动子的结合。
验证外泌体SNHG12通过PBRM1和MMP10调控血管生成
在HUVECs中同时过表达SNHG12和PBRM1或敲低MMP10,检测HUVEC功能变化,以验证机制。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养 | DMEM培养基 | Corning | 10-013-CVR |
| L-15培养基 | Solarbio | LA9510 | |
| MCF-10A专用培养基 | Procell | CM-0525 | |
| ScienCell 1001培养基 | ScienCell | -- | |
| 胎牛血清 | Gibco | -- | |
| 青霉素/链霉素 | Sangon | -- | |
| qRT-PCR | TRIzol试剂 | Invitrogen | -- |
| cDNA合成试剂盒 | Thermo | -- | |
| SYBR Green PCR预混液 | Roche | -- | |
| 外泌体分离 | 改良BCA蛋白定量试剂盒 | Sangon Biotech | C503051 |
| Western blot | RIPA裂解液 | Thermo Fisher | -- |
| GAPDH抗体 | Proteintech | 60004-1-Lg | |
| 外泌体鉴定 | CD63抗体 | Abcam | ab216130 |
| Western blot | PBRM1抗体 | Proteintech | 12563-1-AP |
| 山羊抗兔IgG H&L(HRP) | Beyotime | A0208 | |
| 山羊抗小鼠IgG H&L(HRP) | Beyotime | A0216 | |
| 管形成实验 | 基质胶 | -- | -- |
| 细胞转染 | 脂质体2000 | Invitrogen | -- |
| DharmaFECT4转染试剂 | Dharmacon | -- | |
| Transwell实验 | 胰蛋白酶-EDTA | -- | -- |
| 结晶紫 | -- | -- | |
| 免疫荧光 | CD31抗体 | Abcam | ab222783 |
| CD34抗体 | Abcam | ab81289 | |
| Cy3标记的山羊抗兔IgG (H+L) | Servicebio | GB21403 | |
| DAPI | -- | -- | |
| RNA-seq | KAPA链特异性RNA-seq文库制备试剂盒 | Illumina | -- |
| Illumina NovaSeq 6000测序系统 | Illumina | -- | |
| RNA pull-down | 磁珠RNA-蛋白质pull-down试剂盒 | Thermo | -- |
| ChIP | ChIP试剂盒 | Millipore | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 细胞培养 | 细胞系来源、培养基、血清浓度(10%)、抗生素浓度(1%)、培养温度(37℃)和CO2浓度(5%) 阅读提示:Materials and methods: Cell culture |
| 外泌体提取 | 超速离心各步骤转速和时间:300×g 10min、2000×g 20min、10,000×g 30min、100,000×g 1.5h 阅读提示:Materials and methods: Isolation and characterization of exosomes |
| 外泌体功能实验 | 外泌体处理浓度:20 μg/mL(Transwell),其他实验浓度未明确说明;处理时间:24小时(成管和划痕实验) 阅读提示:Materials and methods: Tube formation assay, Transwell assay |
| 细胞转染 | 转染试剂:Lipofectamine 2000(质粒)和DharmaFECT4(siRNA) 阅读提示:Materials and methods: Cell transfection |
| 体内实验 | 动物品系、性别、周龄、体重:雌性BALB/c裸鼠,5周,20±2g;肿瘤体积达到100mm3时开始治疗;给药方式:瘤内注射,每周一次;样本量n=5;观察时间26天 阅读提示:Materials and methods: Tumor formation in nude mice |