单核RNA测序数据分析
识别APOE2携带者中与神经元线粒体功能相关的通路变化
对ROSMAP队列的snRNA-seq数据进行分析,比较APOE2/3与APOE3/3基因型在六种主要细胞类型中的通路活性,并聚焦线粒体相关通路。
APOE2 protects against Aβ pathology by improving neuronal mitochondrial function through ERRα signaling.
包含snRNA-seq和bulk RNA-seq数据分析、SH-SY5Y细胞过表达/激动剂实验、AD模型小鼠行为学及分子检测等多层级验证。
SH-SY5Y细胞 Aβ1-42颅内注射的ICR小鼠 hAPOE2-TR和hAPOE3-TR小鼠 ROSMAP队列人脑组织样本
APOE2/3与APOE3/3基因型分组 Aβ1-42寡聚体处理浓度10 μM ERRα激动剂浓度5 μM Aβ1-42注射剂量400 pmol/小鼠 ERRα激动剂鼻内给药剂量1 mg/kg
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
识别APOE2携带者中与神经元线粒体功能相关的通路变化
对ROSMAP队列的snRNA-seq数据进行分析,比较APOE2/3与APOE3/3基因型在六种主要细胞类型中的通路活性,并聚焦线粒体相关通路。
验证APOE2过表达是否减轻Aβ1-42诱导的线粒体功能障碍
在SH-SY5Y细胞中过表达人APOE2或APOE3,再用Aβ1-42寡聚体处理,检测线粒体膜电位、ROS水平等指标。
探究APOE2是否通过ERRα发挥线粒体保护作用
通过SCENIC分析预测ESRRA为关键转录因子,免疫荧光和Co-IP验证ApoE2与ERRα的共定位和直接结合,分子对接预测结合模式。
验证ERRα过表达或激活是否能改善Aβ1-42诱导的线粒体功能障碍
在SH-SY5Y细胞中过表达人ESRRA或使用ERRα激动剂,检测线粒体功能指标。
验证ERRα激动剂能否改善AD模型小鼠的认知功能
通过ICV注射Aβ1-42建立AD小鼠模型,鼻内给予ERRα激动剂,进行行为学测试和分子检测。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养 | DMEM/F12培养基 | Gibco | -- |
| DMEM培养基 | Gibco | -- | |
| 胎牛血清 | Procell | -- | |
| 青霉素/链霉素 | Biosharp | -- | |
| Lipofectamine 3000转染试剂 | Thermo Fisher Scientific | -- | |
| 药物处理 | β-淀粉样蛋白(1-42)肽 | GenScript | RP10017CN |
| 六氟异丙醇 | Macklin | H811027-2 ml | |
| 二甲基亚砜 | Sigma-Aldrich | D2650 | |
| ERRα激动剂 | MedChemExpress | HY-132205 | |
| 线粒体功能检测 | JC-1探针 | Biosharp | BL711A |
| MitoTracker Red CMXRos探针 | Yeasen | 40741ES50 | |
| MitoSOX Red探针 | MedChemExpress | HY-D1055 | |
| 免疫荧光染色 | 抗NeuN抗体 | Abcam | ab104224 |
| 抗ERRα抗体 | Abcam | ab76228 | |
| 抗载脂蛋白E抗体 | MERCK | 178479-500ULCN | |
| 免疫共沉淀 | 抗HA标签小鼠抗体(琼脂糖偶联) | Abmart | M20013 |
| 抗FLAG抗体 | MBL | M185-3 | |
| 抗HA抗体 | Proteintech | 66006-2-ig | |
| rProtein A/G磁珠免疫共沉淀试剂盒 | ACE | BK0004-01 | |
| 蛋白质印迹 | RIPA裂解液 | Beyotime | P0013B |
| 抗PSD95抗体 | Abcam | ab12093 | |
| 抗β-微管蛋白抗体 | Proteintech | 66240-1-ig | |
| 抗α-辅肌动蛋白抗体 | Proteintech | 66895-1-Ig | |
| 抗突触素抗体 | Abcam | ab32127 | |
| 抗Homer1抗体 | Abcam | ab184955 | |
| Odyssey红外成像系统 | LI-COR | -- | |
| 细胞活力检测 | CCK-8试剂盒 | GOONIE | -- |
| 动物实验 | 阿佛丁(麻醉剂) | Aibei Biotechnology | M2910 |
| 透明质酸酶 | Macklin | H6151 | |
| 仪器 | 酶标仪 | Biotek | SynergyH4 |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 单核RNA测序数据分析 | 样本量:52例(APOE2/3:25,APOE3/3:27),APOE基因型分组,AD病理状态(高/低Aβ) 阅读提示:Methods: Datasets 和 Single-nucleus RNA-seq data processing |
| 细胞培养与处理 | SH-SY5Y细胞在DMEM/F12+10%FBS+1%P/S中培养,转染使用Lipofectamine 3000(60-70%融合度),Aβ1-42寡聚体处理浓度10 μM,处理时间24小时 阅读提示:Methods: Cell culture, Plasmid preparation and transfection, Pharmacological treatment of SH-SY5Y cells |
| 线粒体功能检测 | JC-1孵育条件(37℃,20min),MitoTracker Red浓度1 μM孵育30min,MitoSOX Red浓度5 μM孵育30min 阅读提示:Methods: Measurement of mitochondrial functions |
| ERRα激动剂处理 | ERRα激动剂浓度5 μM(细胞实验),动物实验剂量1 mg/kg鼻内给药,给药时间点(第3天和第6天) 阅读提示:Methods: Pharmacological treatment of SH-SY5Y cells, Nasal administration of ERRα agonist, Figure legends Fig.6, Fig.7 |
| 动物模型与行为学 | ICR小鼠8-12周龄,雌雄各半,Aβ1-42剂量400 pmol/小鼠ICV注射,行为学在注射后第9天进行 阅读提示:Methods: Animals, Induction of the AD-model, Behavioral tests |