生物信息学分析
识别与神经母细胞瘤预后相关的铁死亡相关基因。
利用FerrDb数据库获取铁死亡基因列表,结合TARGET数据库NB转录组数据进行单因素和多因素Cox回归分析,筛选出与NB预后相关的基因。
EIF2S1 Silencing Impedes Neuroblastoma Development Through GPX4 Inactivation and Ferroptosis Induction.
包含生物信息学分析、临床组织样本验证、体外细胞功能实验及体内异种移植瘤模型,并进行了铁死亡机制验证。
SK-N-SH细胞系 IMR-32细胞系 BALB/c-nu裸鼠异种移植瘤模型 NB患者组织样本
EIF2S1表达水平:SK-N-SH和IMR-32细胞系中敲低效率需验证 铁死亡指标:Fe2+、ROS、MDA水平及GPX4、SLC7A11蛋白表达 细胞功能:增殖(CCK-8)、迁移和侵袭(Transwell)、凋亡(TUNEL) 体内肿瘤生长:肿瘤体积和重量,及Ki67增殖指数
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
识别与神经母细胞瘤预后相关的铁死亡相关基因。
利用FerrDb数据库获取铁死亡基因列表,结合TARGET数据库NB转录组数据进行单因素和多因素Cox回归分析,筛选出与NB预后相关的基因。
验证EIF2S1在NB组织和正常组织中的表达差异及其临床意义。
收集NB组织和正常背根神经节样本,通过RT-qPCR和Western blot检测EIF2S1表达,并分析与临床特征及生存的相关性。
检测NB细胞系中EIF2S1的表达水平,并选择用于功能实验的细胞系。
通过RT-qPCR检测多种NB细胞系(SK-N-SH、SK-N-AS、SK-N-BE(2)、IMR-32)及HUVEC中EIF2S1 mRNA水平,并检测N-Myc蛋白表达。
评估EIF2S1敲低对NB细胞增殖、迁移、侵袭和凋亡的影响。
使用shRNA慢病毒在SK-N-SH和IMR-32细胞中敲低EIF2S1,通过CCK-8、Transwell和TUNEL实验检测细胞表型变化。
验证EIF2S1敲低对NB肿瘤生长的影响。
将表达sh-EIF2S1或sh-NC的SK-N-SH细胞皮下植入裸鼠,4周后测量肿瘤大小和重量,并进行Ki67和EIF2S1免疫组化检测。
研究EIF2S1敲低是否诱导NB细胞铁死亡及其机制。
检测EIF2S1敲低后NB细胞中Fe2+、ROS、MDA水平,并通过Western blot检测GPX4和SLC7A11蛋白表达。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养 | RPMI1640培养基 | Thermo Fisher | -- |
| 胎牛血清 | GE Healthcare Life Science | SV30160.03 | |
| MEM培养基 | Thermo Fisher | -- | |
| 基因敲低 | pLKO.1-puro载体 | Sigma-Aldrich | -- |
| 慢病毒包装混合液 | Sigma-Aldrich | -- | |
| RT-qPCR | TRIzol试剂 | Thermo Fisher | 15596026 |
| RT预混液 | MedChemExpress | -- | |
| HT7900实时荧光定量PCR系统 | ABI | -- | |
| Western blot | RIP裂解液 | Beyotime | -- |
| BCA蛋白定量试剂盒 | Bio-Rad | -- | |
| iBlot转膜系统 | Invitrogen | -- | |
| SLC7A11抗体 | Solarbio | K009230P | |
| EIF2S1抗体 | Solarbio | K010094P | |
| GPX4抗体 | Solarbio | K003083P | |
| N-Myc抗体 | Abcam | ab24193 | |
| 抗微管蛋白抗体 | Solarbio | K200059M | |
| 二抗 | Thermo Fisher | A-11008 | |
| ECL化学发光检测系统 | Pierce | -- | |
| 细胞增殖检测 | CCK-8试剂 | MedChemExpress | HY-K0301 |
| BioTek酶标仪 | BioTek | -- | |
| Transwell实验 | Transwell小室 | Corning | -- |
| 基质胶 | Corning | -- | |
| 结晶紫 | Beyotime | C0121 | |
| 奥林巴斯1X71显微镜 | Olympus | -- | |
| TUNEL实验 | TUNEL荧光标记试剂盒 | Beyotime | C1086 |
| DAPI | Sigma-Aldrich | -- | |
| ROS/MDA/Fe2+检测 | ROS检测试剂盒 | Dojindo Molecular Technologies Inc. | R252 |
| MDA检测试剂盒 | Dojindo Molecular Technologies Inc. | M496 | |
| 铁检测试剂盒 | Dojindo Molecular Technologies Inc. | I291 |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 临床样本验证 | NB组织样本(n=36)和正常背根神经节(n=15)的来源,EIF2S1表达检测方法及分组 阅读提示:Methods 2.3及结果3.1 |
| 细胞培养 | 细胞系来源(ATCC、Procell)及培养条件(培养基、FBS浓度) 阅读提示:Methods 2.4 |
| 基因敲低 | shRNA序列、转导条件(MOI、时间)、筛选浓度(嘌呤霉素) 阅读提示:Methods 2.5 |
| 体外功能实验 | 细胞增殖(CCK-8)、迁移/侵袭(Transwell)和凋亡(TUNEL)的具体条件(细胞密度、时间) 阅读提示:Methods 2.8,2.9,2.10 |
| 铁死亡检测 | ROS、MDA和Fe2+检测试剂盒及操作规范,GPX4和SLC7A11蛋白检测条件 阅读提示:Methods 2.11及3.6 |
| 体内异种移植瘤实验 | 动物品系、周龄、体重、细胞注射量、时间、肿瘤测量方式 阅读提示:Methods 2.12 |