评估ITGB5在胃癌中的表达
验证ITGB5在胃癌组织和细胞中的表达水平。
利用TCGA和GEO数据库分析ITGB5 mRNA表达,通过qPCR和IHC验证蛋白表达。
Integrin β5, a noninvasive diagnostic biomarker, is associated with unfavorable prognosis and immunotherapy efficacy in gastric cancer.
包含生物信息学分析、体外细胞功能实验、免疫组化及血清ELISA验证,但缺乏体内动物模型和机制深究。
胃癌细胞系(MKN45、HGC27、AGS、MKN28) 胃癌组织和癌旁组织 血清样本(胃癌患者和健康对照)
ITGB5在胃癌组织中的表达高于正常组织,经IHC验证 siRNA敲低ITGB5后细胞增殖和迁移能力降低 血清ITGB5水平在胃癌患者中显著升高,ROC曲线AUC=0.628 ITGB5表达与CD276表达正相关,敲低后CD276下调 低ITGB5表达组IPS更高,提示更好的免疫治疗疗效
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
验证ITGB5在胃癌组织和细胞中的表达水平。
利用TCGA和GEO数据库分析ITGB5 mRNA表达,通过qPCR和IHC验证蛋白表达。
探究ITGB5相关的生物学过程和信号通路。
使用limma包识别差异表达基因,进行GO、KEGG和GSEA分析。
评估ITGB5表达对胃癌患者预后的影响。
使用Kaplan-Meier plotter和GEO数据集进行生存分析。
探究ITGB5表达与肿瘤免疫微环境的关系。
使用CIBERSORT、TIMER、GEPIA分析免疫细胞浸润,并分析免疫检查点、TMB、IPS相关性。
验证ITGB5对胃癌细胞增殖和迁移的影响。
qRT-PCR检测ITGB5表达,siRNA敲低后行集落形成、划痕和Transwell实验。
探究ITGB5与CD276的关系。
敲低ITGB5后,通过Western blot检测CD276表达。
评估血清ITGB5的诊断价值。
ELISA检测血清ITGB5水平,并分析其与临床病理特征及联合诊断价值。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 免疫组织化学 | ITGB5抗体 | Invitrogen | PA5-118499 |
| 细胞培养 | RPMI-1640培养基 | Gibco | -- |
| 胎牛血清 | Excell | -- | |
| F12K培养基 | Procell | -- | |
| 细胞转染 | Lipofectamine 2000 | -- | -- |
| qRT-PCR | 总RNA提取试剂盒I | Omega Biotek | -- |
| NovoStart SYBR qPCR SuperMix Plus试剂盒 | Novoprotein | -- | |
| Western blotting | 抗CD276抗体 | Proteintech | 14453-1-AP |
| 抗β-肌动蛋白抗体 | ZSGB-BIO | TA-09 | |
| ELISA | ITGB5 ELISA试剂盒 | Meimian | -- |
| 血清标志物检测 | CEA和CA19-9电化学发光免疫分析 | Roche | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 免疫组织化学 | 组织样本类型(冷冻)、固定液浓度、切片厚度、抗原修复方式、一抗稀释度、孵育条件、H-score阈值 阅读提示:Methods - Immunohistochemistry |
| 细胞培养 | 细胞系来源、培养基类型、血清浓度、培养条件 阅读提示:Methods - Cell lines |
| 细胞转染 | siRNA序列(表S1)、转染试剂浓度、细胞密度、转染时间 阅读提示:Methods - Cell transfection |
| qRT-PCR | RNA提取试剂盒、反转录试剂盒、PCR循环参数、内参基因 阅读提示:Methods - Quantitative real-time polymerase reaction (qRT-PCR) analysis |
| 增殖和迁移实验 | 细胞接种密度、培养时间、固定剂、染色浓度、显微镜型号 阅读提示:Methods - Colony formation assay, Scratch assay, Transwell assay |
| Western blotting | 裂解液类型、蛋白定量方法、抗体稀释度、二抗稀释度、曝光方法 阅读提示:Methods - Western blotting |
| ELISA | 样本类型、样本量、试剂盒来源、操作步骤、正常参考范围 阅读提示:Methods - Serum ITGB5 levels were detected by ELISA |