TCGA数据库差异表达分析
分析ESR1和KRT19在THCA组织与正常甲状腺组织中的表达差异及其与临床特征和生存的关系。
利用Ualcan数据库分析TCGA中59例正常组织和505例THCA组织中ESR1和KRT19的表达,按癌症分期、种族、性别、年龄、组织学亚型和淋巴结转移状态分层比较,并进行生存分析。
Estrogen enhances the proliferation, migration, and invasion of papillary thyroid carcinoma via the ERα/KRT19 signaling axis.
包含体内异种移植模型、体外细胞实验(CCK-8、EdU、Transwell等)、敲低实验、免疫组化及测序和生信分析,多个证据层级且进行功能验证。
PTC异种移植小鼠模型(TPC-1细胞) KTC-1人甲状腺乳头状癌细胞系 TPC-1人甲状腺乳头状癌细胞系 Nthy-ori 3-1人甲状腺滤泡上皮细胞
E2浓度10 nM,MPP浓度20 μM si-KRT19敲低KRT19(siRNA购自GenePharma,转染试剂Lipofectamine 2000) 细胞接种量:CCK-8为5×10^3 cells/well,Transwell迁移为3×10^4 cells/100μL,侵袭为5×10^4 cells/100μL Transwell实验孵育时间为24小时 异种移植模型:每只小鼠皮下注射1×10^7 TPC-1细胞,E2腹腔注射
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
分析ESR1和KRT19在THCA组织与正常甲状腺组织中的表达差异及其与临床特征和生存的关系。
利用Ualcan数据库分析TCGA中59例正常组织和505例THCA组织中ESR1和KRT19的表达,按癌症分期、种族、性别、年龄、组织学亚型和淋巴结转移状态分层比较,并进行生存分析。
验证雌激素对PTC肿瘤生长的影响。
将TPC-1细胞皮下注射至免疫缺陷小鼠,给予E2或生理盐水处理,测量肿瘤体积和重量,并通过Western blot和免疫组化检测PCNA和Ki-67表达。
验证E2是否通过激活ERα促进PTC细胞增殖。
用E2(ERα激动剂)和MPP(ERα拮抗剂)处理TPC-1和KTC-1细胞,通过EdU-594细胞增殖实验检测DNA复制活性。
验证KRT19对PTC细胞增殖、迁移和侵袭的作用。
在KTC-1细胞中转染si-KRT19敲低KRT19,通过CCK-8、Ki-67免疫荧光、Western blot检测EMT标志物、划痕实验和Transwell实验评估对增殖、迁移和侵袭的影响。
确定ERα和KRT19是否存在相互作用,并构成信号轴。
用E2和MPP处理KTC-1细胞,Western blot检测KRT19表达;敲低KRT19后,Western blot和免疫荧光检测ERα表达。
验证E2是否通过ERα/KRT19信号轴促进PTC的增殖、迁移和侵袭。
在KTC-1细胞中,先敲低KRT19,再给予E2和/或MPP处理,通过EdU实验和Transwell实验检测细胞的增殖、迁移和侵袭能力。
通过临床样本测序和生信分析验证KRT19的差异表达及其与ESR1的相互作用。
收集15对PTC和癌旁组织进行ONT测序,筛选DEGs,构建PPI网络,进行GO和KEGG富集分析。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养 | TPC-1细胞系 | Wuhan Procell Life Science Co., Ltd. | CL-0643 |
| KTC-1细胞系 | Wuhan Procell Life Science Co., Ltd. | CL-0649 | |
| Nthy-ori 3-1细胞系 | European Collection of Animal Cell Cultures | 90011609 | |
| RPMI-1640培养基 | Gibco | -- | |
| 胎牛血清 | Procell | -- | |
| 青霉素-链霉素 | Procell | -- | |
| 药物处理 | β-雌二醇 | Solarbio | E8140 |
| MPP | APExBIO | C3089 | |
| 动物实验 | NYG重度免疫缺陷小鼠 | Liaoning Changsheng Biological Co., Ltd. | -- |
| 免疫组织化学 | 小鼠高灵敏度两步免疫组化检测试剂盒 | ZSGB-BIO | PV-9005 |
| DAB显色试剂盒 | ZSGB-BIO | ZLI-9018 | |
| Western blot | RIPA裂解液 | Solarbio | -- |
| BCA蛋白定量试剂盒 | -- | -- | |
| ChemiDocTM成像系统 | BIO-RAD | 733BR2213 | |
| 抗ERα抗体 | Affinity | AF6058 | |
| 抗KRT19抗体 | Abcam | ab7755 | |
| 抗PCNA抗体 | wanleibio | WL03213 | |
| 抗E-cadherin抗体 | Affinity | AF0131 | |
| 抗Vimentin抗体 | Affinity | AF7013 | |
| 抗GAPDH抗体 | Abcam | ab9485 | |
| HRP标记山羊抗兔IgG(H+L) | APExBIO | K1223 | |
| HRP标记山羊抗小鼠IgG(H+L) | APExBIO | K1221 | |
| EdU实验 | BeyoClick™ Edu-594细胞增殖检测试剂盒 | Beyotime | -- |
| Hoechst 33342 | -- | -- | |
| 细胞转染 | KRT19 siRNA | GenePharma | -- |
| 阴性对照siRNA | GenePharma | -- | |
| Lipofectamine™ 2000转染试剂 | Invitrogen | -- | |
| CCK-8实验 | CCK-8溶液 | APExBIO | K1018 |
| 免疫荧光 | DAPI | Solarbio | -- |
| FITC标记山羊抗兔IgG(H+L) | EARTHOX | E031220-01 | |
| Transwell实验 | Transwell小室(8.0 μm孔径) | Corning | -- |
| Matrigel基质胶 | Corning | 356234 | |
| RNA测序 | RNA提取试剂盒 | Takara Bio Inc. | -- |
| Implen NanoPhotometer分光光度计 | Implen | -- | |
| cDNA-PCR测序试剂盒 | ONT | SQK-PCS109 | |
| LongwellTag DNA聚合酶 | New England Biolabs | -- | |
| FLO-MIN109流动池 | ONT | FLO-PRO002 | |
| PromethION 48测序平台 | ONT | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 细胞培养 | 细胞系来源、培养基(RPMI-1640)、血清浓度(10%)、青霉素-链霉素浓度(1%)、培养条件(37℃、5% CO2) 阅读提示:Methods - Cell culture and treatment |
| 药物处理 | E2浓度(10 nM)、MPP浓度(20 μM)、溶剂DMSO、储存浓度(20 μM和5 μM) 阅读提示:Methods - Cell culture and treatment |
| 异种移植模型 | 小鼠品系(NYG)、周龄(4-8周)、细胞接种量(1×10^7 TPC-1细胞)、E2给药浓度(9.55×10^-5 mol/L)和途径(腹腔注射),肿瘤体积计算公式 阅读提示:Methods - Xenograft model |
| 敲低实验 | siRNA序列(未提供)、转染试剂(Lipofectamine 2000)、转染后收集时间(48小时) 阅读提示:Methods - Transient KRT19 knockdown |
| 功能实验 | CCK-8(细胞接种数5×10^3细胞/孔,5个复孔,450nm检测),Transwell(迁移3×10^4细胞/100μL,侵袭5×10^4细胞/100μL,孵育24小时,基质胶1:15稀释) 阅读提示:Methods - CCK-8, Transwell |
| 测序分析 | 15对PTC及癌旁组织,ONT测序,差异表达筛选标准(|log2FC|≥1.5,P<0.05) 阅读提示:Methods - RNA sequencing, Screening of DEGs |