泛癌表达与预后分析
分析PER3在不同癌症中的表达差异及其与预后的关联
利用TCGA和GTEx数据比较33种癌症与正常组织PER3 mRNA表达,并基于COX回归进行OS、DSS、PFI生存分析。
PER3 promoter hypermethylation correlates to the progression of pan-cancer.
包含多数据库生物信息学分析、体外细胞功能实验(增殖、迁移、侵袭)、体内异种移植瘤模型及机制验证(BSP、DAC处理)。
KIRP细胞系786-O和Caki-1 LUAD细胞系A549 正常肾细胞系HK-2 BALB/c裸鼠皮下异种移植瘤模型
786-O、Caki-1和A549细胞中PER3过表达,HK-2细胞中PER3沉默 DAC处理浓度10 μM,处理72小时,每24小时更换培养基和药物 BSP分析CGI cg12258811甲基化水平,含3个CG位点,统计位点在384 bp 体内实验:BALB/c裸鼠每组5只,皮下注射PER3-786-O或vector-786-O细胞,25天后处死
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
分析PER3在不同癌症中的表达差异及其与预后的关联
利用TCGA和GTEx数据比较33种癌症与正常组织PER3 mRNA表达,并基于COX回归进行OS、DSS、PFI生存分析。
探讨PER3启动子甲基化水平及其与表达和预后的关系
通过UALCAN、MEXPRESS、EWAS Data Hub等数据库分析PER3启动子及CGI甲基化水平,并结合表达和临床数据。
评估PER3表达与免疫细胞浸润的关系及潜在分子机制
使用GSVA分析24种免疫细胞浸润,并对PER3相关DEGs进行GO和KEGG富集。
验证PER3对KIRP和LUAD细胞增殖、迁移和侵袭的影响
构建PER3过表达和沉默细胞系,进行CCK-8、集落形成、划痕和Transwell实验。
验证PER3过表达对KIRP肿瘤生长的影响
将vector-786-O和PER3-786-O细胞皮下注射至BALB/c裸鼠,25天后处死,测量肿瘤体积和重量,并进行IHC和H&E染色。
确认KIRP中PER3启动子CGI cg12258811高甲基化及其功能影响
利用BSP检测HK-2、786-O和Caki-1细胞中cg12258811甲基化水平,并用DAC处理以降低甲基化水平,观察PER3表达和细胞功能变化。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养 | DMEM培养基 | Gibco | -- |
| RPMI-1640培养基 | Pricella | -- | |
| McCoy's 5A培养基 | Pricella | -- | |
| 胎牛血清 | PAN-biotech | -- | |
| 青霉素-链霉素 | Pricella | -- | |
| 嘌呤霉素 | -- | -- | |
| RNA提取 | 总RNA提取试剂 | Vazyme | R401-01 |
| RT-qPCR | RT预混液(含gDNA去除)试剂盒 | MedChemExpress | HY-K0511A |
| SYBR Green qPCR预混液(无ROX) | MedChemExpress | HY-K0523 | |
| CFX Connect实时荧光定量PCR仪 | BIORAD | 1855201 | |
| Western blot | RIPA裂解液 | Beyotime | P0013B |
| PVDF膜 | Millipore | IPVH00010 | |
| 细胞增殖 | CCK-8试剂盒 | MedChemExpress | HY-K0301 |
| Transwell | Transwell小室 | Corning | 3422 |
| 基质胶 | Corning | 356234 | |
| 免疫组化 | 免疫组化检测试剂盒 | Solarbio | DA1010 |
| 药物处理 | 地西他滨 | MedChemExpress | HY-A0004 |
| 动物实验 | BALB/c裸鼠 | Changzhou Cavens Laboratory Animal Co., Ltd. | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 细胞系和培养 | 细胞系来源、培养基类型、FBS浓度、培养条件 阅读提示:Materials and methods: Cell cultures and reagents |
| PER3过表达/沉默 | 慢病毒载体构建、感染MOI、筛选浓度和筛选时间 阅读提示:Materials and methods: Construction of stable PER3-overexpressed and PER3-silenced cell lines |
| 细胞增殖实验 | CCK-8检测时间点、细胞接种密度 阅读提示:Materials and methods: CCK-8 assay |
| 迁移和侵袭实验 | Matrigel包被与否、接种细胞数、培养时间 阅读提示:Materials and methods: Transwell migration and invasion assays |
| 体内实验 | 小鼠品系、周龄、体重、每组数量、肿瘤细胞接种量、观察时间 阅读提示:Materials and methods: In vivo xenograft tumor models |
| 甲基化验证 | DAC浓度、处理时间、BSP引物序列和CG位点 阅读提示:Materials and methods: Decitabine (DAC) treatment and bisulfite pyrosequencing (BSP) analysis |