eIF4G1表达与预后分析
评估eIF4G1在PDAC中的表达及其与患者预后的关系。
利用TCGA和GTEx数据库分析eIF4G1表达,通过IHC和多重免疫组化检测蛋白水平,并进行生存分析。
Reprograming immunosuppressive microenvironment by eIF4G1 targeting to eradicate pancreatic ductal adenocarcinoma.
包含体外细胞实验、动物模型(KDA、PDX)、患者样本和组学分析,含功能验证(增殖、迁移、免疫)和机制验证(翻译调控、ITGB1/FAK通路)。
KPC细胞来源的同种异体移植(KDA)小鼠模型 患者来源的肿瘤异种移植(PDX)小鼠模型 人源化小鼠(huHSC-NCG)模型 PDAC细胞系(BxPC3、Panc-1等)
eIF4G1抑制剂SBI-0640756的剂量(1.0 mg/kg/qod,i.p.)和给药方式 KPC细胞(8×10^5)与Matrigel(25 μL)原位注射建立KDA模型 CD8+T细胞耗竭抗体(200 μg)的给药时间(植入前3天,每3天一次) 联合治疗中抗PD1(4 mg/kg/qod)、抗PDL1(4 mg/kg/qod)和吉西他滨(5 mg/kg/qod)的剂量 TGF-β和CXCL12中和抗体的剂量(2 mg/kg/q3d,i.p.)
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
评估eIF4G1在PDAC中的表达及其与患者预后的关系。
利用TCGA和GTEx数据库分析eIF4G1表达,通过IHC和多重免疫组化检测蛋白水平,并进行生存分析。
评估eIF4G1抑制剂(SBI-0640756)在PDAC动物模型中的治疗效果和毒性。
在C57BL/6和裸鼠原位KDA模型中,给予SBI-0640756(1.0 mg/kg/qod,i.p.),检测肿瘤重量、生存期、肝转移和毒性。
研究eIF4G1抑制对肿瘤微环境(TME)中免疫细胞和纤维化成分的影响。
通过流式细胞术和免疫组化分析肿瘤组织中免疫细胞(CD8+T细胞、TAMs、MDSCs、Tregs)和纤维化标志物(胶原、FAP、α-SMA)。
验证eIF4G1抑制是否直接影响成纤维细胞和肿瘤细胞的功能。
体外培养CAFs和肿瘤细胞,检测胶原产生、增殖和迁移;使用eIF4G1敲低(KD)细胞进行共培养实验。
阐明eIF4G1调控TGF-β、CXCL12和ITGB1表达的机制。
采用AHA标记、多聚核糖体分析等方法检测蛋白合成和翻译效率,评估eIF4G1敲低对靶基因翻译的影响。
评估eIF4G1抑制剂联合免疫治疗或免疫化疗的抗肿瘤效果。
在C57BL/6 KDA模型和人源化小鼠模型中,联合eIF4G1i与抗PD1/PDL1、吉西他滨,评估肿瘤生长和生存期。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养 | DMEM培养基 | Gibco | -- |
| 胎牛血清 | Gibco | -- | |
| 蛋白提取 | RIPA裂解液 | Beyotime | 0013B |
| 蛋白酶和磷酸酶抑制剂混合物 | Beyotime | P1045 | |
| 蛋白定量 | BCA试剂 | Beyotime | P0012 |
| Western blot | QuickBlock封闭液 | Beyotime | P0252-500 |
| 化学发光ECL检测试剂盒 | Vazyme | E411-05 | |
| qRT-PCR | RNA快速纯化试剂盒 | ESScience | ES-RN001 |
| PrimeScript逆转录试剂盒 | Takara | RR037 | |
| TB Green预混Ex Taq II FAST qPCR | Takara | CN830 | |
| 组织学分析 | Betazoid DAB显色试剂盒 | Biocare Medical | BDB2004 |
| Opal Polaris 7色免疫组化检测试剂盒 | Akoya Biosciences | OP-000003 | |
| 天狼星红染色试剂盒 | Polyscience | 24901-500 | |
| 胶原检测 | Sircol可溶性胶原检测试剂盒 | Biocolor | S1000 |
| 细胞增殖 | BeyoClick EdU细胞增殖试剂盒(Alexa Fluor 555) | Beyotime | C0075S |
| BeyoClick EdU细胞增殖试剂盒(Alexa Fluor 647) | Beyotime | C0081S | |
| 免疫细胞分离 | EasySep小鼠MDSC(CD11b+Gr1+)分选试剂盒 | StemCell | 19867 |
| EasySep小鼠CD8+T细胞分选试剂盒 | StemCell | 19853 | |
| EasySep直提人CD8+T细胞分选试剂盒 | StemCell | 19663 | |
| 细胞因子检测 | 人TGF-β1 ELISA试剂盒 | ABclonal | RK00055 |
| 小鼠TGF-β1 ELISA试剂盒 | ABclonal | RK00057 | |
| 人CXCL12/SDF-1 ELISA试剂盒 | ABclonal | RK00266 | |
| 小鼠CXCL12/SDF-1 ELISA试剂盒 | ABclonal | RK00168 | |
| 人IL-1β ELISA试剂盒 | ABclonal | RK00001 | |
| 小鼠IL-1β ELISA试剂盒 | ABclonal | RK00006 | |
| 肝功能检测 | 丙氨酸氨基转移酶分析试剂盒 | Rayto | S03030 |
| 白蛋白分析试剂盒 | Rayto | S03043 | |
| 总蛋白分析试剂盒 | Rayto | S03022 | |
| 尿素分析试剂盒 | Rayto | S03036 | |
| 尿酸分析试剂盒 | Rayto | S03035 | |
| 肌酐分析试剂盒 | Rayto | S03076 | |
| 总血清胆红素试剂盒 | 长春汇力 | C120 | |
| 机制验证 | Duolink原位红启动试剂盒(小鼠/兔) | Sigma-Aldrich | DUO92101 |
| 药物处理 | SBI-0640756 | Selleck | S8181 |
| Briciclib | Selleck | S6533 | |
| Silvestrol | MedChemExpress | HY-13251 | |
| 吉西他滨 | Selleck | S1714 | |
| 动物实验 | InVivoMAb抗小鼠CD8a | BioXcell | BP0061 |
| InVivoMAb抗小鼠PD-L1 | Bio X Cell | BE0101 | |
| InVivoMAb抗小鼠PD-1 | Bio X Cell | BE0146 | |
| InVivoSIM抗人PD-1 | Bio X Cell | SIM0010 | |
| 细胞培养 | 基质胶 | Corning | 356231 |
| 蛋白合成检测 | Click-iT AHA(L-叠氮高丙氨酸) | Thermo Fisher Scientific | C10102 |
| 生物素炔烃 | Thermo Fisher Scientific | B10185 | |
| 链霉亲和素琼脂糖树脂 | Thermo Fisher Scientific | 20347 |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 细胞培养 | 培养基类型(DMEM, RPMI 1640等)、血清浓度(10%)、青霉素-链霉素浓度(1%)、CO2浓度(5%)、温度(37°C) 阅读提示:STAR Methods - Cell lines and culture |
| 动物模型建立 | KPC细胞数量(8×10^5)、Matrigel体积(25 μL)、注射部位(原位胰腺或皮下)、小鼠品系(C57BL/6或裸鼠)、年龄(6-8周)、性别(雄性) 阅读提示:STAR Methods - Mouse models of PDAC |
| 药物处理 | SBI-0640756剂量(1.0 mg/kg/qod,i.p.)、对照(DMSO)、给药频率(隔日一次)、给药途径(腹腔注射) 阅读提示:Results - eIF4G1 targeting alleviates PDAC and improves prognosis without side effects; Figure 2A |
| 免疫细胞分析 | 肿瘤组织消化方法、流式抗体组合(CD45、CD8、F4/80等)、仪器型号(LSR Fortessa)、分析软件(FlowJo v10.8.1) 阅读提示:STAR Methods - Flow cytometry; Figure 3A |
| 联合治疗 | eIF4G1i剂量(1.0 mg/kg/qod)、抗PD1剂量(4 mg/kg/qod)、吉西他滨剂量(5 mg/kg/qod)、给药途径(i.p.) 阅读提示:Results - eIF4G1 targeting enhances the efficacy of PDAC immunotherapy and immunochemotherapy; Figure 7C-D |