临床样本中ThPOK和STPG1的表达分析
检测胃癌组织和正常组织中ThPOK和STPG1的表达差异。
收集胃癌患者的胃癌组织(n=21)和配对的癌旁正常组织(n=21),通过RT-qPCR和Western blot检测ThPOK的表达,通过RT-qPCR检测STPG1的表达,并分析ThPOK表达与临床特征(包括T分期)的关系。
ThPOK inhibits the immune escape of gastric cancer cells by inducing STPG1 to inactivate the ERK pathway.
包含RT-qPCR、Western blot、CCK-8、流式细胞术、ChIP、荧光素酶报告实验及细胞共培养功能验证,但缺乏动物模型等体内验证。
胃癌细胞系(HGC-27、SNU-1) 正常胃黏膜细胞系(GES-1) 胃癌患者组织样本及邻近正常组织(n=21) 健康对照来源的CD3+ T细胞
ThPOK mRNA和蛋白水平在胃癌组织(n=21)和细胞(HGC-27、SNU-1)中的表达,并与正常对照比较 ThPOK过表达后胃癌细胞活力(CCK-8)及与T细胞共培养后CD3+ T细胞增殖和IFN-γ+ T细胞比例 ThPOK与STPG1启动子的结合:ChIP和荧光素酶报告实验 STPG1过表达对胃癌细胞活力和T细胞活化的影响 ThPOK和STPG1过表达后p-ERK-1/2蛋白水平及p-ERK-1/2/ERK-1/2比值的检测
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
检测胃癌组织和正常组织中ThPOK和STPG1的表达差异。
收集胃癌患者的胃癌组织(n=21)和配对的癌旁正常组织(n=21),通过RT-qPCR和Western blot检测ThPOK的表达,通过RT-qPCR检测STPG1的表达,并分析ThPOK表达与临床特征(包括T分期)的关系。
验证ThPOK过表达是否影响胃癌细胞活力和T细胞活化。
在HGC-27和SNU-1细胞中转染pcDNA3.1-ThPOK(OE-ThPOK)或空载体(OE-NC),通过RT-qPCR确认过表达效率;通过CCK-8检测细胞活力;将转染后的胃癌细胞与CD3+ T细胞共培养,通过流式细胞术检测T细胞增殖和IFN-γ+ T细胞比例。
验证ThPOK是否转录调控STPG1表达并直接结合其启动子。
在胃癌细胞中敲低ThPOK(sh-ThPOK#1/2)或对照(sh-NC),通过RT-qPCR和Western blot检测STPG1表达;通过荧光素酶报告实验检测STPG1启动子活性;通过ChIP实验检测ThPOK与STPG1启动子的结合。
验证STPG1过表达是否抑制胃癌细胞活力并促进T细胞活化。
在HGC-27和SNU-1细胞中转染pcDNA3.1-STPG1(OE-STPG1)或空载体(OE-NC),通过RT-qPCR确认过表达效率;通过CCK-8检测细胞活力;将转染后的胃癌细胞与CD3+ T细胞共培养,通过流式细胞术检测T细胞增殖和IFN-γ+ T细胞比例。
验证ThPOK和STPG1是否失活ERK通路。
通过Western blot检测胃癌细胞中p-ERK-1/2和ERK-1/2的蛋白水平,分别比较过表达ThPOK或STPG1与对照的差异;另外,检测与T细胞共培养后ERK磷酸化水平的变化。
验证ThPOK的作用是否依赖STPG1。
在胃癌细胞中转染OE-NC、OE-ThPOK或OE-ThPOK+sh-STPG1,通过CCK-8检测细胞活力,通过流式细胞术检测与T细胞共培养后的T细胞增殖和IFN-γ+ T细胞比例。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养 | 杜尔贝科改良伊格尔培养基 | Sigma-Aldrich | -- |
| 胎牛血清 | -- | -- | |
| 青霉素/链霉素 | Biochrom | -- | |
| T细胞分离与共培养 | 红细胞裂解液 | -- | -- |
| T细胞共培养 | 羟基荧光素二醋酸盐琥珀酰亚胺酯 | Beijing Solabio Life Sciences Co., Ltd | -- |
| 重组人白细胞介素-2 | -- | -- | |
| 抗CD3抗体 | -- | -- | |
| 抗CD28抗体 | -- | -- | |
| 细胞转染 | Lipofectamine 3000转染试剂 | Invitrogen | -- |
| RNA提取与RT-qPCR | TRIzol试剂 | Sigma-Aldrich | -- |
| RT-qPCR | PrimeScript逆转录试剂盒 | Takara | -- |
| SYBR Premix ExTaq II试剂盒 | Takara | -- | |
| Western blot | RIPA裂解液 | -- | -- |
| BCA蛋白浓度测定试剂盒 | Pierce | -- | |
| PVDF膜 | -- | -- | |
| 抗ThPOK抗体 | Abcam | ab228680 | |
| 抗STPG1抗体 | Thermo Fisher Scientific | PA5-49489 | |
| 抗磷酸化ERK-1/2抗体 | Abcam | 44-680G | |
| 抗ERK-1/2抗体 | Abcam | ab184699 | |
| 增强化学发光检测系统 | Thermo Fisher Scientific | -- | |
| 细胞活力检测 | CCK-8溶液 | Dojindo | -- |
| 酶标仪 | Reagen | -- | |
| 流式细胞术 | PerCP标记抗CD3抗体 | -- | -- |
| Pacific blue标记抗IFN-γ抗体 | -- | -- | |
| BD FACSCanto II流式细胞仪 | BD | -- | |
| 荧光素酶报告实验 | PGL3载体 | Promega | -- |
| 双荧光素酶报告检测系统 | Promega | -- | |
| ChIP实验 | ChIP实验试剂盒 | Upstate Biotechnology | -- |
| 甲醛 | Thermo Fisher | -- | |
| DNA提取试剂盒 | QIAGEN | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 临床样本分析 | 胃癌组织和配对正常组织的来源、样本量(n=21)、样品处理(立即液氮冷冻) 阅读提示:见Material and methods中的Sample collection部分(图3A) |
| 细胞培养 | 胃癌细胞系(HGC-27、SNU-1)和正常胃黏膜细胞(GES-1)的培养条件(DMEM、10%FBS、1%青霉素/链霉素) 阅读提示:见Material and methods中的Cell culture部分 |
| T细胞分离与共培养 | CD3+ T细胞分离方法、共培养比例(5:1)、rhIL-2浓度(20 IU/mL)、anti-CD3(2 μg/mL)和anti-CD28(1 μg/mL)浓度 阅读提示:见Material and methods中的Isolation and identification of T cells及In vitro cell co-culture部分 |
| 细胞转染 | 转染质粒(OE-ThPOK、OE-STPG1、sh-ThPOK#1/2、sh-STPG1、sh-NC)、转染试剂(Lipofectamine 3000)和转染时间(48小时) 阅读提示:见Material and methods中的Cell transfection部分 |
| RT-qPCR | 引物序列、内参基因(GAPDH)、计算方法(2−ΔΔCt) 阅读提示:见Material and methods中的RT-qPCR部分 |
| Western blot | 抗体及稀释比例(anti-ThPOK 1:500、anti-STPG1 1:2000、anti-p-ERK-1/2 1:1000、anti-ERK-1/2 1:10000)、参考蛋白(GAPDH) 阅读提示:见Material and methods中的Western blotting部分 |
| 细胞活力检测 | CCK-8检测的细胞密度(1000细胞/孔)、检测时间点(0、24、48、72小时)、CCK-8孵育时间(4小时) 阅读提示:见Material and methods中的Cell counting kit-8 assay部分 |
| 流式细胞术 | 检测的标记(PerCP-CD3、Pacific blue-IFN-γ)、仪器(BD FACSCanto II) 阅读提示:见Material and methods中的Flow cytometry analysis部分 |
| 荧光素酶报告实验 | 载体(PGL3)、转染的质粒(sh-ThPOK#1/2或sh-NC)、转染时间(48小时) 阅读提示:见Material and methods中的Luciferase reporter assay部分 |
| ChIP实验 | 交联时间(10分钟)、抗体(anti-ThPOK或anti-IgG) 阅读提示:见Material and methods中的Chromatin immunoprecipitation (ChIP) assay部分 |
| 统计分析 | 统计方法(Student's t-test、ANOVA、Kaplan-Meier)、显著性水平(p<0.05) 阅读提示:见Material and methods中的Statistical analysis部分 |