CDK9抑制对线粒体功能及自噬的影响
验证CDK9抑制是否引起线粒体损伤并影响线粒体自噬。
使用CDK9抑制剂LDC067处理HepG2细胞,检测MitoSOX水平、MMP、MAP1LC3A蛋白表达及线粒体自噬流。
CDK9 inhibition blocks the initiation of PINK1-PRKN-mediated mitophagy by regulating the SIRT1-FOXO3-BNIP3 axis and enhances the therapeutic effects involving mitochondrial dysfunction in hepatocellular carcinoma.
包含体外细胞实验(HepG2、HepG2/ADR)、体内异种移植瘤和PDX模型,以及功能验证(线粒体自噬检测、蛋白互作)和机制验证(SIRT1-FOXO3-BNIP3轴)。
HepG2细胞系 HepG2/ADR耐药细胞系 HepG2异种移植瘤模型 患者来源异种移植瘤模型
LDC067浓度15 μM,处理24小时 CCCP浓度10 μM,处理24小时 OA浓度12 μM,处理48小时 PHA767491剂量20 mg/kg,静脉注射,每日一次,共10天 肿瘤生长延迟实验中OA剂量300 mg/kg,灌胃,每两天一次,索拉非尼剂量60 mg/kg,每日一次,共9天
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
验证CDK9抑制是否引起线粒体损伤并影响线粒体自噬。
使用CDK9抑制剂LDC067处理HepG2细胞,检测MitoSOX水平、MMP、MAP1LC3A蛋白表达及线粒体自噬流。
验证CDK9是否通过影响PINK1-PRKN通路来抑制线粒体自噬起始。
检测LDC067处理后PINK1、PRKN蛋白和mRNA表达,免疫共沉淀和免疫荧光检测PINK1-PRKN结合和共定位,以及PRKN向线粒体的转位。
阐明CDK9抑制下调PINK1蛋白的分子机制。
检测LDC067处理后SIRT1磷酸化、FOXO3乙酰化和表达、BNIP3表达,以及BNIP3与PINK1的相互作用。
评估新型CDK9抑制剂OA对线粒体损伤和线粒体自噬的影响。
用OA处理HepG2细胞,检测MitoSOX、MMP、MAP1LC3A表达、线粒体自噬流及线粒体超微结构。
验证OA在体内外对SIRT1-FOXO3-BNIP3轴和PINK1-PRKN通路的调控及抗肿瘤疗效。
检测OA处理后相关蛋白表达和相互作用,并在异种移植瘤和PDX模型中评估OA单用或联合索拉非尼、多柔比星的疗效。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 线粒体自噬检测 | MitoSOX红色线粒体超氧化物指示剂 | Yeasen Biotechnology | 40778ES50 |
| 线粒体膜电位检测 | JC-1凋亡检测试剂盒 | KeyGen BioTech | KGA604 |
| 线粒体染色 | MitoTracker红色染料 | Invitrogen | M7521 |
| MitoTracker绿色染料 | Yeasen Biotech | 40742ES50 | |
| 溶酶体共定位 | LysoTracker绿色染料 | Yeasen Biotech | 40738ES50 |
| 线粒体蛋白提取 | 培养细胞线粒体分离试剂盒 | Thermo Fisher Scientific | 89874 |
| 质粒提取 | 无内毒素质粒中提试剂盒 | CWBIO | CW2015S |
| 转染 | Lipofectamine 2000转染试剂 | Invitrogen | 11668019 |
| 免疫沉淀 | 蛋白A/G磁珠 | MedChem Express | HY-K0202 |
| RIPA裂解液 | Thermo Fisher Scientific | 89900 | |
| 双荧光素酶报告基因 | pRL-TK海肾荧光素酶质粒 | Promega | E2231 |
| 双荧光素酶报告基因检测试剂盒 | Promega | E1910 | |
| RNA提取 | 总RNA提取试剂 | Vazyme BioTech | R401-01 |
| cDNA合成 | HiScript III第一链cDNA合成试剂盒 | Vazyme BioTech | R312-01/02 |
| PCR检测 | SYBR Green PCR预混液 | Vazyme BioTech | Q131-02/03 |
| 细胞活力检测 | MTT试剂 | Solarbio Life Sciences | M8180 |
| CCK-8试剂盒 | Vazyme BioTech | A311-02 | |
| 流式细胞术 | FACSCalibur流式细胞仪 | Becton Dickinson | -- |
| 共聚焦显微镜 | FV1000共聚焦激光扫描生物显微镜 | Olympus | -- |
| 透射电镜 | HT7700透射电子显微镜 | Hitachi | -- |
| RT-PCR | ABI PRISM序列检测器7500 | PerkinElmer | -- |
| 细胞培养 | MEM培养基 | Gibco | 41500034 |
| DMEM培养基 | Thermo Fisher Scientific | 12100061 | |
| RPMI-1640培养基 | Thermo Fisher Scientific | 31870082 | |
| 胎牛血清 | Wisent Bio Products | 080-910 | |
| 青霉素-链霉素 | Thermo Fisher Scientific | 15140148 | |
| 碳酸氢钠 | Thermo Fisher Scientific | 25080094 | |
| 二甲基亚砜 | Sigma-Aldrich | D2650 | |
| 药物处理 | LDC067 | Selleck Chemicals | S7461 |
| MG132 | Selleck Chemicals | S2619 | |
| EX527 | Selleck Chemicals | S1541 | |
| PHA767491盐酸盐 | MedChem Express | HY-13461A | |
| 动物实验 | 聚乙二醇400 | Solarbio Life Sciences | P8530 |
| 吐温80 | Solarbio Life Sciences | T8360 | |
| 药物处理 | 盐酸多柔比星 | MedChem Express | HY-15142 |
| 甲苯磺酸索拉非尼 | CHIA TAI TIAN QING Pharmaceutical Industry | -- | |
| 动物实验 | 聚氧乙烯蓖麻油 | MedChem Express | HY-Y1890 |
| 药物处理 | 胃蛋白酶抑制剂A | CSNpharm | CSN11678 |
| E64d | CSNpharm | CSN16047 | |
| 巴弗洛霉素A1 | CSNpharm | CSN10374 | |
| 去铁酮 | CSNpharm | CSN25406 | |
| 细胞培养 | 厄尔平衡盐溶液 | Solarbio Life Sciences | H2020 |
| 阿霉素 | Selleck Chemicals | S1208 | |
| 免疫组织化学 | Triton X-100 | Solarbio Life Sciences | T8200 |
| 磷酸盐缓冲液 | Solarbio Life Sciences | P1022 | |
| 山羊血清 | Solarbio Life Sciences | SL038 | |
| 牛血清白蛋白 | Solarbio Life Sciences | A8010 | |
| 免疫荧光 | FITC标记的抗兔IgG抗体 | Thermo Fisher Scientific | A-11008 |
| FITC标记的抗小鼠IgG抗体 | Thermo Fisher Scientific | A-11001 | |
| 免疫组织化学 | 柠檬酸缓冲液 | Thermo Fisher Scientific | 005000 |
| DAB染色液 | ZSGB Biotech | SP-9000 | |
| 中性树脂 | Solarbio Life Sciences | G8590 | |
| 透射电镜 | 磷酸盐缓冲液 | Biomat | 100-1-1000 |
| 环氧树脂 | Solarbio Life Sciences | G8590 | |
| 醋酸铀酰 | -- | -- | |
| 柠檬酸铅 | -- | -- | |
| 抗体 | CDK9抗体 | Cell Signaling Technology | 2316 |
| SIRT1抗体 | Cell Signaling Technology | 2493 | |
| p-SIRT1抗体 | Abcam | ab76039 | |
| FOXO3抗体 | Proteintech | 66428-1-lg | |
| BNIP3抗体 | ABclonal | A5683 | |
| PINK1抗体 | Cell Signaling Technology | 6946 | |
| PRKN抗体 | Cell Signaling Technology | 4211 | |
| TOMM20抗体 | Proteintech | 11802-1-AP | |
| COX4I1抗体 | ABclonal | A6564 | |
| 泛乙酰化赖氨酸多克隆抗体 | ABclonal | A2391 | |
| MAP1LC3A抗体 | Cell Signaling Technology | 4108 | |
| PRKN/parkin抗体 | Santa Cruz Biotechnology | sc-32282 | |
| PINK1抗体 | BioLegend | 846201 | |
| TOMM20抗体 | Abcam | ab56783 | |
| 质粒 | HA-CDK9质粒 | Addgene | 14640 |
| HA-BNIP3质粒 | Addgene | 100781 | |
| MYC-PINK1质粒 | Addgene | 13314 | |
| mito-Keima质粒 | Addgene | 56018 | |
| FOXO3-Luc质粒 | Addgene | 1789 |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 细胞处理 | LDC067浓度15 μM,处理时间24小时;CCCP浓度10 μM;OA浓度12 μM,处理48小时。 阅读提示:参见图1、图4图注及Materials and methods中'Cell culture'部分。 |
| 体内模型 | PHA767491给药剂量20 mg/kg,静脉注射,每日一次,共10天;OA剂量300 mg/kg,灌胃,每两天一次;索拉非尼剂量60 mg/kg,每日一次。 阅读提示:参见图2、图6、图7图注及Materials and methods中'Xenograft model'部分。 |
| 蛋白检测 | 抗体稀释比例:CDK9 1:2000,SIRT1 1:2000,p-SIRT1 1:2000,FOXO3 1:2000,BNIP3 1:2000,PINK1 1:2000,PRKN 1:2000,TOMM20 1:2000,COX4I1 1:2000,MAP1LC3A 1:2000。 阅读提示:参见Materials and methods中'Western blot assay'部分。 |
| 细胞活力检测 | MTT检测波长470 nm,CCK-8检测波长450 nm。 阅读提示:参见Materials and methods中'Cell viability assay'部分。 |
| 统计方法 | 使用单因素方差分析,P<0.05为显著。 阅读提示:参见Materials and methods中'Statistical analysis'部分。 |