脂多糖诱导的急性肺损伤中自噬改变的综合生物信息学分析及潜在竞争性内源RNA调控机制的构建

背景：急性肺损伤（ALI）是一种常由细菌细胞壁释放的脂多糖（LPS）诱导的致命综合征。LPS也能触发肺支气管上皮细胞的自噬以减轻炎症，而过量的LPS会破坏自噬平衡，从而诱发严重的肺损伤。方法：我们通过Western blot、免疫荧光染色和电子显微镜观察了人支气管上皮细胞16HBE在不同浓度LPS暴露下的自噬变化。将8株16HBE分为两组，分别接受或不接受1000 ng/ml LPS刺激，并进行全转录组测序。随后，我们分析了测序数据，进行了功能富集、通路分析和候选基因筛选，并构建了hsa-miR-663b相关的竞争性内源RNA（ceRNA）网络。结果：我们设置了一系列浓度的LPS刺激16HBE，观察了相关蛋白表达和自噬体数量的变化。我们发现LPS的有效浓度为1000 ng/ml，暴露时间为12小时，并对1000 ng/ml LPS刺激的16HBE进行了测序。结果，共鉴定出750个差异表达基因（DEGs）、449个差异表达lncRNAs（DElncRNAs）、76个差异表达circRNAs（DEcircRNAs）和127个差异表达miRNAs（DEmiRNAs）。我们构建了蛋白质-蛋白质相互作用（PPI）网络以可视化DEGs之间的相互作用，并定位了36个基因以理解LPS刺激的16HBE与阴性对照组之间的核心差异。在差异表达RNA（DERNAs）的联合分析中，我们分析了DERNAs中所有ceRNA的靶向关系，发现hsa-miR-663b是ceRNA网络中的核心中介，在LPS诱导16HBE自噬变化中发挥作用。结论：我们的研究表明，hsa-miR-663b相关的ceRNA网络可能参与LPS诱导的自噬变化和ALI的关键调控机制。