靶向ATF4依赖的促生存自噬协同谷氨酰胺分解抑制

Targeting ATF4-dependent pro-survival autophagy to synergize glutaminolysis inhibition.

作者信息Shuting Han, Liyuan Zhu, Yiran Zhu, Yuan Meng, Jiaqiu Li, Ping Song, Neelum Aziz Yousafzai, Lifeng Feng, Miaoqin Chen, Yanmei Wang, Hongchuan Jin, Xian Wang
PMID34373753
发布时间2021-07-25
DOI10.7150/thno.60028

实验完整度

包含体外细胞实验、分子机制验证及体内AOM/DSS小鼠模型,具有多层验证,但缺乏类器官及患者样本验证。

主要模型

SW480结肠癌细胞系 HCT116结肠癌细胞系 AOM/DSS诱导的结直肠癌小鼠模型

重点核对

ATF4敲低对mTORC1活性的影响(Western blot) DDIT4敲低对细胞凋亡和mTORC1活性的影响 ATF4对DDIT4启动子的转录调控(ChIP和荧光素酶报告基因) YTHDF2敲低或过表达对ATF4 mRNA半衰期及表达的影响 FTO敲低或抑制(MS)对ATF4 mRNA m6A修饰及表达的影响

摘要

由于谷氨酰胺在癌症代谢中发挥核心作用,抑制谷氨酰胺分解已成为理想的抗癌治疗靶点。然而,抑制谷氨酰胺分解会导致自噬的激活,从而削弱其抗肿瘤作用。因此,我们研究了抑制谷氨酰胺分解诱导促生存自噬的机制。方法:对结直肠癌(CRC)细胞在谷氨酰胺分解抑制前后进行高通量测序,以鉴定差异表达基因。通过基因集富集分析,在谷氨酰胺分解抑制细胞中鉴定了激活转录因子4(ATF4)通路的富集。通过实时定量PCR(qRT-PCR)和蛋白质印迹评估ATF4的表达。通过蛋白质印迹评估ATF4对雷帕霉素机制靶标(mTOR)调节的功能。使用荧光素酶报告基因实验和染色质免疫沉淀确认ATF4对DNA损伤诱导转录本4(DDIT4)的调控。进行mRNA半衰期实验、RNA免疫沉淀、qRT-PCR和蛋白质印迹以确定FTO α-酮戊二酸依赖性双加氧酶(FTO)、YTH N6-甲基腺苷RNA结合蛋白2(YTHDF2)与ATF4之间的关系。通过串联单体红色荧光蛋白-绿色荧光蛋白荧光显微镜测量ATF4对促生存自噬的调控。最后,在氧化偶氮甲烷/葡聚糖硫酸钠小鼠模型中分析了自噬和谷氨酰胺分解抑制的协同效应。结果:谷氨酰胺分解抑制后,CRC细胞中ATF4通路被激活。功能上,ATF4转录上调DDIT4以抑制mTOR,从而在谷氨酰胺分解抑制期间诱导促生存自噬。有趣的是,谷氨酰胺分解抑制通过消除N6-甲基腺苷(m6A)修饰和YTHDF2介导的RNA衰变促进了ATF4 mRNA的表达。最后,抑制ATF4诱导的自噬增强了谷氨酰胺分解抑制的抗肿瘤功效。结论:谷氨酰胺分解抑制以m6A依赖性方式上调ATF4表达,通过转录激活mTOR抑制剂DDIT4来激活促生存自噬。靶向ATF4诱导的自噬是协同谷氨酰胺分解靶向疗法治疗癌症的新策略。

实验结论

提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。

研究问题
谷氨酰胺分解抑制诱导的促生存自噬的分子机制是什么,以及如何通过靶向该机制增强谷氨酰胺分解抑制的抗肿瘤效果?
核心机制
谷氨酰胺分解抑制上调FTO,减少ATF4 mRNA的m6A修饰,抑制YTHDF2介导的mRNA降解,从而稳定并上调ATF4;ATF4转录上调DDIT4,抑制mTORC1活性,诱导促生存自噬。
主要证据
通过RNA-seq和GSEA鉴定ATF4通路激活;Western blot显示ATF4和DDIT4上调及mTORC1活性抑制;ChIP和荧光素酶实验证实ATF4转录调控DDIT4;RIP和mRNA半衰期实验证实FTO-YTHDF2轴调节ATF4稳定性;体内AOM/DSS模型显示自噬抑制协同谷氨酰胺分解抑制。
研究意义
研究表明靶向ATF4诱导的自噬是协同谷氨酰胺分解靶向疗法治疗癌症的新策略。

研究路径

按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。

1

建立细胞模型并验证谷氨酰胺分解抑制效果

验证化合物968处理抑制谷氨酰胺分解及其对细胞增殖、凋亡和克隆形成的影响。

使用SW480和HCT116细胞,以化合物968(25 μM)处理,检测培养基谷氨酰胺、细胞内α-KG、谷氨酸水平,以及细胞增殖、凋亡和克隆形成。

2

鉴定谷氨酰胺分解抑制激活ATF4通路

探究谷氨酰胺分解抑制导致mTOR失活的机制,寻找关键分子。

对谷氨酰胺分解抑制前后的CRC细胞进行RNA-seq,通过GSEA分析,发现ATF4靶基因集富集,随后检测ATF4表达变化。

3

验证ATF4转录上调DDIT4

确认ATF4是否通过转录激活DDIT4来抑制mTOR。

通过ChIP和荧光素酶报告基因检测ATF4与DDIT4启动子的结合及转录激活;用siRNA敲低ATF4检查DDIT4表达和mTOR活性。

4

阐明m6A修饰调控ATF4 mRNA稳定性

揭示谷氨酰胺分解抑制上调ATF4 mRNA表达的机制。

检测ATF4 mRNA半衰期及m6A修饰水平,通过RIP检测FTO和YTHDF2与ATF4 mRNA的结合,并通过敲低或过表达验证其对ATF4表达的影响。

5

评估ATF4对自噬的调控

验证ATF4在谷氨酰胺分解抑制诱导的自噬中的作用。

使用mRFP-GFP-LC3串联荧光探针和自噬标志物检测ATF4敲低对自噬的影响。

6

体内验证联合治疗策略

验证靶向自噬和天冬酰胺代谢是否增强谷氨酰胺分解抑制的抗肿瘤效果。

使用AOM/DSS诱导的CRC小鼠模型,给予化合物968、CQ(自噬抑制剂)和L-ASP(天冬酰胺酶)的组合治疗,检测肿瘤数量和大小。

研究方法

按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。

产品清单

实验环节名称品牌货号
RPMI 1640培养基Invitrogen118575-093
胎牛血清Gibco10099141C
抗生素(100 U/mL青霉素和100 μg/mL链霉素)Gibco--
McCoy's 5A培养基Gibco16600-082
无谷氨酰胺RPMI 1640培养基Gibco42401018
无谷氨酰胺McCoy's 5A培养基ProcellPM150713
二抗Jackson Immuno Research111-035-003
Bio-Rad ChemiDOC Touch成像系统Bio-Rad Laboratories--
HRP化学发光检测试剂盒Biological Industries20-500-120
HRP化学发光检测试剂盒FDbio ScienceFD8030
TRIzol试剂Invitrogen15596026
NanoDrop 2000Thermo Fisher Scientific--
高容量cDNA逆转录试剂盒Thermo Fisher Scientific--
SYBR Green预混试剂盒Roche--
LightCycler 480 II系统Roche--
ATF4抗体Cell Signaling Technology11815S
p-mTOR抗体Cell Signaling Technology5536S
mTOR抗体Cell Signaling Technology2983S
p-p70S6K抗体Cell Signaling Technology9205S
p70S6K抗体Cell Signaling Technology2708S
pS6抗体Cell Signaling Technology4857S
LC3B抗体Cell Signaling Technology3868S
SQSTM1抗体Cell Signaling Technology8025
DDIT4抗体Proteintech10638-1-AP
YTHDF2抗体Proteintech24744-1-AP
FTO抗体Abcamab126605
WTAP抗体Abcamab195380
ALKBH5抗体Abcamab69325
m6A抗体Abcamab208577
METTL3抗体ABclonala8370
METTL14抗体ABclonala8530
化合物968Sigma-AldrichSML1327
氯喹Sigma-AldrichC6628
甲氯芬那酸钠MCEHY-B1320
CB839Selleck ChemicalsS7655
Lipofectamine RNAiMAX转染试剂Thermo Fisher Scientific133778
X-tremeGENE HP DNA转染试剂Merck/Sigma Aldrich06366236
去内毒素质粒大提试剂盒QIAGEN--
自动细胞计数器Bio-Rad Laboratories--
FITC膜联蛋白V和碘化丙啶染色液BD Biosciences556547
FACSCalibur流式细胞仪BD Biosciences--
双荧光素酶报告基因系统Promega--
GloMax 20/20发光检测仪PromegaE5311
谷氨酰胺检测试剂盒AbnovaKA1670
α-酮戊二酸检测试剂盒AbnovaKA0872
谷氨酰胺/谷氨酸-Glo检测试剂盒PromegaJ8021
GSH比色检测试剂盒Abcamab239709
SimpleChIP酶法染色质免疫沉淀试剂盒Cell Signaling Technology9180s
Magna RIP RNA结合蛋白免疫沉淀试剂盒Millipore17-700
氧化偶氮甲烷----
葡聚糖硫酸钠----

关键环节

汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。

环节核对要点
细胞培养与谷氨酰胺饥饿
细胞系(SW480/HCT116)的培养基类型(RPMI 1640/McCoy's 5A),谷氨酰胺浓度,血清浓度,抗生素浓度,以及无谷氨酰胺培养基的替换
阅读提示:Methods: Cell culture
化合物968处理
化合物968的浓度(25 μM),处理时间(24小时、72小时等),溶剂对照DMSO
阅读提示:Methods: Cell counting assay, Apoptosis detection, Results: Figure 1 legends
基因敲低与过表达
siRNA或质粒的序列及转染试剂(Lipofectamine RNAiMAX, X-tremeGENE HP),转染时间(48小时)
阅读提示:Methods: siRNA and plasmid transfection
mRNA半衰期测定
放线菌素D浓度(5 μg/mL),处理时间点
阅读提示:Methods: RNA half-life assay
动物模型与药物处理
小鼠品系(C57BL/6J)、年龄(5周龄)、性别(雄性),AOM剂量(10 mg/kg)及给药方式(腹腔注射),DSS浓度(2%)及循环方案,治疗药物剂量(CQ 50 mg/kg、L-ASP 1000 IU/kg、化合物968 10 mg/kg)及给药频率(每周两次,共10周)
阅读提示:Methods: Animal experiments