建立细胞模型并验证谷氨酰胺分解抑制效果
验证化合物968处理抑制谷氨酰胺分解及其对细胞增殖、凋亡和克隆形成的影响。
使用SW480和HCT116细胞,以化合物968(25 μM)处理,检测培养基谷氨酰胺、细胞内α-KG、谷氨酸水平,以及细胞增殖、凋亡和克隆形成。
Targeting ATF4-dependent pro-survival autophagy to synergize glutaminolysis inhibition.
包含体外细胞实验、分子机制验证及体内AOM/DSS小鼠模型,具有多层验证,但缺乏类器官及患者样本验证。
SW480结肠癌细胞系 HCT116结肠癌细胞系 AOM/DSS诱导的结直肠癌小鼠模型
ATF4敲低对mTORC1活性的影响(Western blot) DDIT4敲低对细胞凋亡和mTORC1活性的影响 ATF4对DDIT4启动子的转录调控(ChIP和荧光素酶报告基因) YTHDF2敲低或过表达对ATF4 mRNA半衰期及表达的影响 FTO敲低或抑制(MS)对ATF4 mRNA m6A修饰及表达的影响
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
验证化合物968处理抑制谷氨酰胺分解及其对细胞增殖、凋亡和克隆形成的影响。
使用SW480和HCT116细胞,以化合物968(25 μM)处理,检测培养基谷氨酰胺、细胞内α-KG、谷氨酸水平,以及细胞增殖、凋亡和克隆形成。
探究谷氨酰胺分解抑制导致mTOR失活的机制,寻找关键分子。
对谷氨酰胺分解抑制前后的CRC细胞进行RNA-seq,通过GSEA分析,发现ATF4靶基因集富集,随后检测ATF4表达变化。
确认ATF4是否通过转录激活DDIT4来抑制mTOR。
通过ChIP和荧光素酶报告基因检测ATF4与DDIT4启动子的结合及转录激活;用siRNA敲低ATF4检查DDIT4表达和mTOR活性。
揭示谷氨酰胺分解抑制上调ATF4 mRNA表达的机制。
检测ATF4 mRNA半衰期及m6A修饰水平,通过RIP检测FTO和YTHDF2与ATF4 mRNA的结合,并通过敲低或过表达验证其对ATF4表达的影响。
验证ATF4在谷氨酰胺分解抑制诱导的自噬中的作用。
使用mRFP-GFP-LC3串联荧光探针和自噬标志物检测ATF4敲低对自噬的影响。
验证靶向自噬和天冬酰胺代谢是否增强谷氨酰胺分解抑制的抗肿瘤效果。
使用AOM/DSS诱导的CRC小鼠模型,给予化合物968、CQ(自噬抑制剂)和L-ASP(天冬酰胺酶)的组合治疗,检测肿瘤数量和大小。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养 | RPMI 1640培养基 | Invitrogen | 118575-093 |
| 胎牛血清 | Gibco | 10099141C | |
| 抗生素(100 U/mL青霉素和100 μg/mL链霉素) | Gibco | -- | |
| McCoy's 5A培养基 | Gibco | 16600-082 | |
| 无谷氨酰胺RPMI 1640培养基 | Gibco | 42401018 | |
| 无谷氨酰胺McCoy's 5A培养基 | Procell | PM150713 | |
| Western blot | 二抗 | Jackson Immuno Research | 111-035-003 |
| Bio-Rad ChemiDOC Touch成像系统 | Bio-Rad Laboratories | -- | |
| HRP化学发光检测试剂盒 | Biological Industries | 20-500-120 | |
| HRP化学发光检测试剂盒 | FDbio Science | FD8030 | |
| RNA提取和qRT-PCR | TRIzol试剂 | Invitrogen | 15596026 |
| NanoDrop 2000 | Thermo Fisher Scientific | -- | |
| 高容量cDNA逆转录试剂盒 | Thermo Fisher Scientific | -- | |
| SYBR Green预混试剂盒 | Roche | -- | |
| LightCycler 480 II系统 | Roche | -- | |
| Western blot | ATF4抗体 | Cell Signaling Technology | 11815S |
| p-mTOR抗体 | Cell Signaling Technology | 5536S | |
| mTOR抗体 | Cell Signaling Technology | 2983S | |
| p-p70S6K抗体 | Cell Signaling Technology | 9205S | |
| p70S6K抗体 | Cell Signaling Technology | 2708S | |
| pS6抗体 | Cell Signaling Technology | 4857S | |
| LC3B抗体 | Cell Signaling Technology | 3868S | |
| SQSTM1抗体 | Cell Signaling Technology | 8025 | |
| DDIT4抗体 | Proteintech | 10638-1-AP | |
| YTHDF2抗体 | Proteintech | 24744-1-AP | |
| FTO抗体 | Abcam | ab126605 | |
| WTAP抗体 | Abcam | ab195380 | |
| ALKBH5抗体 | Abcam | ab69325 | |
| m6A抗体 | Abcam | ab208577 | |
| METTL3抗体 | ABclonal | a8370 | |
| METTL14抗体 | ABclonal | a8530 | |
| 药物处理 | 化合物968 | Sigma-Aldrich | SML1327 |
| 氯喹 | Sigma-Aldrich | C6628 | |
| 甲氯芬那酸钠 | MCE | HY-B1320 | |
| CB839 | Selleck Chemicals | S7655 | |
| 转染 | Lipofectamine RNAiMAX转染试剂 | Thermo Fisher Scientific | 133778 |
| X-tremeGENE HP DNA转染试剂 | Merck/Sigma Aldrich | 06366236 | |
| 质粒提取 | 去内毒素质粒大提试剂盒 | QIAGEN | -- |
| 细胞计数 | 自动细胞计数器 | Bio-Rad Laboratories | -- |
| 凋亡检测 | FITC膜联蛋白V和碘化丙啶染色液 | BD Biosciences | 556547 |
| FACSCalibur流式细胞仪 | BD Biosciences | -- | |
| 荧光素酶实验 | 双荧光素酶报告基因系统 | Promega | -- |
| GloMax 20/20发光检测仪 | Promega | E5311 | |
| 代谢物分析 | 谷氨酰胺检测试剂盒 | Abnova | KA1670 |
| α-酮戊二酸检测试剂盒 | Abnova | KA0872 | |
| 谷氨酰胺/谷氨酸-Glo检测试剂盒 | Promega | J8021 | |
| GSH比色检测试剂盒 | Abcam | ab239709 | |
| ChIP | SimpleChIP酶法染色质免疫沉淀试剂盒 | Cell Signaling Technology | 9180s |
| RIP | Magna RIP RNA结合蛋白免疫沉淀试剂盒 | Millipore | 17-700 |
| 动物实验 | 氧化偶氮甲烷 | -- | -- |
| 葡聚糖硫酸钠 | -- | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 细胞培养与谷氨酰胺饥饿 | 细胞系(SW480/HCT116)的培养基类型(RPMI 1640/McCoy's 5A),谷氨酰胺浓度,血清浓度,抗生素浓度,以及无谷氨酰胺培养基的替换 阅读提示:Methods: Cell culture |
| 化合物968处理 | 化合物968的浓度(25 μM),处理时间(24小时、72小时等),溶剂对照DMSO 阅读提示:Methods: Cell counting assay, Apoptosis detection, Results: Figure 1 legends |
| 基因敲低与过表达 | siRNA或质粒的序列及转染试剂(Lipofectamine RNAiMAX, X-tremeGENE HP),转染时间(48小时) 阅读提示:Methods: siRNA and plasmid transfection |
| mRNA半衰期测定 | 放线菌素D浓度(5 μg/mL),处理时间点 阅读提示:Methods: RNA half-life assay |
| 动物模型与药物处理 | 小鼠品系(C57BL/6J)、年龄(5周龄)、性别(雄性),AOM剂量(10 mg/kg)及给药方式(腹腔注射),DSS浓度(2%)及循环方案,治疗药物剂量(CQ 50 mg/kg、L-ASP 1000 IU/kg、化合物968 10 mg/kg)及给药频率(每周两次,共10周) 阅读提示:Methods: Animal experiments |