生物信息学分析KIF18B表达
预测KIF18B在食管癌中的表达水平
使用GEPIA数据库分析ESCA中KIF18B的表达。
Upregulation of KIF18B facilitates malignant phenotype of esophageal squamous cell carcinoma by activating CDCA8/mTORC1 pathway.
包含生物信息学分析、qRT-PCR、Western blot、CCK-8、流式细胞术、伤口愈合和Transwell等体外实验,以及siRNA挽救实验,但缺乏动物或临床样本验证。
人食管鳞状细胞癌细胞系EC9706和KYSE220 人正常食管上皮细胞系HEEC
KIF18B过表达质粒的转染效率 CDCA8沉默的效率 细胞活力检测时间点(24、48、72小时) Transwell侵袭实验中细胞数和Matrigel预包被 所有实验独立重复三次
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
预测KIF18B在食管癌中的表达水平
使用GEPIA数据库分析ESCA中KIF18B的表达。
建立KIF18B过表达以及KIF18B过表达联合CDCA8沉默的ESCC细胞模型
培养HEEC、EC9706、KYSE30、KYSE220和KYSE150细胞,并转染KIF18B过表达质粒或/和siCDCA8。
验证转染效率并检测相关基因表达
采用qRT-PCR和Western blot检测KIF18B和CDCA8的mRNA和蛋白水平。
评估KIF18B过表达对细胞活力的影响
使用CCK-8试剂盒检测转染后24、48、72小时的细胞活力。
评估KIF18B过表达对细胞周期分布的影响
使用流式细胞术检测细胞周期,并用Western blot检测CDK4和CyclinD3蛋白水平。
评估KIF18B过表达对迁移和侵袭能力的影响
通过伤口愈合实验和Transwell实验检测细胞迁移和侵袭,并用Western blot检测EMT相关蛋白。
验证KIF18B对mTORC1通路的影响
通过Western blot检测CDCA8、p-p70S6K、p70S6K、p-mTOR和mTOR蛋白水平。
验证KIF18B的作用是否依赖CDCA8
在KIF18B过表达细胞中共转染siCDCA8,并检测细胞活力、周期、迁移、侵袭及mTORC1通路蛋白变化。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 生物信息学分析 | GEPIA | -- | -- |
| 细胞培养 | Ham's F12培养基 | Procell | PM150810 |
| 胎牛血清 | Procell | 164210 | |
| 细胞转染 | pcDNA3.1载体 | YouBio | VT1001 |
| Lipofectamine RNAiMAX转染试剂 | Invitrogen | 13778-075 | |
| RNA提取 | TRIzol试剂 | Invitrogen | 15596-026 |
| 逆转录 | cDNA合成试剂盒 | Beyotime | D7168M |
| qRT-PCR | PCR预混液 | Beyotime | D7255 |
| 实时荧光定量PCR仪(7500) | Applied Biosystems | -- | |
| Western blot | RIPA裂解缓冲液 | Beyotime | P0013C |
| 磷酸酶抑制剂 | Absin | abs9162 | |
| BCA蛋白定量试剂盒 | Beyotime | P0011 | |
| 聚偏二氟乙烯膜 | Millipore | IPVH00010 | |
| 快速封闭液 | Sangon Biotech | C006011-0175 | |
| 山羊抗兔IgG | Abcam | ab6721 | |
| 兔抗鼠IgG | Abcam | ab6728 | |
| 增强化学发光系统 | Millipore | 17-373BP | |
| Image J软件 | -- | -- | |
| KIF18B抗体 | Abcam | ab168812 | |
| CDK4抗体 | Abcam | ab108357 | |
| CyclinD3抗体 | Abcam | ab28283 | |
| p70S6K抗体 | Abcam | ab32529 | |
| 磷酸化p70S6K抗体 | Abcam | ab59208 | |
| 磷酸化mTOR抗体 | Abcam | ab109268 | |
| mTOR抗体 | Abcam | ab134903 | |
| E-Cadherin抗体 | Abcam | ab40772 | |
| Vimentin抗体 | Abcam | ab92547 | |
| N-Cadherin抗体 | Abcam | ab18203 | |
| CDCA8抗体 | Abcam | ab74473 | |
| GAPDH抗体 | Abcam | ab8245 | |
| 细胞活力检测 | CCK-8试剂盒 | Beyotime | C0039 |
| 酶标仪(MR-96A) | Mindray | -- | |
| 流式细胞术 | 流式细胞仪(CytoFLEX) | Beckman | -- |
| 细胞周期检测 | 乙醇 | Sigma-Aldrich | 459836 |
| 碘化丙啶 | Beyotime | ST511 | |
| 细胞迁移和侵袭 | Transwell小室 | Corning | 3428 |
| 细胞侵袭 | Matrigel基质胶 | BD Bioscience | -- |
| 结晶紫 | Solarbio | G1061 | |
| 统计分析 | GraphPad Prism软件 | GraphPad | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 生物信息学分析 | KIF18B在ESCA中的表达水平(肿瘤=182,正常=286) 阅读提示:见Methods 2.1及Figure 1A |
| 细胞培养 | 细胞系来源、培养基、血清浓度、培养条件 阅读提示:见Methods 2.2 |
| 细胞转染 | 转染试剂、质粒信息、转染时间(72小时) 阅读提示:见Methods 2.2 |
| qRT-PCR | 引物序列、内参基因(GAPDH)、计算方法(2-ΔΔCt) 阅读提示:见Methods 2.3 |
| Western blot | 抗体稀释比、封闭时间、显色系统 阅读提示:见Methods 2.4 |
| 细胞活力(CCK-8) | 细胞接种密度、检测时间点(24,48,72小时)、波长(450nm) 阅读提示:见Methods 2.5 |
| 细胞周期 | 固定方法、染色时间、流式细胞仪型号 阅读提示:见Methods 2.6 |
| 细胞迁移和侵袭 | 伤口愈合实验时间(48小时)、Transwell细胞数、Matrigel预包被、固定和染色时间 阅读提示:见Methods 2.7 |
| 统计方法 | 数据表示法(均值±标准差)、重复次数(三次)、统计检验(单因素方差分析) 阅读提示:见Methods 2.8 |