数据获取与差异基因鉴定
从TCGA-PRAD和GSE46602数据集中筛选前列腺癌相关的差异表达基因。
下载并标准化TCGA-PRAD和GSE46602数据,使用R软件DESeq和Limma包筛选DEGs,取交集共获得262个DEGs。
GPX2 predicts recurrence-free survival and triggers the Wnt/β-catenin/EMT pathway in prostate cancer.
包含生物信息学分析(TCGA/GEO数据、WGCNA、GSEA)、临床样本IHC验证、细胞功能实验(增殖、凋亡、侵袭)及机制验证(Western blot)。
前列腺癌细胞系LNCaP和22RV1 前列腺癌患者组织样本(20例PCa,10例良性前列腺增生) TCGA-PRAD和GEO数据集(GSE46602、GSE70768、GSE6919)
GPX2在LNCaP和22RV1细胞中的敲低和过表达效率 CCK-8实验的细胞接种数量(2000个/孔)和检测时间点 Transwell侵袭实验的细胞浓度(3×10^5/mL)和培养时间(24小时) Western blot检测的Wnt/β-catenin/EMT通路蛋白表达变化 免疫组化实验的患者样本来源和Gleason评分分组
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
从TCGA-PRAD和GSE46602数据集中筛选前列腺癌相关的差异表达基因。
下载并标准化TCGA-PRAD和GSE46602数据,使用R软件DESeq和Limma包筛选DEGs,取交集共获得262个DEGs。
建立并验证基于基因表达的前列腺癌无复发生存预后模型。
使用单变量Cox、LASSO和多变量Cox回归分析构建基于18个基因的预后模型,并在TCGA-PRAD和GSE70768数据集中验证。
识别与Gleason评分相关的关键模块和核心基因。
使用WGCNA分析TCGA-PRAD中的DEGs,获得与Gleason评分显著相关的蓝色模块,并与预后模型和Top30基因取交集,得到唯一基因GPX2。
分析GPX2表达相关的信号通路及其与免疫细胞浸润的关系。
使用GSEA分析TCGA-PRAD中GPX2高、低表达组的差异基因富集通路;使用CIBERSORT算法计算免疫细胞浸润比例。
验证GPX2在前列腺癌组织中的表达及其与Gleason评分的关系。
收集20例PCa和10例良性前列腺增生组织样本,进行免疫组化染色,由两位病理学家双盲评分。
在人前列腺癌细胞系中敲低和过表达GPX2,以研究其功能。
培养LNCaP和22RV1细胞,使用Lipofectamine 2000转染si-GPX2、si-NC、over-GPX2、over-NC,并通过qRT-PCR和Western blot验证转染效率。
评估GPX2对前列腺癌细胞增殖、凋亡和侵袭的影响。
使用CCK-8实验检测细胞增殖,流式细胞术检测凋亡,Transwell实验检测侵袭。
验证GPX2对Wnt/β-catenin/EMT通路蛋白表达的影响。
提取细胞总蛋白,Western blot检测Wnt3a、GSK3β、p-GSK3β、β-catenin、p-β-catenin、c-myc、cyclin D1、vimentin、E-cadherin等蛋白表达。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养 | RPMI-1640培养基 | Biosharp | bl303a |
| RNA提取 | TRIzol试剂 | Biosharp | bs259a |
| 逆转录 | 逆转录试剂盒 | Yeasen | 11119es60 |
| qRT-PCR | SYBR Green试剂盒 | Yeasen | 11201es50 |
| 细胞转染 | Lipofectamine 2000转染试剂 | Invitrogen | 11668-027 |
| 细胞处理 | SKL2001(Wnt/β-catenin激动剂) | MCE | HY-101085 |
| CCK-8实验 | CCK-8溶液 | Dojindo | PR645 |
| CCK-8检测 | 酶标仪 | Molecular Devices | SpectraMax i3 |
| 流式凋亡实验 | Annexin V-FITC/PI凋亡检测试剂盒 | BD | 556547 |
| 流式细胞术 | 流式细胞仪 | BD | LSRII |
| Transwell侵袭实验 | Transwell小室 | Corning | 3422 |
| Western blot | 总蛋白提取试剂盒 | Biosharp | bl521a |
| β-actin抗体 | Servicebio | gb12001 | |
| Wnt3a抗体 | Cell Signaling Technology | 2721 | |
| GSK3β抗体 | Abcam | ab2602 | |
| 磷酸化GSK3β Ser9抗体 | Abcam | ab131097 | |
| β-catenin抗体 | Abcam | ab32572 | |
| 磷酸化β-catenin抗体 | Abcam | ab27798 | |
| c-myc抗体 | Abcam | ab32072 | |
| 细胞周期蛋白D1抗体 | Cell Signaling Technology | 2978 | |
| 波形蛋白抗体 | Cell Signaling Technology | 3195 | |
| E-钙粘蛋白抗体 | Proteintech | 60330-I-Ig | |
| 免疫组化 | GPX2抗体 | Abcam | ab140130 |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 数据获取 | TCGA-PRAD和GEO数据集的样本数量、临床信息完整性 阅读提示:Materials and Methods: Data acquisition |
| 差异基因筛选 | 筛选阈值:P <0.05且|logFC|>2 阅读提示:Materials and Methods: Construction and validation of the PCa RFS prognostic model |
| WGCNA分析 | 软阈值β=2,最小模块基因数30,合并模块高度0.25 阅读提示:Materials and Methods: WGCNA and GPX2 predicted PCa RFS |
| 免疫组化 | 样本来源、Gleason评分分组、抗体浓度、染色评分标准 阅读提示:Materials and Methods: GSEA and immunohistochemical (IHC) analysis |
| 细胞培养 | 细胞系来源、培养基、培养条件(37°C,5% CO2) 阅读提示:Materials and Methods: Cell culture and qRT-PCR analysis |
| 细胞转染 | 转染试剂、转染分组、转染效率验证 阅读提示:Materials and Methods: Transfection and grouping |
| CCK-8实验 | 细胞接种数量、检测时间点、吸光度读数 阅读提示:Materials and Methods: CCK-8 assay |
| 流式凋亡 | 试剂、染色时间、检测仪器 阅读提示:Materials and Methods: Flow cytometry assay |
| Transwell侵袭 | 细胞浓度、培养时间、染色方法 阅读提示:Materials and Methods: Transwell invasion assay |
| Western blot | 蛋白提取方法、抗体稀释比例、孵育时间 阅读提示:Materials and Methods: Western blot analysis |