CD47表达差异分析
比较前列腺癌组织与正常组织中CD47的表达水平。
使用GEPIA数据库分析CD47在前列腺癌和正常组织中的表达差异。
Evaluation of CD47 in the Suppressive Tumor Microenvironment and Immunotherapy in Prostate Cancer.
包含生物信息学数据库分析(GEPIA、CancerSEA、TISCH、TIMER)和体外吞噬实验,但缺乏体内功能验证或机制验证,且患者样本仅用于免疫荧光验证。
小鼠前列腺癌细胞RM-1 小鼠骨髓来源巨噬细胞BMDM 前列腺癌患者组织样本
CD47在前列腺癌组织中的表达上调(GEPIA分析) CD47表达与免疫细胞浸润的相关性(TIMER分析) CD47抗体(aCD47)阻断RM-1后巨噬细胞吞噬效率的变化(体外共培养) BMDM分化为M1型巨噬细胞的验证(CD80+比例99.34%)
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
比较前列腺癌组织与正常组织中CD47的表达水平。
使用GEPIA数据库分析CD47在前列腺癌和正常组织中的表达差异。
探究CD47与前列腺癌细胞功能状态的相关性。
利用CancerSEA数据库分析CD47与前列腺癌细胞不同功能状态的相关性。
分析CD47在不同免疫细胞中的表达情况及其与肿瘤微环境的关系。
利用TISCH数据库分析前列腺癌原发和转移样本中CD47的表达,重点分析包含转移的PRAD-GSE141445和PRAD-GSE143791数据集。
探索CD47表达与前列腺癌免疫细胞浸润的关系。
利用TIMER数据库分析CD47表达与B细胞、CD8+T细胞、巨噬细胞等免疫细胞浸润的相关性。
验证前列腺癌组织中CD47表达与巨噬细胞浸润的空间关系。
收集5对前列腺癌和正常组织标本,进行免疫荧光染色CD47和CD163,观察共定位。
验证阻断CD47能否促进巨噬细胞对前列腺癌细胞的吞噬作用。
从小鼠骨髓提取BMDM,诱导分化为M1型巨噬细胞;用aCD47抗体阻断RM-1细胞,与巨噬细胞共培养,检测吞噬效率。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养 | DMEM培养基 | Gibco | -- |
| 胎牛血清 | Excell Bio | -- | |
| 青霉素-链霉素 | Gibco | -- | |
| 巨噬细胞分化 | 巨噬细胞集落刺激因子 | Sino Biological | 51112-MNHA |
| 巨噬细胞活化 | 脂多糖 | Sigma | L4391 |
| 抗体阻断 | 抗CD47抗体 | Biolegend | 127517 |
| 流式分析 | PE抗小鼠CD11b抗体 | Biolegend | 101208 |
| PE/Cyanine7抗小鼠CD80抗体 | Biolegend | 104734 | |
| APC抗小鼠F4/80抗体 | Biolegend | 123116 | |
| 免疫荧光 | CD47抗体 | Santacruze | SC-12730 |
| CD163抗体 | Abcam | ab182422 | |
| 山羊抗兔IgG (H+L) | Abcam | ab150088 | |
| 山羊抗小鼠IgG (H+L) | Abcam | ab150117 | |
| 细胞培养 | RM-1细胞系 | Procell | -- |
| 巨噬细胞分离 | 红细胞裂解液 | Solarbio | R1010 |
| 流式分析 | CytoFLEX流式细胞仪 | Beckman | -- |
| 免疫荧光观察 | 荧光显微镜 | Nikon | -- |
| 统计分析 | GraphPad Prism 9软件 | GraphPad | -- |
| 吞噬实验 | PKH67染料 | -- | -- |
| Dil染料 | -- | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 数据获取与分析 | 数据库版本和筛选条件,如GEPIA、CancerSEA、TISCH、TIMER的具体参数 阅读提示:Methods 2.1-2.3 |
| 细胞培养 | RM-1细胞的培养条件,如培养基、血清浓度、抗生素浓度、温度、CO2浓度 阅读提示:Methods 2.4 |
| 巨噬细胞分化 | BMDM提取方法、M-CSF浓度、分化时间、LPS浓度及刺激时间 阅读提示:Methods 2.4和2.6 |
| 吞噬实验 | 抗体阻断浓度、共培养比例、共培养时间、吞噬效率检测方法 阅读提示:Methods 2.6和Results 3.4 |
| 免疫荧光 | 抗体稀释比例、孵育时间、切片处理方法 阅读提示:Methods 2.5 |