验证HBx对铁死亡和PRMT9表达的影响
探究HBx是否抑制HCC细胞铁死亡并调控PRMT9表达
在HepG2细胞中过表达HBx,检测细胞增殖、ROS水平、MDA含量、铁死亡标志物(4-HNE、FTH1)及PRMT9表达。
Arginine methylation of HSPA8 by PRMT9 inhibits ferroptosis to accelerate hepatitis B virus-associated hepatocellular carcinoma progression.
包含体外细胞功能实验、体内移植瘤模型、机制验证(co-IP、质谱、突变体)、转录组测序及临床样本验证等多层级证据。
HepG2细胞 MHCC97H细胞 Huh7细胞 BALB/c裸鼠异种移植瘤模型 HCC组织芯片(66例肿瘤和58例癌旁组织)
HBx过表达质粒及空载体对照 PRMT9过表达和敲低(siRNA及shRNA) PRMT9催化失活突变体G260E HSPA8的R76和R100位点突变 CD44敲低(siRNA)
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
探究HBx是否抑制HCC细胞铁死亡并调控PRMT9表达
在HepG2细胞中过表达HBx,检测细胞增殖、ROS水平、MDA含量、铁死亡标志物(4-HNE、FTH1)及PRMT9表达。
确定PRMT9是否抑制铁死亡,以及HBx是否通过PRMT9发挥作用
在HepG2和Huh7细胞中过表达PRMT9,在MHCC97H细胞中敲低PRMT9;随后在MHCC97H中共表达HBx和敲低PRMT9进行拯救实验,检测铁死亡指标。
评估PRMT9在体内对HCC肿瘤生长和铁死亡的作用
使用PRMT9敲低的MHCC97H细胞和PRMT9过表达的HepG2细胞构建裸鼠皮下移植瘤模型,测量肿瘤体积和重量,并进行HE、普鲁士蓝和IHC染色及MDA检测。
寻找PRMT9调控铁死亡的下游靶蛋白及其甲基化位点
通过质谱分析鉴定PRMT9互作蛋白和sDMA修饰蛋白,筛选出HSPA8;通过co-IP和免疫荧光验证PRMT9与HSPA8的结合和共定位;构建PRMT9催化失活突变体G260E,检测HSPA8甲基化水平;通过位点预测和突变(R76K、R100K)验证甲基化位点。
确认PRMT9对铁死亡的抑制依赖于HSPA8的R76和R100位点甲基化
在HSPA8敲低的HepG2细胞中共转PRMT9-WT-flag与HSPA8 WT或突变体,检测细胞增殖、MDA、ROS及铁死亡标志物表达。
鉴定HSPA8过表达后下游调控铁死亡的关键基因
对HSPA8过表达的HepG2细胞进行转录组测序,分析差异表达基因,KEGG富集分析,验证CD44表达,并通过CD44敲低验证其功能。
验证PRMT9、HSPA8和GPX4在HCC中的表达及其预后价值
使用包含66例HCC肿瘤和58例癌旁组织的组织芯片进行IHC染色,评估H-score,并进行生存分析和相关性分析。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养 | DMEM培养基 | Corning | 10-013-CV |
| 胎牛血清 | GIBCO | 10099-141 | |
| 脂质体转染试剂2000 | -- | -- | |
| RNA提取和qPCR | TRIzol试剂 | Thermo | -- |
| RT-qPCR | RevertAid第一链cDNA合成试剂盒 | Thermo | #K1622 |
| SYBR Premix Ex Taq II试剂盒 | Takara | -- | |
| BIO-RAD CFX96实时荧光定量PCR仪 | Bio-Rad | -- | |
| Western blot | RIPA裂解液 | Beyotime | P0013 |
| BCA蛋白定量试剂盒 | Bio-Rad | -- | |
| PVDF膜 | -- | -- | |
| HBx抗体 | Abcam | ab2741 | |
| PRMT9抗体 | Invitrogen | PA5-48942 | |
| FTH1抗体 | Abcam | ab65080 | |
| GPX4抗体 | Santa Cruz Biotechnology | sc-166570 | |
| 4-HNE抗体 | Abcam | ab46545 | |
| HSPA8抗体 | Proteintech | 10654-1-AP | |
| MMA抗体 | CST | 8015S | |
| sDMA抗体 | CST | 13222S | |
| GAPDH抗体 | Proteintech | 60004-1-Lg | |
| 山羊抗小鼠IgG H&L(HRP) | Abcam | ab205719 | |
| 山羊抗兔IgG H&L(HRP) | Abcam | ab6721 | |
| 细胞增殖检测 | CCK8试剂盒 | Beyotime | -- |
| ROS检测 | DCFH-DA探针 | Solarbio | CA1410 |
| MDA检测 | MDA检测试剂盒 | Beyotime | S0131 |
| IHC染色 | FTH1抗体(IHC) | Santa Cruz Biotechnology | sc-376594 |
| 二抗(G1214) | Servicebio | G1214 | |
| DAB显色液 | Servicebio | G1212 | |
| Co-IP | Pierce IP裂解液 | Thermo Fisher Scientific | 87787 |
| Protein A/G磁珠 | MCE | HY-K0202 | |
| IgG抗体 | Santa Cruz Biotechnology | sc-2025 | |
| 洗脱缓冲液 | ABmart | T10007 | |
| 免疫荧光 | PRMT9抗体(IF) | abcam | ab122374 |
| HSPA8抗体(IF) | Proteintech | 66442-1-Ig | |
| 山羊抗兔IgG H&L(Alexa Fluor 488) | abcam | ab150077 | |
| Cy3标记的山羊抗小鼠IgG(H+L) | Beyotime | A0521 | |
| 转录组测序 | VAHTS链特异性mRNA-seq文库构建试剂盒(Illumina V2) | Vazyme | NR612-01 |
| Illumina HiSeq2500测序仪 | Illumina | -- | |
| Agilent 2100生物分析仪 | Agilent | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 细胞培养与转染 | HepG2、MHCC97H、Huh7细胞培养条件(DMEM+10%FBS+1%P/S),转染时细胞融合度60-80%,质粒或siRNA用量(5 μL),Lipofectamine 2000用量(5 μL),转染时间(4小时) 阅读提示:Methods:Cell culture and transfection |
| 铁死亡指标检测 | CCK8细胞增殖(每孔1×10^4细胞,时间点0、24、48、72、96小时),ROS检测(DCFH-DA浓度5 μmol/L,孵育10分钟),MDA检测(细胞裂解、离心、吸光度532 nm) 阅读提示:Methods:CCK8 assay, ROS detection, MDA |
| 动物实验 | 雌性BALB/c裸鼠(6周龄),皮下注射5×10^7细胞(200 μL),麻醉用50 mg/kg戊巴比妥钠,肿瘤体积从第14天开始每3天测量,第23天处死 阅读提示:Methods:Animal experiments |
| 蛋白质互作与甲基化验证 | PRMT9-WT-flag和PRMT9-G260E-flag质粒,HSPA8 WT、R76K、R100K突变体,co-IP使用Flag、HSPA8、HA抗体,CHX实验检测蛋白稳定性 阅读提示:Methods:Co-immunoprecipitation (co-IP) and mass spectrometry,图4 |
| 转录组测序 | HSPA8过表达HepG2细胞(n=3),文库构建起始RNA量1 μg,测序平台Illumina HiSeq2500,DEGs筛选标准(|log2FC|>1, p<0.05) 阅读提示:Methods:Transcriptome sequencing |
| 临床样本验证 | HCC组织芯片样本数(肿瘤66例,癌旁58例),IHC染色步骤,H-score计算标准 阅读提示:Methods:HCC tissue microarray |