建立小鼠皮肤创面模型
观察创面愈合过程中组织病理学变化及关键蛋白表达。
对7周龄BALB/c小鼠进行皮肤全层切除,在术后第0、1、3、7、14天观察创面并取材,进行HE、Masson三色染色和免疫荧光染色。
DNMT3A-mediated epigenetic silencing of SOX17 contributes to endothelial cell migration and fibroblast activation in wound healing.
包含体内小鼠创面模型、体外细胞实验及共培养模型,并进行了功能验证(迁移、激活)和机制验证(ChIP、DNA pull-down、焦磷酸测序)。
BALB/c小鼠创面模型 人脐静脉内皮细胞(HUVEC) 人包皮成纤维细胞(HFF-1) HUVEC-HFF-1共培养模型
小鼠品系(BALB/c)及周龄(7周龄) 创面组织取材时间点(第0、1、3、7、14天) sh-SOX17#2靶序列及转染时间(48小时) HUVEC与HFF-1共培养条件(HUVEC转染48h后收集上清培养HFF-1 24小时) DNMT3A过表达质粒及检测方法(RT-qPCR、ChIP-qPCR、DNA pull-down、焦磷酸测序)
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
观察创面愈合过程中组织病理学变化及关键蛋白表达。
对7周龄BALB/c小鼠进行皮肤全层切除,在术后第0、1、3、7、14天观察创面并取材,进行HE、Masson三色染色和免疫荧光染色。
在体外评估SOX17对内皮细胞增殖、迁移及TGF-β分泌的影响。
使用靶向SOX17的shRNA转染HUVEC,通过EdU实验检测增殖,Transwell实验检测迁移,RT-qPCR和western blot检测TGF-β表达,ELISA检测TGF-β分泌。
探究SOX17敲低的内皮细胞对成纤维细胞活化的影响。
收集转染sh-SOX17的HUVEC培养上清,处理HFF-1细胞24小时,通过CCK8检测细胞活力,IF检测α-SMA和COL1表达。
验证DNMT3A是否通过启动子甲基化调控SOX17表达。
在HUVEC中过表达DNMT3A,通过RT-qPCR检测SOX17 mRNA水平,ChIP-qPCR和DNA pull-down验证DNMT3A与SOX17启动子结合,焦磷酸测序检测启动子甲基化水平。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 动物实验 | 异氟烷 | Jiupai Company | -- |
| 组织学染色 | Masson三色染色试剂盒 | Solarbio | -- |
| 免疫荧光 | 抗S100A4抗体 | Proteintech | 16105-1-AP |
| 抗SOX17抗体 | Proteintech | 24903-1-AP | |
| 抗DNMT3A抗体 | Proteintech | 20954-1-AP | |
| DAPI | Servicebio | G1012 | |
| 抗α-SMA抗体 | Servicebio | GB111364 | |
| 抗COL1抗体 | Servicebio | GB11022 | |
| 细胞培养 | 内皮细胞培养基(ECM) | ScienCell | -- |
| 胎牛血清(FBS) | Thermo Scientific | -- | |
| DMEM培养基 | Procell Biotechnology | -- | |
| 细胞转染 | sh-SOX17 | TsingKe Biotechnology | -- |
| pCMV-DNMT3A(人)-Neo | Miaolingbio | -- | |
| Lipofectamine 3000试剂 | Invitrogen | -- | |
| 细胞增殖 | Click-iT EdU-555细胞增殖检测试剂盒 | Servicebio | -- |
| Hoechst 33342 | -- | -- | |
| 细胞迁移 | Transwell小室 | Corning Costar Corporation | -- |
| 0.1%结晶紫溶液 | Beyotime | -- | |
| RT-qPCR | TRIzol试剂 | Beyotime | -- |
| PrimeScript RT试剂盒 | Takara | -- | |
| SYBR Green qRT-PCR试剂盒 | Takara | -- | |
| Western blot | RIPA裂解液 | Beyotime | -- |
| 蛋白酶抑制剂混合物 | Bio-Rad | -- | |
| BCA蛋白定量试剂盒 | Beyotime | -- | |
| PVDF膜 | Millipore | -- | |
| 抗TGF-β抗体 | Proteintech | 21898-1-AP | |
| ECL试剂盒 | Beyotime | -- | |
| ELISA | 人TGF-β1 ELISA试剂盒 | Multi Sciences | EK981 |
| 细胞活力检测 | CCK8试剂盒 | Beyotime | -- |
| ChIP | BeyoChIP酶法染色质免疫沉淀试剂盒 | Beyotime | -- |
| 超声细胞破碎仪 | Scientz Biotechnology | -- | |
| DNA pull-down | Pure Magnetic DNA-Protein Pull down试剂盒 | Writegene | -- |
| DNA甲基化分析 | 基因组DNA提取试剂盒 | Qiagen | -- |
| EpiTect亚硫酸氢盐试剂盒 | Qiagen | -- | |
| PyroMark Q48平台 | Qiagen | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 动物模型建立 | 小鼠品系(BALB/c)和周龄(7周龄);创面制作方式;取材时间点? 阅读提示:见Methods 'Establishment of mice wound healing model' |
| 细胞培养 | HUVEC和HFF-1的培养条件(培养基、血清浓度) 阅读提示:见Methods 'Cell culture' |
| 基因敲低 | shRNA靶序列;转染试剂及时间(48小时) 阅读提示:见Methods 'Cell transfection' |
| 共培养 | HUVEC转染后收集上清的时间(48小时)及处理HFF-1的时间(24小时) 阅读提示:见Methods 'Co-culture of HUVECs and HFF-1 cells' |
| 机制验证 | DNMT3A过表达质粒信息;ChIP-qPCR、DNA pull-down和焦磷酸测序的具体条件 阅读提示:见Methods 'ChIP-qPCR', 'DNA pull-down', 'DNA methylation analysis' |