miRNA筛选与验证
鉴定RA相关差异表达miRNA,并筛选出BMSC-EVs中富集的候选miRNA。
利用GEO数据集GSE185059进行差异miRNA分析,结合EVmiRNA数据库和RT-qPCR验证,确定miR-378a-5p在RA滑膜组织中显著下调并在BMSC-EVs中富集。
Bone Marrow Mesenchymal Stem Cells Release miR-378a-5p-Carried Extracellular Vesicles to Alleviate Rheumatoid Arthritis.
包含细胞模型(HSMECs)、体外功能实验(CCK-8、Transwell、管形成)、机制验证(双荧光素酶、RIP)及体内CIA小鼠模型验证。
人滑膜微血管内皮细胞(HSMECs) 胶原诱导性关节炎(CIA)小鼠模型 骨髓间充质干细胞(BMSCs)
miR-378a-5p是否在BMSC-EVs中高表达且在RA滑膜组织中低表达 miR-378a-5p对IRF1的靶向结合及抑制效应 BMSC-EVs递送miR-378a-5p对HSMECs增殖、迁移和血管生成的影响 IRF1/STAT1轴在介导BMSC-EVs-miR-378a-5p效应中的作用 BMSC-EVs-miR-378a-5p在CIA小鼠中的治疗效果及对血管重塑的影响
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
鉴定RA相关差异表达miRNA,并筛选出BMSC-EVs中富集的候选miRNA。
利用GEO数据集GSE185059进行差异miRNA分析,结合EVmiRNA数据库和RT-qPCR验证,确定miR-378a-5p在RA滑膜组织中显著下调并在BMSC-EVs中富集。
验证BMSC-EVs的纯度、形态及miR-378a-5p的富集情况。
通过超速离心法从BMSC培养基中分离EVs,使用TEM、NTA和Western blot进行鉴定,并检测miR-378a-5p表达。
验证BMSC-EVs能否将miR-378a-5p递送至HSMECs并影响其增殖、迁移和血管生成。
将PKH67标记的EVs和Cy3-miR-378a-5p标记的EVs与HSMECs共培养,检测其摄取;用miR-378a-5p mimic或inhibitor处理BMSCs后提取EVs,与HSMECs共培养,检测HSMECs中miR-378a-5p水平、增殖(CCK-8)、迁移(Transwell)和管形成能力。
验证miR-378a-5p是否直接靶向并抑制IRF1。
通过双荧光素酶报告基因实验验证miR-378a-5p与IRF1 3'UTR的结合;通过RIP实验检测miR-378a-5p和IRF1在RISC复合物中的共存;通过RT-qPCR和Western blot检测过表达或敲低miR-378a-5p对IRF1表达的影响。
验证miR-378a-5p通过抑制IRF1/STAT1轴促进HSMEC功能。
在用EVs-miR-378a-5p mimic处理HSMECs后,检测IRF1表达和STAT1磷酸化水平,并观察Dex(能增加STAT1磷酸化)处理对HSMEC增殖、迁移、管形成及相关蛋白表达的影响。
验证BMSC-EVs-miR-378a-5p在体内对RA的治疗作用及机制。
通过牛II型胶原诱导CIA模型,腹腔注射EVs、EVs-miR-378a-5p mimic、Dex或联合处理,评估关节炎评分、爪厚度、疾病发生率、滑膜组织病理(H&E和TRAP染色)以及血管重塑指标(VEGFA、sFlt1、CD31)。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养 | 杜尔贝科改良伊格尔培养基 | Wuhan Procell Life Science and Technology Co., Ltd. | PM150210 |
| 胎牛血清 | Biowest | -- | |
| 青霉素和链霉素 | Wuhan Procell Life Science and Technology Co., Ltd. | PB180120 | |
| 胰蛋白酶-EDTA | Gibco | -- | |
| 骨髓间充质干细胞 | ATCC | PCS-500-012 | |
| 人滑膜微血管内皮细胞 | Cell Systems | ACBRI 488 | |
| EVs分离与鉴定 | Optima L-100XP超速离心机 | Beckman Coulter | -- |
| H7500透射电子显微镜 | Hitachi | -- | |
| NanoSight NS300纳米颗粒跟踪分析仪 | Malvern Instruments Ltd. | -- | |
| 细胞转染 | 脂质体3000转染试剂 | Invitrogen | L3000001 |
| 脂质体2000转染试剂 | Invitrogen | 11668-019 | |
| 嘌呤霉素 | Sigma-Aldrich | 540222 | |
| EVs摄取实验 | PKH67绿色荧光染料试剂盒 | Sigma-Aldrich | PKH67GL |
| 4',6-二脒基-2-苯基吲哚 | Sigma-Aldrich | D9542 | |
| Cy3标记的miR-378a-5p | Genechem | -- | |
| 激光共聚焦显微镜LSM710 | Zeiss | -- | |
| 细胞迁移实验 | Transwell小室 | Corning Glass Works | -- |
| 管形成实验 | 钙黄绿素 | Thermo Fisher Scientific | -- |
| 细胞增殖检测 | CCK-8试剂盒 | Beyotime | C0038 |
| 双荧光素酶实验 | pRL-TK荧光素酶报告质粒 | Promega | -- |
| RNA免疫沉淀 | Magna RIP试剂盒 | Millipore | -- |
| Ago2抗体 | Abcam | ab32381 | |
| IgG抗体 | Abcam | ab109489 | |
| CIA小鼠模型 | 牛II型胶原 | Sigma-Aldrich | 234184-M |
| 完全弗氏佐剂 | -- | -- | |
| ELISA | VEGF和sFlt1 ELISA试剂盒 | MSK Biotechnology | 69-50049 |
| 酶标仪Synergy 2 | BioTek | -- | |
| 组织染色 | TRAP染色 | Biolab | HR0561 |
| 免疫荧光 | CD31抗体 | Abcam | ab24590 |
| 山羊抗兔IgG(Alexa Fluor 488) | Thermo Fisher Scientific | A21235 | |
| DABCO抗淬灭剂 | Sigma-Aldrich | -- | |
| RT-qPCR | TRIzol试剂 | Invitrogen | 10296010CN |
| Prime Script逆转录试剂盒 | Beyotime | D7168M | |
| miRNA第一链cDNA合成(加尾反应)试剂盒 | Shanghai Sangon Biotech | B532451-0010 | |
| mirVana PARIS试剂盒 | Ambion | AM1556 | |
| SYBR Premix Ex Taq试剂盒 | Invitrogen | 11794200 | |
| ABI StepOne实时荧光定量PCR仪 | Applied Biosystems | -- | |
| miRcute Plus miRNA qPCR检测试剂盒 | TIANGEN | -- | |
| Western blot | RIPA裂解液 | Sigma-Aldrich | C0481 |
| BCA蛋白定量试剂盒 | Thermo Fisher Scientific | 23227 | |
| IRF1抗体 | Abcam | ab186384 | |
| STAT1抗体 | Abcam | ab92506 | |
| p-STAT1抗体 | Abcam | ab109461 | |
| N-cadherin抗体 | Abcam | ab76011 | |
| Bcl-2抗体 | Abcam | ab32124 | |
| Ki67抗体 | Abcam | ab16667 | |
| PCNA抗体 | Abcam | ab92552 | |
| YAP抗体 | Abcam | ab76252 | |
| VEGFA抗体 | Abcam | ab46154 | |
| E-cadherin抗体 | Abcam | ab40772 | |
| Bax抗体 | Abcam | ab32503 | |
| GAPDH抗体 | Abcam | ab8245 | |
| 山羊抗兔IgG HRP标记二抗 | Abcam | ab205718 | |
| Pierce ECL底物 | Pierce | NCI4106 |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 细胞培养 | BMSC和HSMEC的培养基组成(DMEM、FBS浓度、青霉素/链霉素浓度),细胞培养条件(37°C、5% CO2) 阅读提示:Materials and Methods - Cell Culture |
| EVs分离与鉴定 | 超速离心参数(100,000 g,时间),EVs标志物(CD63、ALIX、CD9)及非标志物(GRP94、白蛋白)的检测结果 阅读提示:Materials and Methods - Extraction and Identification of EVs from BMSCs |
| 细胞转染 | miR-378a-5p mimic/inhibitor的浓度和转染试剂(Lipofectamine 3000/2000),处理时间(48小时) 阅读提示:Materials and Methods - In vitro Experimental Protocols |
| 体外功能实验 | CCK-8检测的细胞密度和孵育时间,Transwell迁移实验的细胞浓度和培养时间,管形成实验的细胞密度和观察时间 阅读提示:Materials and Methods - Transwell Assay for Cell Migration, Tube Formation Assay, CCK-8 Assay |
| CIA小鼠模型 | 小鼠品系(DBA/1)和年龄(8-12周),胶原诱导方法,EVs注射剂量(140 μg/mL, 0.5 mL/只/天,腹腔注射6天),Dex剂量(0.225 mg/kg/天,皮下注射6天),处理起始时间(第14天)及评估时间点(第21、27、36、42天) 阅读提示:Materials and Methods - Collagen-Induced Arthritis Mouse Model |