建立LPS诱导的ALI小鼠模型
模拟ALI,验证模型成功建立
对C57BL/6小鼠气管内滴注LPS(5 mg/kg)或等体积无菌盐水,12小时后处死,收集肺组织。
Comprehensive analysis of m6A modification in lipopolysaccharide-induced acute lung injury in mice.
包含动物模型、细胞模型、MeRIP-seq和RNA-seq组学分析,并通过RT-qPCR和Western blot验证功能及机制。
LPS诱导的ALI小鼠模型 THP-1细胞(巨噬细胞样) HPMEC细胞 HUVEC细胞 A549细胞
LPS剂量:5 mg/kg,气管内滴注 细胞LPS浓度:THP-1为1 µg/mL,HUVEC/HPMEC/A549为10 µg/mL 处理时间:12小时 样本量:动物每组9只,测序每组3只
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
模拟ALI,验证模型成功建立
对C57BL/6小鼠气管内滴注LPS(5 mg/kg)或等体积无菌盐水,12小时后处死,收集肺组织。
确认ALI模型成功建立,并评估炎症程度
通过H&E染色评估肺损伤,计算肺湿干比,检测促炎细胞因子(IL-1β、IL-6、TNF-α)的mRNA和蛋白水平。
评估ALI中m6A修饰的整体变化及关键酶的表达
采用m6A斑点印迹检测整体m6A水平,RT-qPCR和Western blot检测m6A酶(METTL3、FTO等)的表达,免疫组化验证。
全面分析m6A甲基化谱和转录组表达变化
对ALI和对照小鼠肺组织RNA进行MeRIP-seq和RNA-seq,鉴定差异m6A峰和差异表达基因。
解析差异基因的功能和通路
对差异甲基化基因和DEGs进行GO和KEGG富集分析,构建PPI网络。
验证测序发现的枢纽基因和通路在组织和细胞中的表达
用RT-qPCR验证11个枢纽基因的mRNA水平,用Western blot验证Flrt3、PKG、CaMKII和p-CaMKII的蛋白表达。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 动物实验 | 脂多糖 | Sigma-Aldrich | L2880 |
| RNA提取 | TRIzol试剂 | Invitrogen | 15596026 |
| m6A dot blot | Hybond-N+膜 | Servicebio | G6018 |
| 抗m6A抗体 | Elabscience | E-AB-40550 | |
| 兔HRP二抗 | Proteintech | SA00001-2 | |
| Western blot | RIPA裂解液 | Servicebio | G2002-100ML |
| BCA蛋白定量试剂盒 | Servicebio | G2026-1000T | |
| 抗METTL3抗体 | Baijia | BPB2248 | |
| 抗FTO抗体 | Wanleibio | WL05010 | |
| 抗CaMK II抗体 | Baijia | IPB1535 | |
| 抗FLRT3抗体 | Baijia | IPB7433 | |
| 抗PKG抗体 | Baijia | IPB7812 | |
| 抗磷酸化CaMKII抗体 | ELK Biotechnology | ES7642 | |
| 抗GAPDH抗体 | Abcam | ab8245 | |
| 二抗 | Abclonal | AS063, | |
| RT-qPCR | SweScript一步法RT-PCR试剂盒 | Servicebio | G3335-100 |
| 细胞培养 | RPMI 1640培养基 | Servicebio | G4532-500ML |
| DMEM高糖培养基 | Servicebio | G4515-500ML | |
| Ham's F-12K培养基 | Servicebio | G4562-500ML | |
| 胎牛血清 | Gibco | -- | |
| 青霉素/链霉素 | Biosharp | -- | |
| 微血管内皮细胞生长培养基 | Procell | CM-H001 | |
| 佛波醇12-肉豆蔻酸酯13-乙酸酯 | MCE | -- | |
| 细胞活力检测 | CCK-8试剂盒 | GLPBIO | GK10001 |
| ELISA | ELISA试剂盒 | Elabscience | -- |
| MeRIP-Seq | 抗m6A抗体 | Synaptic Systems | 202003 |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 动物模型 | LPS剂量(5 mg/kg)、给药途径(气管内滴注)、处理时间(12小时)、小鼠品系(C57BL/6,雄性,8-10周龄)。 阅读提示:Materials and methods, Animal and treatments |
| 细胞处理 | THP-1细胞用PMA(100 ng/ml)预处理12小时,然后用LPS(1 µg/mL)处理12小时;HUVEC、HPMEC和A549细胞用LPS(10 µg/mL)处理12小时。 阅读提示:Materials and methods, Cell culture and treatment |
| m6A整体水平检测 | m6A斑点印迹的具体步骤、RNA上样量、抗体浓度。 阅读提示:Materials and methods, m6A dot blot |
| 组学分析 | 差异m6A峰和DEGs的筛选阈值(p<0.05,|fold change|>2) 阅读提示:Materials and methods, Sequencing data processing and bioinformatics analyses |
| 通路验证 | Western blot检测的蛋白(Flrt3、PKG、CaMKII、p-CaMKII)及抗体信息。 阅读提示:Materials and methods, Western blot |