临床相关性分析
分析ZNF468在乳腺癌中的表达水平及其与预后的关系。
基于TCGA数据库分析ZNF468在泛癌和乳腺癌中的表达,以及其与患者总生存期的关系;收集乳腺癌患者肿瘤和正常组织进行免疫印迹检测;检测乳腺癌细胞系中ZNF468的表达。
Zinc finger protein 468 up-regulation of TFAM contributes to the malignant growth and cisplatin resistance of breast cancer cells.
包含TCGA数据库临床分析、患者组织免疫印迹、细胞系体外功能实验(CCK-8、克隆形成、Transwell、凋亡)、机制验证(RT-qPCR、免疫印迹、双荧光素酶、ChIP-qPCR)以及TFAM回补/敲低挽救实验,证据层级多样。
MCF-7乳腺癌细胞系 MDA-MB-231乳腺癌细胞系 乳腺癌患者肿瘤及正常组织样本
ZNF468过表达或敲低效率需通过Western blot验证 顺铂处理浓度(1、5、10、20 μM)及处理时间(48小时) TFAM敲低或过表达对ZNF468功能挽救实验的条件 细胞迁移实验中的细胞接种数量(MDA-MB-231: 60000,MCF-7: 120000) 克隆形成实验中的细胞接种数量及培养时间
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
分析ZNF468在乳腺癌中的表达水平及其与预后的关系。
基于TCGA数据库分析ZNF468在泛癌和乳腺癌中的表达,以及其与患者总生存期的关系;收集乳腺癌患者肿瘤和正常组织进行免疫印迹检测;检测乳腺癌细胞系中ZNF468的表达。
验证ZNF468对乳腺癌细胞增殖、迁移和凋亡的影响。
在MCF-7细胞中过表达ZNF468,在MDA-MB-231细胞中敲低ZNF468,通过CCK-8、克隆形成、Transwell和凋亡检测评估细胞功能。
检测ZNF468对乳腺癌细胞顺铂敏感性的影响。
对过表达或敲低ZNF468的乳腺癌细胞用不同浓度顺铂处理,通过CCK-8和克隆形成评估细胞增殖抑制。
验证ZNF468是否通过转录激活TFAM基因发挥功能。
通过RT-qPCR和免疫印迹检测TFAM表达,检测mtDNA拷贝数,双荧光素酶报告基因检测TFAM启动子活性,ChIP-qPCR验证ZNF468与TFAM启动子的结合。
验证ZNF468促进乳腺癌细胞增殖、迁移和顺铂耐药是否依赖于TFAM。
在ZNF468过表达的MCF-7细胞中敲低TFAM,在ZNF468敲低的MDA-MB-231细胞中过表达TFAM,检测细胞活力、迁移和顺铂敏感性。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养 | DMEM:F12培养基 | Procell | PM150312 |
| MEM培养基 | Procell | PM150410 | |
| Leibovitz's L-15培养基 | Procell | PM151010 | |
| 胎牛血清 | ExCell Bio | FND500 | |
| 青霉素-链霉素溶液 | Procell | PB180120 | |
| 细胞转染 | Lipofectamine RNAiMAX | Invitrogen | 13778030 |
| VigoFect转染试剂 | Vigorous Bio | T001 | |
| 蛋白提取 | RIPA裂解液 | Beyotime Biotechnology | P0013C |
| Western blot | ZNF468抗体 | Invitrogen | -- |
| TFAM抗体 | Cell Signaling Technology | #8076 | |
| GAPDH抗体 | Cell Signaling Technology | #2118 | |
| 二抗 | Proteintech | SA00001-2 | |
| RNA提取 | Trizol试剂 | Invitrogen | 15596026 |
| 逆转录 | M-MLV逆转录酶 | Promega | M1705 |
| mtDNA提取 | QIAquick核苷酸去除试剂盒 | QIAGEN | 28304 |
| mtDNA拷贝数检测 | 人线粒体DNA拷贝数检测试剂盒 | Detroit R&D | MCN1 |
| 细胞活力检测 | CCK-8试剂盒 | Beyotime Biotechnology | C0039 |
| 凋亡检测 | Annexin V-APC | Procell | P-CA-207 |
| 碘化丙啶 | -- | -- | |
| 双荧光素酶实验 | 双荧光素酶检测试剂盒 | Promega | E1960 |
| ChIP实验 | SimpleChIP酶法染色质免疫沉淀试剂盒 | Cell Signaling | 9005 |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 临床样本分析 | TCGA数据库中BC癌症组织(n=1085)和正常组织(n=291);患者分组:ZNF468高表达(n=212)和低表达(n=213);患者组织样本:12对癌与正常组织,来自GuiHang Guiyang Hospital。 阅读提示:Methods: TCGA分析及BC标本;Fig. 1 图注 |
| 细胞培养 | 细胞系来源:MCF-10A、MCF-7、MDA-MB-231和MDA-MB-468(ATCC或Procell);培养基成分:MCF-10A用DMEM:F12=1:1,MCF-7用MEM,MDA-MB-231和MDA-MB-468用Leibovitz's L-15,均添加10% FBS和1%青霉素/链霉素;培养条件:37°C、5% CO2。 阅读提示:Methods: 细胞培养 |
| 过表达和敲低 | siRNA浓度20 μM,使用4 μL RNAiMAX;过表达质粒5 μg,使用2 μL VigoFect;转染后48小时进行后续实验;siRNA序列:siCtrl、siZNF468#1、siZNF468#2、siTFAM。 阅读提示:Methods: 过表达和敲低实验 |
| 顺铂处理 | 顺铂浓度:1、5、10、20 μM;处理时间:48小时(CCK-8);克隆形成实验中选用10 μM顺铂,MCF-7处理10天,MDA-MB-231处理7天。 阅读提示:Methods: CCK-8、克隆形成实验;Fig. 3 图注 |
| 迁移与凋亡检测 | Transwell迁移:MDA-MB-231 60000细胞/孔,MCF-7 120000细胞/孔,加入200 μL无血清培养基,下室为500 μL完全培养基,培养1天;凋亡检测:EDTA-free胰酶消化,3 μL PI和5 μL Annexin V-APC染色,流式检测。 阅读提示:Methods: Transwell分析、凋亡检测 |