验证OTUB1与YTHDF2的相互作用
确认OTUB1和YTHDF2是否在细胞内相互结合。
在HEK-293T细胞中共转染Myc-OTUB1和FLAG-YTHDF2,进行共免疫沉淀和Western blot分析;在PC-3细胞中检测内源性相互作用。
YTHDF2 protein stabilization by the deubiquitinase OTUB1 promotes prostate cancer cell proliferation via PRSS8 mRNA degradation.
包含细胞系实验、体外泛素化实验、动物移植瘤模型、患者样本免疫组化以及TCGA数据分析等多个独立证据层级,并有功能验证和机制验证。
前列腺癌细胞系PC-3、DU145、22RV1 HEK-293T细胞 PC-3异种移植瘤模型 RM-1同系移植瘤模型
OTUB1敲低和过表达对YTHDF2蛋白水平的影响 OTUB1 C91S和D88A突变体对YTHDF2泛素化的不同影响 YTHDF2 WT和W432A/W486A突变体对PRSS8 mRNA结合和降解的影响 PRSS8过表达对E-钙黏蛋白和核β-连环蛋白水平的影响 PRSS8过表达对PC-3和RM-1异种移植瘤生长的影响
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
确认OTUB1和YTHDF2是否在细胞内相互结合。
在HEK-293T细胞中共转染Myc-OTUB1和FLAG-YTHDF2,进行共免疫沉淀和Western blot分析;在PC-3细胞中检测内源性相互作用。
确定OTUB1是否调控YTHDF2蛋白的稳定性。
在PC-3细胞中敲低或过表达OTUB1,使用环己酰亚胺处理检测YTHDF2蛋白降解速率。
验证OTUB1是否以及如何影响YTHDF2的泛素化。
通过体内泛素化实验、体外去泛素化实验和体外泛素化实验检测OTUB1及其突变体对YTHDF2泛素化的影响。
确定YTHDF2是否介导OTUB1对前列腺癌细胞增殖的促进作用。
在OTUB1敲低细胞中过表达YTHDF2,通过细胞计数、CCK-8和克隆形成实验检测细胞增殖。
寻找并验证PRSS8作为OTUB1-YTHDF2轴的直接下游靶基因。
分析已发表的转录组和m6A-seq数据,筛选候选基因,通过RT-qPCR和Western blot验证PRSS8表达变化。
确认YTHDF2是否通过m6A识别结合并降解PRSS8 mRNA。
通过RNA免疫沉淀、m6A RIP和RNA稳定性实验检测YTHDF2与PRSS8 mRNA的相互作用及m6A依赖性。
验证PRSS8是否具有肿瘤抑制功能,并探究其机制。
通过细胞增殖实验、异种移植瘤模型、Western blot和免疫荧光检测PRSS8对细胞增殖及E-钙黏蛋白/β-连环蛋白通路的影响。
确认PRSS8是OTUB1-YTHDF2轴的关键下游效应因子。
在YTHDF2或OTUB1敲低细胞中同时敲低PRSS8,通过细胞计数、CCK-8和克隆形成实验检测细胞增殖恢复情况。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养 | Ham's F-12K培养基 | Procell Life Science & Technology Co, Ltd | PM150910 |
| 极限必需培养基 | Procell Life Science & Technology Co, Ltd | PM150410 | |
| RPMI-1640培养基 | Procell Life Science & Technology Co, Ltd | PM150110 | |
| 杜氏改良Eagle培养基 | Gibco | 12800082 | |
| 胎牛血清 | PAN Biotech | ST30-3302 | |
| Western blot | PVDF膜 | Millipore | IPVH00010 |
| OTUB1抗体 | Cell Signaling Technology | 3783 | |
| YTHDF2抗体 | Cell Signaling Technology | 80014 | |
| YTHDF2抗体 | Proteintech | 24744-1-AP | |
| PRSS8抗体 | Abcam | 185236 | |
| GAPDH抗体 | Abclonal | AC033 | |
| β-肌动蛋白抗体 | Abclonal | AC026 | |
| E-钙黏蛋白抗体 | BD Transduction Laboratories | 610182 | |
| β-连环蛋白抗体 | Cell Signaling Technology | 9562 | |
| 组蛋白H3抗体 | Abcam | ab1791 | |
| 泛素抗体 | Santa Cruz | sc-8017 | |
| YTHDF1抗体 | Cell Signaling Technology | 86463 | |
| YTHDF3抗体 | Santa Cruz | sc-377119 | |
| METTL14抗体 | Cell Signaling Technology | 51104 | |
| ALKBH5抗体 | Abcam | 195377 | |
| FTO抗体 | Cell Signaling Technology | 31687 | |
| HA标签抗体 | Cell Signaling Technology | 3724 | |
| FLAG标签抗体 | Sigma | A8592 | |
| Myc标签抗体 | Santa Cruz | sc-40 | |
| Myc标签抗体 | Proteintech | 16286-1-AP | |
| HRP标记的山羊抗兔IgG | Jackson ImmunoResearch | 111-035-144 | |
| HRP标记的山羊抗小鼠IgG | Jackson ImmunoResearch | 115-035-062 | |
| HRP标记的单克隆小鼠抗兔IgG | Jackson ImmunoResearch | 211-032-171 | |
| HRP标记的山羊抗小鼠IgG | Jackson ImmunoResearch | 115-035-174 | |
| 共免疫沉淀 | 蛋白A/G琼脂糖珠 | TransGen Biotech | DP501-01 |
| 抗FLAG抗体偶联琼脂糖珠 | Sigma | A2220 | |
| RNA提取 | TRIzol试剂 | Invitrogen | 15596026 |
| NanoDrop One微量分光光度计 | Thermo Fisher Scientific | 701-058112 | |
| 逆转录 | DNase I | Thermo Fisher Scientific | EN0521 |
| ReverTra Ace qPCR RT试剂盒 | Toyobo | FSQ-101 | |
| 实时荧光定量PCR | SYBR green实时荧光定量PCR预混液 | Toyobo | QPK-201 |
| CFX连接实时荧光定量PCR仪 | Bio-Rad | -- | |
| 药物处理 | MG132 | MedChemExpress | HY-13259 |
| RIP | RNA酶抑制剂 | Promega | N2515 |
| 蛋白A/G磁珠 | MedChemExpress | HY-K0202 | |
| m6A RIP | m6A抗体 | Cell Signaling Technology | 56593 |
| 细胞增殖实验 | CCK-8试剂盒 | MedChemExpress | HY-K0301 |
| Multiskan GO紫外/可见分光光度计 | Thermo Fisher Scientific | 51119300 | |
| 动物实验 | 基质胶 | Corning | 354248 |
| 免疫组化 | 柠檬酸盐缓冲液 | Solarbio Life Science | C1032 |
| 牛血清白蛋白 | Solarbio Life Science | A8020 | |
| PRSS8抗体 | Abcam | 227225 | |
| HRP标记的二抗 | ZSGB-Bio | PV-9001 | |
| DAB显色液 | ZSGB-Bio | ZLI-9017 | |
| 中性树胶 | Solarbio Life Science | G8590 | |
| NanoZoomer S360全切片扫描仪 | Hamamatsu Photonics | -- | |
| 免疫荧光 | OCT包埋剂 | Sakura Finetek Inc | Sakura |
| LEICA CM1860冰冻切片机 | LEICA | -- | |
| β-连环蛋白抗体 | Abclonal | A19657 | |
| Alexa Fluor 488标记的驴抗兔IgG | Jackson ImmunoResearch | 711-545-152 | |
| DAPI | 文中未明确说明 | -- | |
| 抗荧光淬灭封片剂 | Abcam | AB104135 |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 细胞系和培养条件 | PC-3、DU145、22RV1细胞系和HEK-293T细胞的来源;培养基种类和血清浓度;培养条件(37°C,5% CO2)。 阅读提示:Experimental procedures - Cell culture |
| 基因敲低和过表达 | shRNA序列、目标基因;质粒载体;转染或感染方法;敲低效率验证。 阅读提示:Experimental procedures - KD and rescue expression |
| Western blot | 细胞裂解液制备;抗体稀释比例;一抗和二抗来源;曝光条件。 阅读提示:Experimental procedures - Western Blot |
| 泛素化实验 | 细胞处理(MG132浓度和时间);质粒共转染组合;免疫沉淀抗体;体外泛素化反应组分和浓度。 阅读提示:Experimental procedures - In vivo ubiquitination assay, In vitro ubiquitination assay |
| RNA免疫沉淀 | 抗体使用(YTHDF2和m6A);RNase抑制剂浓度;磁珠类型;洗涤缓冲液;RNA提取和分析方法。 阅读提示:Experimental procedures - YTHDF2 RIP, m6A RIP |
| mRNA稳定性实验 | 转录抑制剂(放线菌素D)浓度和处理时间;RT-qPCR检测的参考基因。 阅读提示:Experimental procedures - RNA stability assay |
| 细胞增殖实验 | 细胞接种数量;培养时间;CCK-8添加量;孵育时间;吸光度测量波长。 阅读提示:Experimental procedures - Cell proliferation assay: CCK8 and cell counting |
| 克隆形成实验 | 细胞接种数量;培养天数;固定和染色方法;扫描和分析软件参数。 阅读提示:Experimental procedures - Clonogenesis |
| 小鼠移植瘤模型 | 细胞接种数量;基质胶混合比例;小鼠品系、性别、周龄;肿瘤体积测量公式;伦理批准号。 阅读提示:Experimental procedures - Mouse xenograft |
| 免疫组化 | 样本来源;抗体(PRSS8)稀释与孵育条件;抗原修复缓冲液;显色底物;评分标准。 阅读提示:Experimental procedures - Immunohistochemical staining |