肿瘤Treg细胞特征分析
鉴定ESCC中肿瘤浸润性Treg细胞的特异性基因表达特征。
利用公开的ESCC单细胞RNA测序数据(GSE160269)对T/NK细胞进行无监督聚类,鉴定Treg细胞,比较肿瘤与癌旁组织Treg细胞的差异表达基因。
Lymphatic endothelial cell-mediated accumulation of CD177+Treg cells suppresses antitumor immunity in human esophageal squamous cell carcinoma.
包含患者样本、单细胞RNA测序、流式细胞术、ELISA、免疫组化、体外粘附实验及泛癌分析等多个独立证据层级,并进行功能验证。
ESCC患者肿瘤组织及相邻组织 人原代淋巴管内皮细胞 人ESCC细胞系KYSE-150 泛癌单细胞RNA测序数据队列
ESCC患者肿瘤组织中CD177+ Treg细胞的百分比(约30%) CD177和PD-1在肿瘤Treg细胞中的互斥表达 CD177+ Treg细胞分泌IL-35,PD-1+ Treg细胞分泌IL-10 体外粘附实验中LECs与Treg细胞共培养的时间(5小时) 抗PD-1免疫治疗联合化疗后CD177+ Treg细胞频率降低
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
鉴定ESCC中肿瘤浸润性Treg细胞的特异性基因表达特征。
利用公开的ESCC单细胞RNA测序数据(GSE160269)对T/NK细胞进行无监督聚类,鉴定Treg细胞,比较肿瘤与癌旁组织Treg细胞的差异表达基因。
验证CD177+ Treg细胞是否为ESCC肿瘤中独特的Treg亚群。
通过流式细胞术检测不同组织和PBMC中CD177+ Treg细胞的比例,并分析单细胞数据中CD177的表达模式。
探究CD177+ Treg细胞与PD-1+ Treg细胞的功能差异。
分选三种Treg亚群(CD177+、PD-1+、DN),体外刺激后检测IL-10和IL-35分泌水平。
分析CD177+和PD-1+ Treg细胞的发育关系。
利用泛癌单细胞数据(GSE156728)进行半监督聚类、TCR克隆型分析和伪时间轨迹分析。
评估CD177+ Treg细胞浸润与ESCC患者生存的关系。
通过Cibersort算法对微阵列和蛋白质组数据进行反卷积,计算CD177+ Treg细胞评分,并将患者分为高、低分组进行生存分析。
研究新辅助抗PD-1免疫治疗联合化疗对CD177+和PD-1+ Treg细胞频率的影响。
比较未治疗和接受新辅助免疫治疗的ESCC患者肿瘤组织中Treg亚群比例。
验证淋巴管内皮细胞是否介导CD177+ Treg细胞在肿瘤中的积累。
进行体外粘附实验,将肿瘤浸润Treg细胞与人原代LECs共培养,翻转培养板后检测CD177+ Treg细胞比例的变化。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| PBMC分离 | Lymphoprep | STEMCELL Technologies | -- |
| 细胞培养 | RPMI 1640培养基 | Cytiva HyClone | -- |
| 组织消化 | IV型胶原酶 | Merck KGaA | -- |
| 细胞培养 | 胎牛血清 | ExCell Bio | -- |
| 流式细胞术 | 抗CD45-APC-Cy7抗体 | BioLegend | -- |
| 抗CD3-BV510抗体 | BioLegend | -- | |
| 抗CD56-BV785抗体 | BioLegend | -- | |
| 抗CD8a-Alexa Fluor 700抗体 | BioLegend | -- | |
| 抗CD4-BUV563抗体 | BD | -- | |
| 抗CD127-BUV737抗体 | BD | -- | |
| 抗CD25-PE-Cy5抗体 | BioLegend | -- | |
| 抗PD-1-BV421抗体 | BioLegend | -- | |
| 抗IgG4-PE抗体 | SouthernBiotech | -- | |
| 抗CD177-FITC抗体 | BioLegend | -- | |
| ELISA | 抗人CD3抗体 | BioLegend | -- |
| 抗人CD28抗体 | BioLegend | -- | |
| 人白细胞介素-2 | PEPROTECH | -- | |
| IL-10 ELISA试剂盒 | CUSABIO | CSB-E04593h | |
| IL-35 ELISA试剂盒 | CUSABIO | CSB-E13126h | |
| 细胞培养 | KYSE-150细胞系 | Procell | -- |
| 人原代淋巴管内皮细胞 | Procell | -- | |
| T25培养瓶 | NEST | 707001 | |
| 多聚赖氨酸 | Procell | PB180522 | |
| RPMI/F12培养基 | Sigma-Aldrich | 32160801 | |
| 内皮细胞培养基 | Procell | CM-H026 | |
| LEC粘附实验 | 96孔平底板 | Corning | 3598 |
| 免疫组化 | PDOne 6色试剂盒 | Panovue | -- |
| 抗FOXP3抗体 | CST | 98377S | |
| 抗PD-1抗体 | CST | 43248 | |
| 抗CD177抗体 | Abcam | EPR22813-205 | |
| 抗CD31抗体 | Abcam | Ab28364 | |
| 抗LYVE1抗体 | Abcam | Ab14917 | |
| DAPI | Beyotime | -- | |
| Vectra Polaris自动化定量病理成像系统 | Akoya Biosciences | -- | |
| 数据分析 | FlowJo软件 | BD Biosciences | -- |
| HALO图像分析平台 | Indica Labs | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 临床样本处理 | ESCC患者样本来源、临床分期、是否接受新辅助免疫治疗 阅读提示:Methods中'Human tumor specimens and single-cell suspension preparation' |
| 流式细胞术 | 抗体克隆号、浓度、染色时间、温度、细胞活性染料 阅读提示:Methods中'Flow cytometry' |
| ELISA检测 | 细胞分选数量、刺激条件和时间、检测试剂盒 阅读提示:Methods中'Elisa' |
| 细胞培养 | 细胞系来源、培养基、培养条件 阅读提示:Methods中'Cell lines and cell culture' |
| 体外粘附实验 | LECs数量、处理条件、共培养时间、翻转步骤 阅读提示:Methods中'LEC adhesion assay' |
| 免疫组化 | 抗体浓度、抗原修复、成像系统 阅读提示:Methods中'Immunohistochemistry' |
| 数据分析 | 单细胞数据来源、聚类参数、Cibersort参考矩阵 阅读提示:Methods中'Single-cell RNA sequence data preprocessing and analysis'和'Deconvolution of microarray and MS data' |