TMEM120B在多种癌症中的表达分析
探讨TMEM120B在多种恶性肿瘤中的表达水平及其与临床病理特征和预后的关系。
利用TCGA数据库和GEPIA数据库分析TMEM120B mRNA表达;通过免疫组织化学染色检测多种癌症组织及癌旁正常组织中TMEM120B蛋白表达;分析TMEM120B表达与临床病理因素和总生存期的关系。
TMEM120B strengthens breast cancer cell stemness and accelerates chemotherapy resistance via β1-integrin/FAK-TAZ-mTOR signaling axis by binding to MYH9.
研究涵盖临床样本分析、多种体外细胞功能实验(增殖、侵袭、干性)、体内异种移植模型、机制验证(蛋白互作、泛素化)及化疗耐药实验。
乳腺癌细胞系SK-BR-3 乳腺癌细胞系MDA-MB-231 乳腺癌细胞系MCF-7 裸鼠异种移植模型
TMEM120B过表达或敲除的乳腺癌细胞系(SK-BR-3、MDA-MB-231、MCF-7) TMEM120B与MYH9的卷曲螺旋结构域结合 泛素化降解被CUL9介导并受TMEM120B竞争性抑制 化疗药物(多西他赛、阿霉素)的IC50变化 体内异种移植实验中的肿瘤体积和转移
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
探讨TMEM120B在多种恶性肿瘤中的表达水平及其与临床病理特征和预后的关系。
利用TCGA数据库和GEPIA数据库分析TMEM120B mRNA表达;通过免疫组织化学染色检测多种癌症组织及癌旁正常组织中TMEM120B蛋白表达;分析TMEM120B表达与临床病理因素和总生存期的关系。
明确TMEM120B对乳腺癌细胞体外和体内增殖、侵袭及干性表型的影响。
在MCF-7和SK-BR-3细胞中过表达TMEM120B,在MDA-MB-231和MDA-MB-453细胞中敲除TMEM120B;通过MTT、集落形成、EdU、Transwell、伤口愈合、3D侵袭实验检测增殖和侵袭;通过微球形成、流式细胞术检测干性;体内实验包括异种移植瘤生长和肺转移。
探究TMEM120B促进乳腺癌细胞干性所依赖的下游信号通路。
利用RNA-seq和磷酸化抗体阵列筛选,通过蛋白质印迹和qPCR检测TAZ、mTOR及其下游靶基因;使用mTOR抑制剂雷帕霉素和TAZ siRNA干预;检测TAZ的亚细胞定位和稳定性。
鉴定TMEM120B的相互作用蛋白,并确定其结合所需的蛋白结构域。
通过质谱分析、免疫共沉淀(co-IP)、GST pull-down实验验证TMEM120B与MYH9的相互作用;构建TMEM120B和MYH9的截短突变体,通过co-IP和GST pull-down确定结合依赖卷曲螺旋结构域。
阐明TMEM120B如何稳定MYH9蛋白,使其免受泛素化降解。
检测TMEM120B过表达或敲除对MYH9蛋白和mRNA水平的影响;使用CHX追踪MYH9降解;检测MYH9泛素化水平;通过质谱鉴定E3泛素连接酶CUL9;通过co-IP验证TMEM120B、MYH9和CUL9形成三元复合物,并验证TMEM120B竞争性抑制CUL9介导的MYH9泛素化。
验证TMEM120B-MYH9相互作用是否激活β1整合素/FAK信号并促进TAZ核转位。
检测TMEM120B过表达对FAK磷酸化、β1整合素活化的影响;使用FAK抑制剂PF562271;通过NZ实验检测黏着斑组装;在3D胶原凝胶中检测侵袭能力。
评估TMEM120B是否影响乳腺癌细胞对多西他赛和阿霉素的敏感性。
基于TCGA数据库分析TMEM120B表达与化疗耐药的关系;检测TMEM120B过表达后DNA损伤修复标志物RAD51和γ-H2AX的表达变化;检测IC50值;体内异种移植瘤模型验证化疗耐药。
验证TMEM120B在乳腺癌患者中的表达与化疗反应的关系。
对乳腺癌患者样本进行免疫组织化学染色,分析TMEM120B与p-mTOR、TAZ、SOX2表达的相关性;根据Miller/Payne分级比较TMEM120B表达水平;分析未接受新辅助化疗患者的总缓解率(ORR)。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养 | RPMI 1640培养基 | Invitrogen | -- |
| 胎牛血清 | Invitrogen | -- | |
| 青霉素-链霉素 | Sigma-Aldrich | -- | |
| 转染 | Lipofectamine 3000 | Invitrogen | -- |
| 药物处理 | 雷帕霉素 | MedChemExpress | AY-22989 |
| PF562271 | MedChemExpress | VS-6062 | |
| MG132 | MedChemExpress | HY-13259 | |
| 阿霉素 | MedChemExpress | HY-15142A | |
| 多西他赛 | MedChemExpress | HY-12053A | |
| EdU实验 | EdU溶液 | Cellorlab | -- |
| 3D侵袭实验 | 鼠尾胶原I型 | Corning | 354236 |
| DMEM-F12培养基 | Gibco | 10565-018 | |
| 胰岛素-转铁蛋白-硒 | Gibco | 51500-056 | |
| 成纤维细胞生长因子2 | Sigma | F0291 | |
| 微球形成实验 | B27添加剂 | Invitrogen | -- |
| 表皮生长因子 | BD Bioscience | -- | |
| 胰岛素 | Sigma | -- | |
| 流式分析 | ALDEFLUOR试剂盒 | STEMCELL Technologies | -- |
| RNA提取 | TRIzol试剂 | Takara | -- |
| RNA-seq | PCR-cDNA测序试剂盒 | Nanopore Technologies | SQK-PCS109 |
| GST pull-down | 谷胱甘肽琼脂糖 | GE Healthcare | -- |
| 动物实验 | Matrigel基质胶 | BD Biosciences | -- |
| 蛋白检测 | 人磷酸化激酶阵列试剂盒 | R&D Systems | ARY003C |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 细胞培养 | 细胞系(MCF-10A, MCF-7, MDA-MB-231, MDA-MB-453, BT-474, SK-BR-3, ZR75-1, MDA-MB-468)的来源和培养条件(RPMI 1640, 10% FBS) 阅读提示:Methods - Cell culture |
| 功能实验 | MTT、集落形成、EdU、Transwell、伤口愈合实验的具体操作步骤和重复次数 阅读提示:Additional file 1 (详细描述) 或 Methods 中引用的文献[42,43] |
| 干性实验 | 微球形成实验的细胞密度(1×10^3)、培养时间(10-14天)、微球直径计数标准(>75 μm) 阅读提示:Methods - Sphere formation assay |
| 蛋白互作实验 | 共免疫沉淀(co-IP)和GST pull-down实验的抗体、裂解液和条件 阅读提示:Methods - Western blotting and immunoprecipitation, GST pull-down assay, 以及Additional file 1 |
| 体内实验 | 裸鼠品系、年龄(8周)、性别(雌性)、细胞注射数量(3×10^4, 1×10^4, 3×10^3, 1×10^3)、注射方式(皮下、尾静脉) 阅读提示:Methods - Transplantation of tumor cells into nude mice and limiting dilution analysis |
| 化疗耐药实验 | 多西他赛和阿霉素处理浓度、IC50测定方法、体内给药方案 阅读提示:Methods 和 Results 部分,Figure 8 图例 |