建立铁死亡模型并检测NEK2表达
验证铁死亡诱导剂RSL3和Erastin是否影响NEK2表达。
用10 μM Erastin或32 μM RSL3处理AGS细胞12小时,通过Western blot检测NEK2蛋白水平。
NEK2 affects the ferroptosis sensitivity of gastric cancer cells by regulating the expression of HMOX1 through Keap1/Nrf2.
研究包含细胞模型(AGS细胞系)、铁死亡诱导、功能验证(细胞活力、死亡、铁离子、氧化应激)和机制验证(RNA-seq、Western blot、siRNA回复实验)。
AGS细胞系(人胃癌细胞) 体外铁死亡模型(RSL3或Erastin诱导)
铁死亡诱导剂RSL3浓度32 μM、Erastin浓度10 μM,处理12小时 siRNA敲低NEK2、HMOX1、Nrf2及其效率验证 MG132(10 μM)、CQ(25 μM)、Baf-A1(100 nM)处理时间6小时 CCK-8检测细胞活力,Calcein-AM/PI染色检测活死细胞 RNA-seq筛选差异表达基因(|log2FC|≥1且q<0.05)
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
验证铁死亡诱导剂RSL3和Erastin是否影响NEK2表达。
用10 μM Erastin或32 μM RSL3处理AGS细胞12小时,通过Western blot检测NEK2蛋白水平。
评估抑制NEK2对胃癌细胞铁死亡敏感性的影响。
使用siRNA敲低NEK2,然后单独或联合RSL3/Erastin处理,检测细胞活力、Fe2+、ROS、脂质过氧化、MDA、GSH/GSSG和活死细胞比例。
发现NEK2调控的潜在铁死亡相关基因。
对敲低NEK2的AGS细胞进行RNA-seq,筛选差异表达基因与FerrDb数据库交叉,鉴定HMOX1和CHAC1作为候选,并通过qRT-PCR和Western blot验证。
确定HMOX1是否是NEK2调控铁死亡敏感性的关键分子。
在敲低NEK2的基础上再敲低HMOX1,检测铁死亡相关指标。
阐明NEK2如何影响HMOX1表达。
检测NEK2敲低对HMOX1蛋白降解、Nrf2水平和定位、Keap1水平的影响;使用MG132、CQ、Baf-A1处理分析Keap1降解途径;在敲低NEK2基础上敲低Nrf2,检测HMOX1水平、细胞活力和死亡。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养 | F12K培养基 | iCell | 0007 |
| 胎牛血清 | Procell | 164210-500 | |
| 细胞转染 | Lipofectamine 2000转染试剂 | Invitrogen | 11668-019 |
| Opti-MEM培养基 | GIBCO | 31985 | |
| 蛋白提取 | RIPA裂解液 | Beyotime | P0013B |
| 核蛋白提取 | 核蛋白和胞浆蛋白提取试剂盒 | Beyotime | P0027 |
| Western blot | 蛋白定量染料试剂 | Bio-Rad | 5000006 |
| PVDF膜 | Bio-Rad | 162-0177 | |
| NEK2抗体 | abcam | ab279717 | |
| Nrf2抗体 | affnity | BF8017 | |
| Keap1抗体 | abcam | ab227828 | |
| HMOX1抗体 | abcam | ab68477 | |
| GAPDH抗体 | abcam | ab9485 | |
| Lamin B抗体 | abcam | ab16048 | |
| HRP标记的二抗 | Dianova | -- | |
| ECL显影液 | Bio-Rad | 170-5060 | |
| GelDoc成像系统 | Bio-Rad | -- | |
| qRT-PCR | Trizol试剂 | Invitrogen life technologies | -- |
| 细胞活力检测 | CCK-8检测试剂盒 | Seven Seas Biology | 20150520 |
| Fe2+水平检测 | FeRhoNox-1荧光探针 | Goryo | GC901 |
| ROS检测 | CM-H2DCFDA荧光探针 | Solarbio | D6470 |
| 脂质氧化检测 | BODIPY 581/591 C11脂质氧化探针 | Invitrogen | D3861 |
| MDA检测 | MDA检测试剂盒 | Beyotime | S0131S |
| 活死细胞检测 | Calcein-AM/PI双染试剂盒 | Yi Sheng Bio | 40747ES7 |
| 免疫荧光 | Nrf2抗体 | proteintech | 16396-1-AP |
| Cy3标记的二抗 | Wuhan Bode Bioengineering | BA1032 | |
| DAPI染料 | Beyotime | C1002 | |
| 蛋白降解实验 | MG132蛋白酶体抑制剂 | -- | -- |
| 氯喹 | -- | -- | |
| 巴弗洛霉素A1 | -- | -- | |
| 细胞培养 | AGS细胞系 | Sebikon | h016 |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 细胞培养与转染 | AGS细胞培养基(F12K+5%FBS)、siRNA转染方法(Lipofectamine 2000)、转染时间 阅读提示:Materials and methods: Cell lines, Cell transfection |
| 铁死亡诱导 | RSL3浓度32 μM、Erastin浓度10 μM、处理时间12小时 阅读提示:Figure 1 legend |
| 铁死亡指标检测 | CCK-8细胞活力、Fe2+探针浓度5 μM、ROS探针孵育时间20分钟、脂质氧化探针孵育时间20分钟、MDA检测方法、GSH/GSSG检测方法、Calcein-AM/PI染色 阅读提示:Materials and methods: Cell viability, Fe2+ level detection, ROS, Lipid oxidation levels, MDA detection, GSH and GSSG levels, Detection of living/dead cells |
| 分子表达检测 | Western blot抗体(NEK2、Nrf2、Keap1、HMOX1)、qRT-PCR引物序列 阅读提示:Materials and methods: Western blot, qRT-PCR |
| 机制验证 | CHX处理时间、MG132浓度10 μM、CQ浓度25 μM、Baf-A1浓度100 nM、处理时间6小时、siRNA敲低Nrf2 阅读提示:Figure 4 legend, Materials and methods: Cell transfection |
| RNA-seq分析 | 差异基因筛选标准(|log2FC|≥1且q<0.05)、FerrDb数据库交叉 阅读提示:Materials and methods: RNA-seq, Results: Inhibition of NEK2 promoted the expression of HMOX1 |