可控自催化裂解介导的荧光恢复用于人类癌细胞中烷基腺嘌呤DNA糖基化酶的均相传感

Controllable Autocatalytic Cleavage-Mediated Fluorescence Recovery for Homogeneous Sensing of Alkyladenine DNA Glycosylase from Human Cancer Cells.

作者信息Li-Juan Wang, Ming-Li Luo, Xiao-Yun Yang, Xiao-Fang Li, Yanxia Wu, Chun-Yang Zhang
PMID31285772
发布时间2019-06
DOI10.7150/thno.35393

实验完整度

包含体外荧光检测、凝胶电泳验证、动力学参数测定、抑制剂筛选以及细胞裂解物和加标血清等实际样本分析等多个独立证据层级,并进行了功能验证和机制验证。

主要模型

HeLa细胞(人宫颈癌细胞系) A549细胞(人肺腺癌细胞系) 正常人类血清(加标回收实验)

重点核对

HP1浓度:2 μL HP1 (1 μM) 用于切除反应 AP核酸内切酶1浓度:0.3 U/μL APE1 T7外切酶量:15 U 信号探针浓度:700 nM 孵育时间:37°C 60 min(切除反应),25°C 50 min(扩增反应)

摘要

DNA烷基化和氧化是两种最常见的细胞毒性损伤形式,具有致突变和致癌的特性。人烷基腺嘌呤DNA糖基化酶(hAAG)是已知唯一能修复多种烷基化和氧化DNA损伤的糖基化酶。然而,很少有方法能够实时监测hAAG活性。方法:在此,我们开发了一种简便的荧光策略,基于可控自催化裂解介导的荧光恢复,用于均相、灵敏地检测hAAG活性。hAAG的存在使发夹探针1(HP1)在受损的2′-脱氧肌苷位点被AP核酸内切酶1(APE1)切割,形成DNA双链体。所得DNA双链体中内置的触发物1可与发夹探针2(HP2)杂交,诱导T7外切酶(T7 exo)催化的HP2循环切割(循环I)释放触发物2。触发物2可进一步与信号探针(在其5′和3′端分别修饰荧光团(FAM)和淬灭剂(BHQ1))杂交,诱导随后的信号探针循环切割(循环II)释放FAM分子。通过两次循环的自催化裂解过程,大量荧光团分子(即FAM)从FAM-BHQ1荧光共振能量转移(FRET)对中释放出来,导致放大荧光恢复。结果:利用体内DNA修复机制的高准确性、T7外切酶催化单核苷酸水解的高特异性以及自催化循环扩增的高效率,该策略表现出高灵敏度,检测限为4.9×10⁻⁶ U/μL,动态范围大,达4个数量级(1×10⁻⁵至0.1 U/μL),并能进一步准确评估酶动力学参数、筛选潜在抑制剂,甚至可从1个癌细胞中定量hAAG活性。结论:所提出的策略可为监测DNA损伤相关修复酶提供一个简便且通用的平台,在DNA修复相关的生化研究、临床诊断、药物发现和癌症治疗方面具有巨大潜力。

实验结论

提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。

研究问题
该研究旨在开发一种简便、均相且灵敏的方法,用于实时监测人烷基腺嘌呤DNA糖基化酶(hAAG)的活性。
核心机制
提出的机制是,基于hAAG和APE1对含2′-脱氧肌苷的HP1的特异性切割,启动T7外切酶辅助的自催化循环扩增,通过两轮循环切割释放大量FAM分子,导致荧光恢复。
主要证据
通过非变性聚丙烯酰胺凝胶电泳证实了hAAG和APE1特异性切割HP1产生触发物1,进而触发T7外切酶循环切割HP2;荧光检测显示检测限为4.9×10⁻⁶ U/μL,动态范围4个数量级,并能从单个HeLa和A549细胞中定量,且通过动力学、抑制剂和实际样本实验验证。
研究意义
作者提出该策略为监测DNA损伤相关修复酶提供了一个简便且通用的平台,在DNA修复相关的生化研究、临床诊断、药物发现和癌症治疗方面具有巨大潜力。

研究路径

按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。

1

验证hAAG特异性切割HP1

验证hAAG是否能在APE1存在下特异性切割含有2′-脱氧肌苷的HP1,并释放触发物1。

使用非变性聚丙烯酰胺凝胶电泳分析不同条件下的切割产物:仅APE1+HP1,以及hAAG+APE1+HP1,并与合成的19-nt切割产物和25-nt触发物1对照。

2

验证T7外切酶辅助的自催化循环扩增

验证由触发物1启动的T7外切酶循环切割HP2并释放触发物2的过程。

将上述切割产物加入含有HP2、信号探针和T7外切酶的扩增反应体系,反应后通过非变性PAGE分析产物,观察触发物2的产生。

3

优化实验条件

确定最佳扩增反应时间、HP2浓度、信号探针浓度和T7外切酶用量,以实现最佳检测性能。

通过系统改变上述参数,测量荧光强度,确定最优条件。

4

检测灵敏度评价

评估方法对不同浓度hAAG的检测灵敏度。

在最优条件下,测量不同浓度hAAG(1×10⁻⁵至0.1 U/μL)的荧光光谱,并建立荧光强度与hAAG浓度的线性关系。

5

选择性评价

验证方法对hAAG的特异性,排除其他干扰蛋白的影响。

分别以BSA、IgG、TDG、UDG、hOGG1和缓冲液对照,测量荧光信号,并与hAAG信号比较。

6

酶动力学分析

测定hAAG的动力学参数(Km和Vmax)。

在0.1 U/μL hAAG和0.3 U/μL APE1存在下,改变HP1浓度,测量初始速度,并根据Michaelis-Menten方程拟合。

7

抑制剂筛选

评估方法用于筛选hAAG抑制剂的可行性。

以CdCl2为模型抑制剂,将不同浓度的CdCl2与hAAG预孵育,然后进行切除反应和扩增反应,计算相对活性并测定IC50。

8

实际样本分析

验证方法在癌细胞及人血清中的适用性。

提取HeLa和A549细胞的核和全细胞提取物,检测hAAG活性;同时在不同数量细胞(1至10000)中测量荧光;并检测加标正常人血清中的回收率。

研究方法

按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。

产品清单

实验环节名称品牌货号
人烷基腺嘌呤DNA糖基化酶New England BioLabs--
10× ThermoPol反应缓冲液New England BioLabs--
人脱嘌呤/脱嘧啶核酸内切酶New England BioLabs--
10× NEBuffer 4 缓冲液New England BioLabs--
T7外切酶New England BioLabs--
尿嘧啶DNA糖基化酶New England BioLabs--
胸腺嘧啶DNA糖基化酶R&D System--
硫酸铵Sigma Aldrich Company--
硫酸镁Sigma Aldrich Company--
氯化钠Sigma Aldrich Company--
氯化镁Sigma Aldrich Company--
氯化铬(II)Sigma Aldrich Company--
牛血清白蛋白Sigma Aldrich Company--
SYBR Gold核酸染料Life Technologies--
兔抗hAAG多克隆抗体Shenzhen ZIKER Biotech Co., Ltd.ZIKER-2412R
肌动蛋白Wuhan Service Biotech Co., Ltd.GB12001
组蛋白H3Wuhan Service Biotech Co., Ltd.RLM3038
蛋白质印迹检测试剂盒ElabscienceE-IR-R304A
化学发光底物检测试剂盒ElabscienceE-BC-R347
酶联免疫吸附测定试剂盒ZIKER BioZK-H2553
日立F-7000荧光分光光度计HitachiF-7000
ChemiDoc MP成像系统Bio-Rad--
爱普生V300扫描仪EpsonV300
SpectraMax i3× 多功能酶标仪Molecular Devicesi3×
DMEM培养基----
胎牛血清----
青霉素-链霉素Gibco--
磷酸盐缓冲液Gibco--
核提取试剂盒Active Motif40010
寡核苷酸Sangon Biotech Co., Ltd.--

关键环节

汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。

环节核对要点
hAAG切除反应
hAAG浓度(0.1 U/μL)、APE1浓度(0.3 U/μL)、HP1浓度(1 μM)、缓冲液成分、反应温度(37°C)和时间(60 min)
阅读提示:见Materials and Methods中'DNA repair-controlled T7 exo-assisted autocatalytic recycling signal amplification'部分,以及图2图注。
T7外切酶辅助扩增反应
HP2浓度(250 nM)、信号探针浓度(700 nM)、T7外切酶用量(15 U)、反应温度(25°C)和时间(50 min)、避光条件
阅读提示:见Materials and Methods中'DNA repair-controlled T7 exo-assisted autocatalytic recycling signal amplification'部分,以及图3图注。
荧光测量
激发波长(491 nm)、扫描范围(505-620 nm)、记录荧光强度波长(520 nm)、样品稀释倍数(20 μL扩增产物稀释至60 μL)
阅读提示:见Materials and Methods中'Fluorescence measurement and gel electrophoresis'部分。
凝胶电泳
PAGE浓度(12%)、缓冲液成分(1× TBE)、电压(110 V)、时间(45 min)、染色剂(SYBR Gold)
阅读提示:见Materials and Methods中'Fluorescence measurement and gel electrophoresis'部分及图2图注。
动力学分析
hAAG浓度(0.1 U/μL)、APE1浓度(0.3 U/μL)、HP1浓度范围(0-16 nM)、反应时间(5 min)以确保初始速率,拟合模型(Michaelis-Menten)
阅读提示:见Materials and Methods中'Kinetic assay'部分及图5图注。
抑制剂筛选
CdCl2浓度范围(0-200 μM)、预孵育时间(15 min)、hAAG浓度(0.1 U/μL)和APE1浓度(0.3 U/μL),IC50计算方法
阅读提示:见Materials and Methods中'Inhibition assay'部分及图6图注。
细胞培养和裂解物制备
细胞系(HeLa和A549)、培养基(DMEM+10%FBS+1%青霉素-链霉素)、培养条件(37°C,5% CO2)、收集和洗涤步骤(PBS、800 rpm离心5 min)、核提取试剂盒(Active Motif 40010)
阅读提示:见Materials and Methods中'Cell culture and preparation of cellular extracts'部分。
Western blotting分析
抗体信息(抗hAAG多克隆抗体,ZIKER-2412R;actin,GB12001;histone H3,RLM3038)、内参蛋白、检测试剂盒(E-IR-R304A,E-BC-R347)
阅读提示:见Materials and Methods中'Western blotting and ELISA analyses'部分。