验证hAAG特异性切割HP1
验证hAAG是否能在APE1存在下特异性切割含有2′-脱氧肌苷的HP1,并释放触发物1。
使用非变性聚丙烯酰胺凝胶电泳分析不同条件下的切割产物:仅APE1+HP1,以及hAAG+APE1+HP1,并与合成的19-nt切割产物和25-nt触发物1对照。
Controllable Autocatalytic Cleavage-Mediated Fluorescence Recovery for Homogeneous Sensing of Alkyladenine DNA Glycosylase from Human Cancer Cells.
包含体外荧光检测、凝胶电泳验证、动力学参数测定、抑制剂筛选以及细胞裂解物和加标血清等实际样本分析等多个独立证据层级,并进行了功能验证和机制验证。
HeLa细胞(人宫颈癌细胞系) A549细胞(人肺腺癌细胞系) 正常人类血清(加标回收实验)
HP1浓度:2 μL HP1 (1 μM) 用于切除反应 AP核酸内切酶1浓度:0.3 U/μL APE1 T7外切酶量:15 U 信号探针浓度:700 nM 孵育时间:37°C 60 min(切除反应),25°C 50 min(扩增反应)
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
验证hAAG是否能在APE1存在下特异性切割含有2′-脱氧肌苷的HP1,并释放触发物1。
使用非变性聚丙烯酰胺凝胶电泳分析不同条件下的切割产物:仅APE1+HP1,以及hAAG+APE1+HP1,并与合成的19-nt切割产物和25-nt触发物1对照。
验证由触发物1启动的T7外切酶循环切割HP2并释放触发物2的过程。
将上述切割产物加入含有HP2、信号探针和T7外切酶的扩增反应体系,反应后通过非变性PAGE分析产物,观察触发物2的产生。
确定最佳扩增反应时间、HP2浓度、信号探针浓度和T7外切酶用量,以实现最佳检测性能。
通过系统改变上述参数,测量荧光强度,确定最优条件。
评估方法对不同浓度hAAG的检测灵敏度。
在最优条件下,测量不同浓度hAAG(1×10⁻⁵至0.1 U/μL)的荧光光谱,并建立荧光强度与hAAG浓度的线性关系。
验证方法对hAAG的特异性,排除其他干扰蛋白的影响。
分别以BSA、IgG、TDG、UDG、hOGG1和缓冲液对照,测量荧光信号,并与hAAG信号比较。
测定hAAG的动力学参数(Km和Vmax)。
在0.1 U/μL hAAG和0.3 U/μL APE1存在下,改变HP1浓度,测量初始速度,并根据Michaelis-Menten方程拟合。
评估方法用于筛选hAAG抑制剂的可行性。
以CdCl2为模型抑制剂,将不同浓度的CdCl2与hAAG预孵育,然后进行切除反应和扩增反应,计算相对活性并测定IC50。
验证方法在癌细胞及人血清中的适用性。
提取HeLa和A549细胞的核和全细胞提取物,检测hAAG活性;同时在不同数量细胞(1至10000)中测量荧光;并检测加标正常人血清中的回收率。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| DNA修复反应 | 人烷基腺嘌呤DNA糖基化酶 | New England BioLabs | -- |
| 10× ThermoPol反应缓冲液 | New England BioLabs | -- | |
| 人脱嘌呤/脱嘧啶核酸内切酶 | New England BioLabs | -- | |
| 10× NEBuffer 4 缓冲液 | New England BioLabs | -- | |
| 信号放大反应 | T7外切酶 | New England BioLabs | -- |
| 对照实验 | 尿嘧啶DNA糖基化酶 | New England BioLabs | -- |
| 胸腺嘧啶DNA糖基化酶 | R&D System | -- | |
| 缓冲液配制 | 硫酸铵 | Sigma Aldrich Company | -- |
| 硫酸镁 | Sigma Aldrich Company | -- | |
| 氯化钠 | Sigma Aldrich Company | -- | |
| 氯化镁 | Sigma Aldrich Company | -- | |
| 抑制剂实验 | 氯化铬(II) | Sigma Aldrich Company | -- |
| 对照实验 | 牛血清白蛋白 | Sigma Aldrich Company | -- |
| 凝胶电泳 | SYBR Gold核酸染料 | Life Technologies | -- |
| Western blotting | 兔抗hAAG多克隆抗体 | Shenzhen ZIKER Biotech Co., Ltd. | ZIKER-2412R |
| 肌动蛋白 | Wuhan Service Biotech Co., Ltd. | GB12001 | |
| 组蛋白H3 | Wuhan Service Biotech Co., Ltd. | RLM3038 | |
| 蛋白质印迹检测试剂盒 | Elabscience | E-IR-R304A | |
| 化学发光底物检测试剂盒 | Elabscience | E-BC-R347 | |
| ELISA分析 | 酶联免疫吸附测定试剂盒 | ZIKER Bio | ZK-H2553 |
| 荧光测量 | 日立F-7000荧光分光光度计 | Hitachi | F-7000 |
| 凝胶成像 | ChemiDoc MP成像系统 | Bio-Rad | -- |
| Western blotting扫描 | 爱普生V300扫描仪 | Epson | V300 |
| ELISA读数 | SpectraMax i3× 多功能酶标仪 | Molecular Devices | i3× |
| 细胞培养 | DMEM培养基 | -- | -- |
| 胎牛血清 | -- | -- | |
| 青霉素-链霉素 | Gibco | -- | |
| 磷酸盐缓冲液 | Gibco | -- | |
| 细胞提取 | 核提取试剂盒 | Active Motif | 40010 |
| 寡核苷酸合成 | 寡核苷酸 | Sangon Biotech Co., Ltd. | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| hAAG切除反应 | hAAG浓度(0.1 U/μL)、APE1浓度(0.3 U/μL)、HP1浓度(1 μM)、缓冲液成分、反应温度(37°C)和时间(60 min) 阅读提示:见Materials and Methods中'DNA repair-controlled T7 exo-assisted autocatalytic recycling signal amplification'部分,以及图2图注。 |
| T7外切酶辅助扩增反应 | HP2浓度(250 nM)、信号探针浓度(700 nM)、T7外切酶用量(15 U)、反应温度(25°C)和时间(50 min)、避光条件 阅读提示:见Materials and Methods中'DNA repair-controlled T7 exo-assisted autocatalytic recycling signal amplification'部分,以及图3图注。 |
| 荧光测量 | 激发波长(491 nm)、扫描范围(505-620 nm)、记录荧光强度波长(520 nm)、样品稀释倍数(20 μL扩增产物稀释至60 μL) 阅读提示:见Materials and Methods中'Fluorescence measurement and gel electrophoresis'部分。 |
| 凝胶电泳 | PAGE浓度(12%)、缓冲液成分(1× TBE)、电压(110 V)、时间(45 min)、染色剂(SYBR Gold) 阅读提示:见Materials and Methods中'Fluorescence measurement and gel electrophoresis'部分及图2图注。 |
| 动力学分析 | hAAG浓度(0.1 U/μL)、APE1浓度(0.3 U/μL)、HP1浓度范围(0-16 nM)、反应时间(5 min)以确保初始速率,拟合模型(Michaelis-Menten) 阅读提示:见Materials and Methods中'Kinetic assay'部分及图5图注。 |
| 抑制剂筛选 | CdCl2浓度范围(0-200 μM)、预孵育时间(15 min)、hAAG浓度(0.1 U/μL)和APE1浓度(0.3 U/μL),IC50计算方法 阅读提示:见Materials and Methods中'Inhibition assay'部分及图6图注。 |
| 细胞培养和裂解物制备 | 细胞系(HeLa和A549)、培养基(DMEM+10%FBS+1%青霉素-链霉素)、培养条件(37°C,5% CO2)、收集和洗涤步骤(PBS、800 rpm离心5 min)、核提取试剂盒(Active Motif 40010) 阅读提示:见Materials and Methods中'Cell culture and preparation of cellular extracts'部分。 |
| Western blotting分析 | 抗体信息(抗hAAG多克隆抗体,ZIKER-2412R;actin,GB12001;histone H3,RLM3038)、内参蛋白、检测试剂盒(E-IR-R304A,E-BC-R347) 阅读提示:见Materials and Methods中'Western blotting and ELISA analyses'部分。 |