CLL小鼠模型构建与感染易感性评估
建立CLL小鼠模型,并评估其对UPEC感染的易感性是否增加。
使用Eµ-TCL1细胞过继转移构建CLL小鼠,经尿道感染UPEC-GFP,21小时后通过荧光显微镜定量膀胱细菌负荷。
Proteomic and bioinformatic profiling of neutrophils in CLL reveals functional defects that predispose to bacterial infections
包含小鼠CLL模型、UTI模型、蛋白质组学、生物信息学、功能验证及患者样本验证等多个独立证据层级。
Eµ-TCL1小鼠CLL模型 UPEC尿路感染小鼠模型 CLL患者血液样本
CLL小鼠模型:肿瘤负荷>20% CD5+CD19+ B细胞 UPEC感染剂量:5×10^8 CFU经尿道接种 中性粒细胞分离:骨髓和血液经MACS和FACS分选Ly6G+细胞 CD62L和CXCR4表达:流式细胞术检测 患者样本:14例CLL患者
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
建立CLL小鼠模型,并评估其对UPEC感染的易感性是否增加。
使用Eµ-TCL1细胞过继转移构建CLL小鼠,经尿道感染UPEC-GFP,21小时后通过荧光显微镜定量膀胱细菌负荷。
比较CLL与对照小鼠骨髓和血液中性粒细胞的蛋白质组差异。
通过MACS和FACS分选Ly6G+中性粒细胞,进行LC-MS/MS分析,使用Proteome Discoverer和Progenesis QI进行蛋白质鉴定和定量,随后进行差异蛋白分析。
通过GSEA和STRING分析识别受CLL影响的中性粒细胞功能通路和蛋白相互作用网络。
使用GSEA和STRING分析差异蛋白,鉴定干扰素信号、颗粒组成和迁移相关通路的变化,并通过机器学习(RFC)确定关键特征蛋白。
验证蛋白质组学发现的颗粒功能缺陷。
通过流式细胞术检测中性粒细胞MPO表达和吞噬pHrodo标记大肠杆菌后的吞噬溶酶体酸化程度。
验证CLL中性粒细胞迁移能力是否受损。
在UPEC感染后,通过荧光显微镜定量膀胱内中性粒细胞浸润数量,并评估其与细菌负荷的关系。
验证CD62L和CXCR4表达变化,并评估其在CLL患者中的相关性。
通过流式细胞术检测小鼠和患者中性粒细胞CD62L和CXCR4表达,并进行线性回归分析与CLL负荷和感染发生率的相关性。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞分选 | 中性粒细胞分离试剂盒 | Miltenyi Biotec | 130-097-658 |
| 流式细胞术 | CD5抗体 | eBioscience | 45-0051-82 |
| 人CD16抗体 | BD Bioscience | 557744 | |
| CD19抗体 | BioLegend | 115539, 115507 | |
| CD45抗体 | BioLegend | 103154 | |
| CD62L抗体 | BioLegend | 104437 | |
| 人CD62L抗体 | BD Bioscience | 560440 | |
| 人CD66b抗体 | Beckmann Coulter | IM0531U | |
| 免疫荧光 | 鸡抗GFP抗体 | Aves | GFP-1020 |
| 流式细胞术 | CXCR4抗体 | BioLegend | 146511 |
| 人CXCR4抗体 | BioLegend | 306506 | |
| ICAM-1抗体 | BioLegend | 116105 | |
| 人ICAM-1抗体 | eBioscience | 17-0549-42 | |
| Ly6G抗体 | BioLegend | 127607 | |
| 蛋白质组学 | 碳酸氢铵 | PanReac AppliChem | A3583 0500 |
| 免疫荧光封闭 | 牛血清白蛋白 | GE Healthcare | K45-001 |
| 组织消化 | 胶原酶 | Sigma-Aldrich | C2674 |
| 免疫荧光 | DAPI | Life Technologies | D1306 |
| 蛋白质组学 | 二硫苏糖醇 | PanReac AppliChem | A1101 0025 |
| 组织消化 | 脱氧核糖核酸酶I | Sigma-Aldrich | D4513-1VL |
| 动物麻醉 | 异氟烷 | Abbott | NA |
| 细菌培养 | LB培养基 | Carl Roth GmbH | X64. |
| 免疫荧光固定 | L-赖氨酸 | Sigma-Aldrich | L5626 |
| 细胞培养 | 磷酸盐缓冲液 | Life Technologies | 18912-014 |
| 吞噬实验 | pHrodo Green大肠杆菌生物颗粒偶联物(用于吞噬) | Thermo Fisher Scientific | P35366 |
| 免疫荧光固定 | 磷酸盐缓冲液 | Sigma-Aldrich | 71500 |
| 磷酸二氢钠和磷酸氢二钠 | Carl Roth GmbH | P030.1 | |
| 蛋白质组学 | RapiGest SF表面活性剂 | Waters | 186001861 |
| 免疫荧光 | 蔗糖 | Carl Roth GmbH | 9097.1 |
| 免疫荧光包埋 | Tissue-Tek OCT包埋剂 | Sakura | 4583 |
| 免疫荧光 | Triton X-100 | Carl Roth GmbH | 3051.4 |
| 蛋白质组学 | 胰蛋白酶 | Serva | 37286 |
| 动物模型 | C57BL/6J小鼠 | Jackson Laboratories | 000664 |
| UPEC菌株536gfp | Engel et al | doi:10.1128/IAI.00881-06 | |
| 质谱分析 | Orbitrap Elite质谱仪 | -- | -- |
| Ultimate 3000 RSLCnano系统 | -- | -- | |
| Acclaim PepMap 100捕集柱 | -- | -- | |
| Acclaim PepMap RSLC分析柱 | -- | -- | |
| 免疫荧光成像 | 蔡司AxioObserverZ1显微镜 | Zeiss | -- |
| 软件 | FlowJo 10 | FlowJo | RRID:SCR_008520 |
| GraphPad Prism 8 | GraphPad Software | RRID:SCR_002798 |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| CLL小鼠模型 | CLL细胞来源、注射细胞数、小鼠品系和性别、肿瘤负荷标准 阅读提示:Methods: Mice and CLL induction |
| UTI模型 | UPEC菌株、培养条件、感染剂量、感染途径、检测时间 阅读提示:Methods: Murine UTI model |
| 中性粒细胞蛋白质组学 | 样本来源、分离方法、质谱参数、数据处理流程 阅读提示:Methods: Neutrophil cell isolation, Sample preparation and LC-MS/MS analysis, Protein identification and data analysis |
| 流式细胞术 | 抗体克隆号、稀释度、染色条件、门控策略 阅读提示:Methods: FC analysis, Table 1, Figure legends |
| 功能实验 | MPO和酸化检测的具体试剂、孵育时间、样本量 阅读提示:Results: Altered composition of neutrophil granule proteins, Figure 5 legends |
| 患者样本分析 | 患者纳入标准、样本数量、CLL负荷指标 阅读提示:Methods: FC analysis (human blood samples), Results: Aberrant expression of surface molecules, Figure 7 legends |