转录组筛选候选基因
从产后奶牛血液转录组数据中筛选与胎衣不下相关的差异表达基因,并优先考虑与激素反应和细胞粘附相关的功能基因。
重新分析了已发表的RNA-seq数据集(GSE214588),鉴定出706个差异表达基因,并通过GO和KEGG富集分析以及PPI网络分析,将SGK1作为首要候选基因。
SGK1 Is Upregulated in Retained Placenta and Mediates Estradiol Effects in Bovine Endometrial Cells.
研究包含组织样本(胎衣不下和正常对照)的基因和蛋白表达分析,以及体外细胞模型中的功能实验(siRNA敲低、E2处理),但缺乏体内功能验证和较大样本验证。
牛子宫内膜上皮细胞系(BEND) 奶牛胎儿子叶组织(RP组和NC组) 产后奶牛外周血转录组数据
E2处理浓度:1 ng/mL E2处理时间:48小时 si-SGK1-1转染后48小时进行检测 组织样本每组3头奶牛 细胞实验进行三次独立重复
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
从产后奶牛血液转录组数据中筛选与胎衣不下相关的差异表达基因,并优先考虑与激素反应和细胞粘附相关的功能基因。
重新分析了已发表的RNA-seq数据集(GSE214588),鉴定出706个差异表达基因,并通过GO和KEGG富集分析以及PPI网络分析,将SGK1作为首要候选基因。
验证SGK1在胎衣不下胎儿子叶组织中的表达水平及其与细胞表型变化的相关性。
通过qPCR、Western blot和免疫组化检测NC和RP组胎儿子叶组织中SGK1的表达,并分析凋亡、紧密连接和EMT标志物的表达。
确定E2处理的最佳浓度和时间,并筛选有效的SGK1 siRNA序列,为后续功能实验建立细胞模型。
在BEND细胞中用不同浓度E2处理,检测SGK1表达变化;同时转染不同si-SGK1序列,评估敲低效率。
验证E2是否上调BEND细胞中SGK1的表达,以及SGK1敲低是否影响这种调控。
设置NC、E2、si-NC、si-SGK1、E2+si-NC、E2+si-SGK1六组,通过qPCR、Western blot和免疫荧光检测SGK1表达。
探讨SGK1是否为E2在BEND细胞中抑制凋亡所必需。
在各处理组中检测凋亡相关蛋白BAX、Bcl-2、Caspase-3和Cleaved Caspase-3的表达,并计算Bax/Bcl-2比值。
评估SGK1敲低对E2诱导的紧密连接蛋白表达、EMT标志物变化和细胞迁移能力的影响。
通过qPCR和Western blot检测ZO-1、Occludin、E-cadherin、N-cadherin的表达,通过划痕实验检测细胞迁移。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| RNA提取与qPCR | TransZol Up试剂 | Invitrogen | -- |
| 逆转录 | Evo M-MLV逆转录试剂盒(含gDNA清除) | Accurate Biology | -- |
| qPCR | SYBR Green预混液 | Accurate Biology | -- |
| LightCycler 96实时荧光定量PCR仪 | Roche | -- | |
| 免疫组化 | Histostain™-Plus试剂盒 | Bioss Biotechnology | -- |
| DAB显色试剂盒 | Bioss Biotechnology | -- | |
| 光学显微镜 | Olympus | -- | |
| 细胞培养 | DMEM/F-12培养基 | Gibco | -- |
| 胎牛血清 | Invitrogen | -- | |
| 青霉素/链霉素 | Solarbio | -- | |
| 药物处理 | 雌二醇 | Macklin | -- |
| 细胞培养 | 二甲基亚砜 | -- | -- |
| siRNA转染 | PepMute™ siRNA转染试剂 | SignaGen Laboratories | -- |
| si-SGK1 | Azenta | -- | |
| 免疫荧光 | Triton X-100 | Bioss | -- |
| 牛血清白蛋白 | Solarbio | -- | |
| 抗SGK1抗体 | Proteintech | 28454-1-AP | |
| Alexa Fluor® 488标记的山羊抗兔二抗 | -- | -- | |
| DAPI | -- | -- | |
| Western blot | RIPA裂解液 | Solarbio | -- |
| PMSF | -- | -- | |
| BCA蛋白定量试剂盒 | Solarbio | -- | |
| PVDF膜 | Millipore | -- | |
| 抗GAPDH抗体 | Proteintech | 60004-1-Ig | |
| 抗SGK1抗体 | Proteintech | 28454-1-AP | |
| 抗BAX抗体 | Proteintech | 50599-2-Ig | |
| 抗Caspase-3抗体 | Abmart | TA6311 | |
| 抗Bcl2抗体 | Abmart | T40056 | |
| 抗ZO1抗体 | Proteintech | 21773-1-AP | |
| 抗Occludin抗体 | Proteintech | 27260-AP | |
| 抗E-cadherin抗体 | Proteintech | 20874-1-AP | |
| 抗N-cadherin抗体 | Proteintech | 22018-1-AP | |
| 山羊抗兔IgG | Proteintech | SA00001-2 | |
| 山羊抗小鼠IgG | Proteintech | SA00001-1 | |
| ECL化学发光试剂盒 | Abnova | -- | |
| 数据分析 | ImageJ 1.48 | NIH | -- |
| 统计分析 | GraphPad Prism 9 | -- | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 转录组分析 | 产后血液样本采集时间:0.5-3小时;NC和RP组各3头;RNA提取使用TRIzol;文库制备试剂盒;测序平台 阅读提示:Methods 2.2 |
| 组织样本验证 | 胎儿子叶组织采集时间:NC产后0.5-3小时,RP产后12-24小时;每组3头;qPCR内参GAPDH;Western blot上样量30 μg;免疫组化抗体稀释度1:150 阅读提示:Methods 2.1, 2.3, 2.4, 2.7 |
| 细胞培养与处理 | BEND细胞培养条件:DMEM/F-12+10%FBS+1%青霉素/链霉素,37°C,5% CO2;E2处理浓度1 ng/mL,处理48小时;siRNA转染试剂PepMute™,si-SGK1-1序列见补充表S1 阅读提示:Methods 2.5 |
| 凋亡检测 | 检测BAX、Bcl-2、Caspase-3、Cleaved Caspase-3蛋白表达;计算Bax/Bcl-2比值;重复次数3 阅读提示:Figures 8A-E |
| 紧密连接和EMT检测 | 检测ZO-1、Occludin、E-cadherin、N-cadherin的mRNA和蛋白水平;划痕实验评估迁移 阅读提示:Figures 9A-E |