RBM23表达验证
验证RBM23在结肠癌中是否过表达
通过Western blot和qRT-PCR检测正常结肠细胞系CCD-18Co和结肠癌细胞系(HCT116, HT29, LOVO, LS513, DLD-1, COLO205, HCT15)中RBM23的蛋白和mRNA表达水平。
Inhibition of RBM23 induces ferroptosis in colon cancer cells via c-Myc regulation.
包含体外细胞实验(CCK-8、集落形成、Western blot、qRT-PCR、免疫荧光)和生物信息学分析(KMplot、GEPIA2、GSEA),但缺乏体内动物模型验证。
结肠癌细胞系HCT116 结肠癌细胞系HCT15 正常结肠细胞系CCD-18Co
RBM23 siRNA敲低浓度100 nM,处理72小时 细胞活力检测使用CCK-8,种植密度1×10^4 cells/well 集落形成实验种植密度7×10^4 cells/well,再种1×10^3 cells/well,培养1周 铁死亡抑制剂Ferrostatin-1浓度10 µM,处理16小时 N-乙酰半胱氨酸(NAc)浓度5 mM,处理24小时
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
验证RBM23在结肠癌中是否过表达
通过Western blot和qRT-PCR检测正常结肠细胞系CCD-18Co和结肠癌细胞系(HCT116, HT29, LOVO, LS513, DLD-1, COLO205, HCT15)中RBM23的蛋白和mRNA表达水平。
评估RBM23敲低对结肠癌细胞增殖和存活的影响
使用siRNA敲低HCT116和HCT15细胞中的RBM23,通过CCK-8实验检测细胞活力,通过集落形成实验检测增殖能力。
探究RBM23敲低如何影响c-Myc表达
通过Western blot检测c-Myc蛋白水平,免疫荧光观察亚细胞定位,放线菌酮追踪实验分析蛋白稳定性,血清刺激实验检测c-Myc诱导。同时共转染RBM23和RPL5 siRNA验证RPL5的介导作用。
验证RBM23敲低是否影响糖酵解途径和葡萄糖代谢
通过Western blot检测糖酵解酶(HK2, PKM2, PDH, LDHA)表达,葡萄糖摄取实验检测2-DG摄取,qRT-PCR检测GLUT1 mRNA水平,测量OCR和ECAR。
验证RBM23敲低是否诱导铁死亡
Western blot检测铁死亡相关蛋白(GPX4, SLC7A11, KEAP1, FTH1),C11-BODIPY染色检测脂质ROS,DCFH-DA检测ROS,FerroOrange检测铁积累,胱氨酸饥饿实验评估敏感性。
利用公共数据验证RBM23的临床相关性
使用KMplot进行生存分析,GEPIA2进行相关性分析,GSEA和KEGG富集分析,GO分析。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养 | RPMI1640培养基 | 文中未明确说明 | -- |
| DMEM培养基 | 文中未明确说明 | -- | |
| 胎牛血清 | 文中未明确说明 | -- | |
| 细胞转染 | INTERFERin转染试剂 | Polyplus | -- |
| 细胞活力检测 | CCK-8试剂盒 | Dojindo | -- |
| 集落形成实验 | Diff-Quick染色试剂盒 | Sysmex Corporation | -- |
| Western blot | DC蛋白定量试剂盒 | Bio-Rad | -- |
| 硝酸纤维素膜 | Amersham | -- | |
| 脱脂奶粉 | MBcell | -- | |
| ECL化学发光液 | 文中未明确说明 | -- | |
| 亚细胞分级 | NE-PER核和胞质提取试剂盒 | Pierce | -- |
| 细胞处理 | Ferrostatin-1 | 文中未明确说明 | -- |
| N-乙酰半胱氨酸 | 文中未明确说明 | -- | |
| ROS检测 | DCFH-DA荧光探针 | 文中未明确说明 | -- |
| 免疫荧光 | c-Myc抗体 | Abcam | -- |
| Alexa Fluor® 488偶联的山羊抗兔IgG抗体 | 文中未明确说明 | -- | |
| DAPI染料 | Thermo Fisher Scientific | 文中未明确说明 | |
| qRT-PCR | Hybrid-R™ RNA提取试剂盒 | GeneAll | 305-101 |
| Maxime™ RT-PCR预混液 | Intron Biotechnology | 25082 | |
| PowerUp™ SYBR™ Green预混液 | Applied Biosystems™ | A25780 | |
| StepOne实时荧光定量PCR系统 | Thermo Fisher Scientific | -- | |
| 脂质过氧化检测 | BODIPY™ 581/591 C11荧光探针 | Thermo Fisher Scientific | -- |
| 葡萄糖摄取实验 | 葡萄糖摄取检测试剂盒(比色法) | Abcam | ab136955 |
| 质粒转染 | M87质粒MYC表达载体 | Addgene | 242633 |
| AccuFect转染试剂 | Bioneer | K-7920 | |
| 质粒提取 | Exgene Cell SV小提试剂盒 | GeneAll | 106-101 |
| 代谢检测 | 细胞外耗氧率检测试剂盒 | Dojindo | E297 |
| 细胞外酸化率荧光检测试剂盒 | Elabscience | E-BC-F069 | |
| 铁检测 | FerroOrange荧光探针 | Cell Signaling Technology | 36104S |
| 胱氨酸饥饿实验 | 缺乏L-胱氨酸、L-谷氨酰胺和L-甲硫氨酸的RPMI1640培养基 | Sigma Aldrich | R7515-100mL |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| RBM23表达验证 | 细胞系包括CCD-18Co、HCT116、HT29、LOVO、LS513、DLD-1、COLO205、HCT15;Western blot和qRT-PCR检测RBM23蛋白和mRNA水平;GAPDH作为内参。 阅读提示:参见Methods“Cell culture”和“Quantitative real-time PCR analysis” |
| RBM23敲低实验 | siRNA浓度100 nM,处理72小时;HCT116细胞种植密度:CCK-8为1×10^4 cells/well,集落形成初始7×10^4 cells/well再种1×10^3 cells/well。 阅读提示:参见Methods“RNA interference”、“Cytotoxicity assay”和“Colony formation assay” |
| c-Myc蛋白稳定性检测 | 放线菌酮浓度50 µg/ml,处理0、30、60、90分钟;血清刺激实验:0.2% FBS饥饿24小时,20% FBS再刺激0、6、12、24小时。 阅读提示:参见Methods“Cycloheximide chase assay”和“Serum stimulation” |
| 铁死亡诱导实验 | Ferrostatin-1浓度10 µM,预处理16小时;NAc浓度5 mM,预处理24小时;C11-BODIPY孵育30分钟;DCFH-DA孵育30分钟;FerroOrange孵育30分钟(1 µM)。 阅读提示:参见Methods“Ferroptosis inhibitor treatment”、“NAc treatment”、“DCFH-DA ROS assay”、“C11-BODIPY staining”和“FerroOrange staining” |
| 生物信息学分析 | 使用KMplot、GEPIA2、TCGA-COAD/READ数据库;生存分析、相关性分析、GSEA、KEGG、GO富集分析。 阅读提示:参见Methods“Bioinformatic analysis” |