siRNA筛选鉴定JAK-STAT通路调控因子
系统筛选DUB和ULP家族中调控I型干扰素诱导的JAK-STAT通路的基因。
使用靶向97个人DUB和ULP基因的siRNA文库,通过ISRE荧光素酶报告基因检测,并验证ISG转录和抗病毒活性。
SENP5 enhances antiviral innate immunity by promoting AURKA-dependent STAT2 phosphorylation.
包含siRNA筛选、细胞系实验、病毒复制检测、功能验证(SENP5突变体)、机制验证(Co-IP、去SUMO化、PP2A活性)等多个独立的证据层级。
HEK293T细胞 A549细胞 Huh7细胞 THP-1细胞
siRNA筛选:靶向97个人DUB和ULP家族基因 细胞系:HEK293T、A549、Huh7、THP-1 病毒感染:VSV和HSV-1,MOI=0.1 IFN-α处理:1000 IU/mL AURKA抑制剂Alisertib和PP2A抑制剂Endothall处理
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
系统筛选DUB和ULP家族中调控I型干扰素诱导的JAK-STAT通路的基因。
使用靶向97个人DUB和ULP基因的siRNA文库,通过ISRE荧光素酶报告基因检测,并验证ISG转录和抗病毒活性。
确定SENP5对VSV和HSV-1复制的影响。
在HEK293T、A549、THP-1细胞中敲低或过表达SENP5,感染VSV或HSV-1,检测病毒mRNA和蛋白水平。
确定SENP5是否通过调控STAT2磷酸化增强抗病毒免疫。
在IFN-α刺激或病毒感染的细胞中检测STAT2磷酸化水平。
确认SENP5的酶活性对其功能至关重要。
比较SENP5野生型和催化失活突变体对STAT2磷酸化、ISG表达和病毒复制的影响。
确定SENP5通过去SUMO化AURKA来调控STAT2磷酸化的分子机制。
通过Co-IP验证SENP5与AURKA的相互作用,并在AURKA敲低或过表达的情况下检测STAT2磷酸化、病毒复制和PP2A活性。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养 | DMEM培养基 | Gibco | -- |
| RPMI 1640培养基 | Gibco | -- | |
| 药物处理 | 重组人干扰素α-2a | MedChemExpress | -- |
| Alisertib | MedChemExpress | -- | |
| Endothall | MedChemExpress | -- | |
| MG132 | Selleck Chemicals | -- | |
| 转染 | Lipofectamine 3000 | Thermo Fisher Scientific | -- |
| Lipofectamine RNAiMAX | Thermo Fisher Scientific | -- | |
| 病毒浓缩 | 慢病毒浓缩液 | Servicebio | -- |
| 质粒构建 | pCMV-SENP5-3×Flag质粒 | Miaoling Biotechnology | -- |
| pCMV-AURKA-HA质粒 | Miaoling Biotechnology | -- | |
| pCMV-SUMO1/2/3/4-3×HA质粒 | Miaoling Biotechnology | -- | |
| pCMV-STAT2-HA质粒 | -- | -- | |
| pCMV-STAT2-Flag质粒 | -- | -- | |
| HBV表达质粒 | -- | -- | |
| pLKO.1-shSENP5质粒 | -- | -- | |
| RNA提取 | TRIzol试剂 | Invitrogen | -- |
| 逆转录 | Takara逆转录试剂盒 | Takara | -- |
| RT-qPCR | FastStart Universal SYBR Green预混液 | Roche | -- |
| CFX Connect实时荧光定量PCR检测系统 | Bio-Rad | -- | |
| Western blot | RIPA裂解液 | -- | -- |
| 蛋白酶抑制剂混合物 | Roche | -- | |
| PVDF膜 | -- | -- | |
| SENP5抗体 | Abcam | -- | |
| AURKA抗体 | Bioss | -- | |
| PP2A抗体 | CST | -- | |
| Flag抗体 | Beyotime | -- | |
| HA抗体 | Beyotime | -- | |
| VSV-G抗体 | Bioss | -- | |
| HSV-1-gD抗体 | Bioss | -- | |
| I型/III型干扰素信号通路抗体套件 | CST | -- | |
| 辣根过氧化物酶标记的二抗 | ZSGB-BIO | -- | |
| 增强化学发光底物 | Thermo Fisher Scientific | -- | |
| Co-IP | 蛋白A/G磁珠 | MCE | -- |
| 磷酸酶活性检测 | KRpTIRR磷酸化肽 | MedChemExpress | -- |
| 孔雀石绿磷酸盐检测试剂盒 | Elabscience | -- | |
| 免疫荧光 | AURKA抗体 | Proteintech | -- |
| STAT2抗体 | CST | -- | |
| Alexa Fluor 488山羊抗兔 | ZSGB-BIO | -- | |
| Alexa Fluor 594山羊抗小鼠 | ZSGB-BIO | -- | |
| DAPI | Beyotime | -- | |
| 荧光素酶报告基因检测 | 双荧光素酶报告基因检测系统 | Promega | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| siRNA筛选 | siRNA文库靶向基因列表;筛选细胞系;IFN-α刺激浓度和时间 阅读提示:Methods: Cell culture and reagents, Plasmids, small interfering RNAs (siRNAs) and transfection; Results: Targeted screening identifies novel regulators of JAK-STAT pathway from DUBs and ULPs; Figure 1 legend |
| 病毒感染 | 病毒株;感染复数(MOI);感染时间;细胞类型 阅读提示:Methods: Virus and viral infections; Figure 2 legend |
| 蛋白表达检测 | 抗体来源和货号;稀释比例;裂解液成分;检测设备 阅读提示:Methods: Western blot and Co-immunoprecipitation |
| 药物处理 | 药物名称;浓度;处理时间;组合处理顺序 阅读提示:Methods: Cell culture and reagents; Results: SENP5 regulates antiviral responses through AURKA-dependent mechanisms; Figure 6 legend |