识别核心NETs相关基因
系统探索ASH中NETs相关的关键基因
对ASII转录组数据(GSE103580、GSE28619)进行批次校正后,识别DEGs、WGCNA模块,并与NETs基因集取交集,得到22个核心基因。
A stage specific NETs-related signature in alcoholic steatohepatitis: from molecular subtyping to therapeutic vulnerabilities.
包含多组学生物信息学分析、机器学习验证、体外基因表达分析、短期及慢性动物模型验证、人体样本验证及药物预测和分子对接,层级完整。
短期NIAAA小鼠模型(Lieber-DeCarli液体饲料+急性灌胃) 慢性NIAAA小鼠模型(5周乙醇饮食+三次灌胃) 人类ASH患者肝组织样本
短期模型:5%乙醇液体饮食10天,第16天单次灌胃乙醇(31.5% v/v,5 g/kg) 慢性模型:5%乙醇饮食5周,随后连续三天每日灌胃乙醇(31.5% v/v,5 g/kg) 对照处理:等热量对照饮食和麦芽糖糊精灌胃(9 g/kg体重) 动物:8-10周龄雌性C57BL/6小鼠 抗体信息:FOS (1:100, Abclonal, A24620),MMP7 (1:200, Proteintech, 10374-2-AP),CXCL6 (1:200, Abclonal, TD13470)
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
系统探索ASH中NETs相关的关键基因
对ASII转录组数据(GSE103580、GSE28619)进行批次校正后,识别DEGs、WGCNA模块,并与NETs基因集取交集,得到22个核心基因。
从核心NETs相关基因中筛选出稳定且精简的ASH诊断生物标志物
使用LASSO、SVM-RFE和随机森林三种机器学习算法筛选核心基因,取交集获得最终特征基因。
评估诊断特征的准确性和外部泛化能力
通过ROC曲线、神经网络模型、列线图在训练队列中评估,并在独立外部队列中验证。
探索基于NETs诊断特征的ASH患者异质性
使用共识聚类分析对ASH样本进行分型,并分析亚型之间的免疫浸润和通路活性。
验证诊断特征在体内模型和人类样本中的表达模式
使用短期和慢性NIAAA小鼠模型,通过Western blot、免疫组化、免疫荧光检测FOS、MMP7、CXCL6的表达,并在人类ASH样本中检测。
识别可能靶向NETs特征基因的潜在治疗药物
使用DSigDB数据库进行药物富集分析,并通过分子对接预测候选化合物与FOS、MMP7的结合。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 动物实验 | Lieber-DeCarli液体饲料(乙醇) | Trophic Animal Feed High-Tech Co. Ltd | TP |
| Lieber-DeCarli液体饲料(对照) | Trophic Animal Feed High-Tech Co. Ltd | TP | |
| 氧化应激与脂质含量分析 | 超氧化物歧化酶检测试剂盒 | Nanjing Jiancheng Bioengineering Institute | A001-3 |
| 谷胱甘肽检测试剂盒 | Nanjing Jiancheng Bioengineering Institute | A006-2 | |
| 丙二醛检测试剂盒 | Nanjing Jiancheng Bioengineering Institute | A003-1 | |
| 总胆固醇检测试剂盒 | Nanjing Jiancheng Bioengineering Institute | A111-1 | |
| 甘油三酯检测试剂盒 | Nanjing Jiancheng Bioengineering Institute | A110-1 | |
| ELISA | 肿瘤坏死因子-α ELISA试剂盒 | NeoBioscience | EMC102a.96 |
| 白细胞介素-6 ELISA试剂盒 | NeoBioscience | EMC004.96 | |
| 白细胞介素-1β ELISA试剂盒 | NeoBioscience | EMC001b.96 | |
| 免疫组化 | 抗MPO抗体 | Abcam | ab188211 |
| 抗F4/80抗体 | CST | 70076S | |
| 抗MMP7抗体 | Proteintech | 10374-2-AP | |
| 抗CXCL6抗体 | Abclonal | TD13470 | |
| 免疫荧光 | 抗FOS抗体 | Abclonal | A24620 |
| Alexa Fluor 488标记二抗 | Proteintech | RGAR002 | |
| 抗组蛋白H3抗体 | Abcam | ab281584 | |
| TSA试剂盒 | ABclonal | RK05902 | |
| Western blot | 抗FOS抗体 | Abclonal | A24620 |
| 抗MMP7抗体 | Proteintech | 10374-2-AP | |
| 抗CXCL6抗体 | Abclonal | TD13470 | |
| 抗PPAR-α抗体 | Bioss | bs-23398R | |
| 抗PPAR-γ抗体 | Proteintech | 16643-1-AP | |
| 抗HO-1抗体 | Abmart | PY5393S | |
| 抗MDA抗体 | Abcam | ab27642 | |
| 抗Arg1抗体 | Proteintech | 16001-1-AP | |
| 抗MCP-1抗体 | CST | 2029S | |
| 抗IL-10抗体 | Proteintech | 82191-3-RR | |
| 抗β-肌动蛋白抗体 | Proteintech | 20536-1-AP | |
| 辣根过氧化物酶标记二抗 | Proteintech | SA00001-2 |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 动物模型建立 | 小鼠品系、性别、年龄、饮食方案、酒精浓度、灌胃剂量和时间 阅读提示:Methods 2.9,图5和图6的图注 |
| 组织学与生化分析 | 切片厚度、染色方法、血清ALT/AST测定方法 阅读提示:Methods 2.10 |
| 氧化应激和脂质含量测量 | 检测试剂盒品牌、货号、操作步骤 阅读提示:Methods 2.11 |
| ELISA | ELISA试剂盒品牌、货号、检测的细胞因子 阅读提示:Methods 2.12 |
| 免疫组化和免疫荧光 | 一抗、二抗、稀释倍数、抗原修复条件、染色定量方法 阅读提示:Methods 2.13和2.14,图5-6图注 |
| Western blot | 一抗名称、稀释倍数、内参、蛋白提取方法 阅读提示:Methods 2.15 |