数据获取与差异表达分析
识别HPV阴性与阳性HNSCC之间差异表达的FRGs
从TCGA数据库获取487例HNSCC样本(415例HPV阴性,72例HPV阳性),利用R软件limma包分析FRGs表达差异。
A prognostic model for human papillomavirus-negative head and neck squamous cell carcinoma based on a novel ferroptosis-related gene signature: Development, validation and elucidation of its relationship with the immune microenvironment.
包含TCGA数据挖掘、细胞培养(RT-qPCR、western blot、透射电镜)及临床样本免疫组化等多层级验证,并进行了功能验证(敲低/过表达)。
CAL27(HPV阴性)细胞系 UPCI-SCC-090(HPV阳性)细胞系 TCGA-HNSCC队列(HPV阴性亚组) 179例HNSCC患者石蜡样本
HPV阴性样本与HPV阳性样本的FRGs差异表达分析基于TCGA-HNSCC数据(415例HPV阴性 vs 72例HPV阳性) TRIB3在HPV阴性(CAL27)和HPV阳性(UPCI-SCC-090)细胞系中的表达验证(RT-qPCR、Western blot) TRIB3敲低实验:CAL27细胞转染siRNA,浓度为20 pmol/µl,转染后48小时检测Fe2+、GSH、MDA、ROS TRIB3过表达实验:UPCI-SCC-090细胞转染质粒,浓度为1 µg/µl,转染后48小时检测Fe2+、GSH、MDA、ROS IHC使用179例患者石蜡样本,TRIB3抗体稀释比1:300
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
识别HPV阴性与阳性HNSCC之间差异表达的FRGs
从TCGA数据库获取487例HNSCC样本(415例HPV阴性,72例HPV阳性),利用R软件limma包分析FRGs表达差异。
基于预后相关的FRGs构建HPV阴性HNSCC的预后模型
对25个预后相关FRGs进行LASSO Cox回归分析,筛选出10个基因,构建FRGscore模型,并利用训练、测试和组合队列进行验证。
评估不同风险组的免疫细胞浸润差异及与FRGs的相关性
使用CIBERSORT R脚本计算免疫细胞比例,比较高低风险组间免疫细胞组成,并进行相关性分析。
验证TRIB3在HPV阴性和阳性HNSCC中的表达差异
通过RT-qPCR、Western blot和免疫组化检测TRIB3在细胞系和患者样本中的表达。
验证TRIB3对HNSCC细胞铁死亡的影响
在CAL27细胞中敲低TRIB3,在UPCI-SCC-090细胞中过表达TRIB3,检测铁死亡相关指标(Fe2+、GSH、MDA、ROS)及线粒体形态。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养 | DMEM培养基 | Procell Life Science & Technology Co. Ltd. | -- |
| DMEM/F-12培养基 | Zhejiang Meisen Cell Technology Co., Ltd. | -- | |
| 胎牛血清 | Procell Life Science & Technology Co. Ltd. | -- | |
| RT-qPCR | 总RNA提取试剂盒 | Beijing Solarbio Science & Technology Co., Ltd. | R1200 |
| 逆转录试剂盒 | Shanghai Yeasen Biotechnology Co., Ltd. | 11141ES60 | |
| Hieff® qPCR SYBR Green预混液 | Shanghai Yeasen Biotechnology Co., Ltd. | 11201ES08 | |
| 实时荧光定量PCR仪 | Suzhou Molarray Co., Ltd. | -- | |
| 细胞培养 | 6孔板 | Sangon Biotech Co., Ltd. | F603201-9001 |
| 细胞转染 | Lipofectamine™ 3000转染试剂 | Thermo Fisher Scientific, Inc. | L3000008 |
| Western blotting | RIPA裂解液 | Beyotime Biotechnology | P0013B |
| 蛋白酶/磷酸酶抑制剂混合物 | Beyotime Biotechnology | P1045 | |
| BCA蛋白定量试剂盒 | Beijing Solarbio Science & Technology Co., Ltd. | PC0020 | |
| PVDF膜 | MilliporeSigma | IPVH00010 | |
| GAPDH抗体 | Proteintech Group Inc. | 10494-1-AP | |
| TRIB3抗体 | Affinity Biosciences, Ltd. | DF7844 | |
| ACSL1抗体 | GeneTex, Inc. | GTX112430 | |
| HRP标记的山羊抗兔IgG抗体 | BIOSS | bs-0295G-HRP | |
| 全自动化学发光图像分析系统 | Tanon Science & Technology Co., Ltd. | -- | |
| ECL底物 | Beyotime Biotechnology | P0018S-2 | |
| ROS检测 | ROS荧光检测试剂盒 | Wuhan Elabscience Biotechnology Co., Ltd. | E-BC-K138-F |
| 倒置荧光显微镜 | Sunny Optical Technology (Group) Co., Ltd. | -- | |
| 铁离子检测 | 细胞亚铁比色检测试剂 | Wuhan Elabscience Biotechnology Co., Ltd. | E-BC-K881-M |
| 酶标仪 | BioTek; Agilent Technologies, Inc. | -- | |
| GSH检测 | 还原型谷胱甘肽比色检测试剂盒 | Wuhan Elabscience Biotechnology Co., Ltd. | E-BC-K030-M |
| MDA检测 | 丙二醛比色检测试剂盒 | Wuhan Elabscience Biotechnology Co., Ltd. | E-BC-K028-M |
| 流式细胞术 | 碘化丙啶 | Beijing Solarbio Science & Technology Co., Ltd. | -- |
| 流式细胞仪 | Cytek Biosciences, Inc. | -- | |
| 透射电镜 | SPI-Pon 812包埋试剂盒 | SPI Supplies; Structure Probe, Inc. | 02663-AB |
| 透射电子显微镜 | Hitachi, Ltd. | -- | |
| 免疫组化 | 牛血清白蛋白 | Beijing Solarbio Science & Technology Co., Ltd. | C0221 |
| TRIB3抗体 | BIOSS | bs-7538R | |
| p16抗体 | HUABIO | HA721415 | |
| 山羊抗兔IgG/生物素二抗 | Beijing Solarbio Science & Technology Co., Ltd. | SHB134 |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| TCGA数据获取 | TCGA-HNSCC数据集包含487例样本,其中HPV阴性415例,HPV阳性72例 阅读提示:Materials and methods, Data sources |
| FRG差异表达分析 | 使用limma包比较HPV阴性vs HPV阳性表达差异,筛选标准未明示 阅读提示:Materials and methods, Identification of FRGs |
| 预后模型构建 | LASSO回归使用10-fold交叉验证,多变量Cox回归确定10个基因,风险评分公式已给出 阅读提示:Materials and methods, Identification and validation of prognostic signatures |
| 细胞培养 | CAL27细胞用高糖DMEM+10%FBS,UPCI-SCC-090用DMEM/F-12+10%FBS,37℃、5%CO2 阅读提示:Materials and methods, Cell culture |
| TRIB3敲低实验 | siRNA浓度为20 pmol/µl,转染量5 µl,转染后48小时检测 阅读提示:Materials and methods, Cell transfection of TRIB3 siRNA |
| TRIB3过表达实验 | 质粒浓度为1 µg/µl,转染量2 µl,转染后48小时检测 阅读提示:Materials and methods, Cell transfection for TRIB3 overexpression |
| 免疫组化 | 179例患者样本,TRIB3抗体稀释比1:300,p16抗体1:200 阅读提示:Materials and methods, Immunohistochemistry |