验证EspF对自噬的影响
确定EHEC EspF蛋白是否调节宿主细胞自噬过程。
使用稳定表达mRFP-GFP-LC3的HeLa细胞,分别感染野生型O157:H7(WT)和espF缺失株(ΔespF),通过荧光显微镜观察自噬斑点,并通过Western blot检测LC3B-II表达。
Enterohemorrhagic Escherichia coli targets Annexin A6 and ATG16L1 to inhibit autophagy and induce inflammation.
包含细胞实验(CRISPR/Cas9敲除、自噬流检测、免疫印迹)、巨噬细胞炎症检测(ELISA)和体内小鼠模型,并验证了分子机制(PI3K/mTOR、NF-κB)。
Caco-2细胞 HeLa细胞(稳定表达mRFP-GFP-LC3) THP-1细胞分化巨噬细胞 BALB/c小鼠感染模型
EHEC菌株(O157:H7 EDL933 WT、ΔespF、p-ΔespF)使用 感染复数(MOI=100)和感染时间(6小时或4小时) anxa6敲除Caco-2细胞构建(CRISPR/Cas9) EspF和ANXA6共表达质粒(pEYFP-EspF-T2A-ANXA6)处理 小鼠感染剂量(~5×10^10 CFU/mL,0.2 mL灌胃)和丝裂霉素处理(2.5 mg/kg)
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
确定EHEC EspF蛋白是否调节宿主细胞自噬过程。
使用稳定表达mRFP-GFP-LC3的HeLa细胞,分别感染野生型O157:H7(WT)和espF缺失株(ΔespF),通过荧光显微镜观察自噬斑点,并通过Western blot检测LC3B-II表达。
探究EspF与ANXA6共同表达对自噬的协同抑制作用。
将pEGFP-EspF单独或与pEYFP-EspF-T2A-ANXA6(共表达)转染HeLa细胞,检测LC3B-II和p62水平,并分析PI3K/AKT/mTOR通路蛋白表达。
确定ANXA6在自噬调节中的作用,并排除其对紧密连接的影响。
使用CRISPR/Cas9在Caco-2细胞中敲除anxa6,通过Western blot和免疫荧光验证敲除效果;检测EHEC感染后紧密连接蛋白ZO-1和Occludin的表达,并评估自噬标志物LC3B-II和p62的变化。
探究ANXA6缺失如何影响自噬相关蛋白表达及PI3K/mTOR信号通路。
在V2(对照)和KO(anxa6敲除)细胞中,转染pEGFP-EspF,检测PI3K p85α、p-p85α、mTOR、p-mTOR以及自噬相关蛋白ATG3、ATG5、ATG12、Beclin1、ATG16L1的表达。
确定EspF-ANXA6轴是否通过下调ATG16L1促进炎症反应。
在Caco-2细胞中转染EspF或共表达,检测ATG16L1表达;用PMA分化的THP-1巨噬细胞感染WT或ΔespF菌株,通过ELISA检测IL-1β释放,并检测NF-κB通路蛋白(p65, IκBα)磷酸化。
在动物模型中验证EHEC感染对肠道ANXA6表达的影响及其与炎症的相关性。
BALB/c小鼠经口感染WT、ΔespF或p-ΔespF菌株,并腹腔注射丝裂霉素增强感染,通过H&E染色评估组织病理,通过免疫组化检测ANXA6表达。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养 | DMEM培养基 | Thermo Fisher Scientific | -- |
| 胎牛血清 | ExCell Bio. | -- | |
| 青霉素-链霉素溶液 | Thermo Fisher Scientific | -- | |
| 细胞转染 | FuGENE HD转染试剂 | Promega | -- |
| Opti-MEM培养基 | Thermo Fisher Scientific | -- | |
| 细胞培养 | LB肉汤 | -- | -- |
| 细菌培养 | 卡那霉素 | -- | -- |
| 氯霉素 | -- | -- | |
| L-阿拉伯糖 | -- | -- | |
| 细胞感染 | 低糖DMEM | Thermo Fisher Scientific | -- |
| 细胞染色 | DAPI染色液 | Beyotime | -- |
| 共聚焦显微镜 | LSM880激光共聚焦显微镜 | Carl Zeiss AG | -- |
| 免疫印迹 | PVDF膜 | Merck Millipore | -- |
| 牛血清白蛋白 | Sigma-Aldrich | -- | |
| ECL化学发光底物试剂盒 | Merck Millipore | -- | |
| 免疫荧光 | 山羊血清 | -- | -- |
| 抗LC3B抗体 | Cell Signaling Technology | 3868S | |
| 抗ANXA6抗体 | Cell Signaling Technology | -- | |
| 山羊抗兔二抗 | AAT Bioquest | -- | |
| Hoechst染色液 | Beyotime | -- | |
| 基因编辑 | 聚凝胺 | Yeasen | -- |
| 嘌呤霉素 | Beyotime | -- | |
| 细胞分化 | 佛波醇肉豆蔻酸乙酸酯 | MedChemExpress | -- |
| ELISA | 人IL-1β ELISA试剂盒 | RayBiotech | -- |
| LDH检测 | 细胞毒性LDH检测试剂盒 | MedChemExpress | -- |
| 吸收光检测 | Spark多功能酶标仪 | Tecan Group Ltd. | -- |
| 动物实验 | 丝裂霉素 | -- | -- |
| 显微镜 | NIKON数码显微镜DS-FI2 | NIKON Corporation | -- |
| 免疫组织化学 | 抗ANXA6抗体(Proteintech) | Proteintech | -- |
| 二抗(ZSGB-BIO) | ZSGB-BIO | -- | |
| Western blot | 抗LC3B抗体 | Cell Signaling Technology | 3868S |
| 抗p62抗体 | Cell Signaling Technology | 5114S | |
| 抗ATG16L1抗体 | Cell Signaling Technology | 8089S | |
| 抗ANXA6抗体(Thermo Fisher) | Thermo Fisher | 720161 | |
| 抗ATG3抗体 | Cell Signaling Technology | 3415S | |
| 抗ATG5抗体 | Cell Signaling Technology | 12994S | |
| 抗ATG12抗体 | Cell Signaling Technology | 4180S | |
| 抗Beclin1抗体 | Cell Signaling Technology | 3495S | |
| 抗Akt抗体 | Cell Signaling Technology | 4691S | |
| 抗磷酸化Akt抗体 | Cell Signaling Technology | 9271S | |
| 抗PI3激酶p85α抗体 | Proteintech | 60225 | |
| 抗磷酸化PI3激酶p85α抗体 | Bioss | 3332 | |
| 抗mTOR抗体 | Cell Signaling Technology | 2972S | |
| 抗磷酸化mTOR抗体 | Cell Signaling Technology | 2971S | |
| 抗肌动蛋白抗体(兔) | Cell Signaling Technology | 8457S | |
| 抗肌动蛋白抗体(小鼠) | Cell Signaling Technology | 3700S | |
| 抗肌动蛋白抗体(兔多克隆) | Cell Signaling Technology | 4967S | |
| 抗NF-κB p65抗体 | Cell Signaling Technology | 4764S | |
| 抗磷酸化NF-κB p65抗体 | Cell Signaling Technology | 3031S | |
| 抗IκB-α抗体 | UpingBio | YP-Ab-01044 | |
| 抗磷酸化IκB-α抗体 | UpingBio | YP-Ab-01254 | |
| 山羊抗兔IgG(HRP偶联) | Cell Signaling Technology | 7074S | |
| 马抗小鼠IgG(HRP偶联) | Cell Signaling Technology | 7076S |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 细胞培养 | 细胞系来源(HeLa、Caco-2、THP-1)、培养基(DMEM+10%FBS+1%双抗)、培养条件(37°C、5% CO2) 阅读提示:Methods 2.1 |
| 细菌培养与感染 | 菌株(O157:H7 EDL933 WT、ΔespF、p-ΔespF)、培养条件(LB broth含抗生素)、感染前低糖DMEM激活T3SS、感染复数(MOI=100)、感染时间(取决于实验) 阅读提示:Methods 2.2 |
| 自噬流检测 | mRFP-GFP-LC3 HeLa细胞的使用、感染或转染时间(6小时感染或12小时转染)、共聚焦显微镜观察 阅读提示:Methods 2.3 |
| Western blot | 抗体列表及稀释比例(Table 1)、蛋白上样量、封闭和孵育条件 阅读提示:Methods 2.4, Table 1 |
| anxa6敲除细胞构建 | CRISPR/Cas9靶点序列、lentiCRISPRv2和包装质粒、感染条件(8 µg/mL polybrene、72小时)、筛选浓度(10 µg/mL puromycin) 阅读提示:Methods 2.6 |
| ELISA检测IL-1β | THP-1细胞分化(100 ng/mL PMA,48小时)、感染时间(4小时)、ELISA试剂盒操作 阅读提示:Methods 2.7 |
| LDH释放检测 | 细胞密度(2×10^5/24孔)、转染或感染条件、LDH试剂盒操作、计算公式 阅读提示:Methods 2.8 |
| 动物实验 | 小鼠品系、周龄、分组(每组8只)、菌液剂量(0.2 mL,~5×10^10 CFU/mL)、灌胃次数、丝裂霉素剂量(2.5 mg/kg)、观察时间(7天,每12小时) 阅读提示:Methods 2.9 |
| 免疫组化 | 组织切片厚度(5 µm)、抗原修复条件、抗体稀释度(ANXA6 1:100)、孵育时间 阅读提示:Methods 2.9 |