绵羊前体脂肪细胞分离与分化
建立绵羊脂肪细胞体外分化模型
从3只杜泊×小尾寒羊杂交羊羔皮下脂肪组织分离前体脂肪细胞,用含诱导剂I和II的培养基诱导分化。
PDK4 gene positively regulates fat deposition in ovine adipocytes.
包含体外细胞过表达、敲除实验及多组学分析,但缺乏体内动物模型验证。
绵羊皮下脂肪前体细胞 NIH/3T3小鼠胚胎成纤维细胞
绵羊前体脂肪细胞分离自3只2月龄雄性杂交羊(杜泊×小尾寒羊) PDK4过表达质粒转染6小时后,培养48小时 脂质组学每组6个生物学重复,转录组学每组3个生物学重复 NIH/3T3细胞PDK4敲除采用CRISPR/Cas9,电穿孔条件1300V, 30ms, 1脉冲 甘油三酯含量使用商业试剂盒(Prilax)在550nm测量
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
建立绵羊脂肪细胞体外分化模型
从3只杜泊×小尾寒羊杂交羊羔皮下脂肪组织分离前体脂肪细胞,用含诱导剂I和II的培养基诱导分化。
验证PDK4过表达效率
将PDK4过表达质粒转染绵羊前体脂肪细胞,通过qPCR检测PDK4 mRNA水平。
鉴定PDK4过表达影响的脂质种类
使用MTBE方法提取细胞脂质,LC-MS/MS鉴定脂质,筛选差异表达脂质。
鉴定PDK4过表达影响的下游基因
提取RNA,构建cDNA文库,DNBSEQ平台测序,进行差异表达和富集分析。
识别与脂质代谢相关的关键基因
通过O2PLS、CCA和Pearson相关分析,筛选与差异脂质相关的重要基因。
验证PDK4功能的保守性
使用CRISPR/Cas9敲除NIH/3T3细胞的PDK4基因,并验证敲除效率及对脂肪沉积的影响。
评估敲除PDK4对脂肪沉积的影响
对KO和WT细胞进行油红O染色、甘油三酯定量及下游基因表达检测。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞分离与培养 | 胶原酶II | Sangon Biotech | -- |
| 细胞培养 | DMEM-F12培养基 | Sigma | -- |
| 胎牛血清 | Gemini Bio-Products | -- | |
| 青霉素/链霉素 | Sigma | -- | |
| 细胞诱导分化 | 胰岛素 | Sigma | -- |
| 地塞米松 | Sigma | -- | |
| IBMX | Sigma | -- | |
| 细胞转染 | Lipofectamine 2000转染试剂 | Thermo Fisher Scientific | -- |
| Opti-MEM培养基 | Invitrogen | -- | |
| 脂质组学 | CSH C18色谱柱 | Waters | -- |
| 超高效液相色谱仪Nexera LC-30A | Shimadzu | -- | |
| Q-Exactive Plus质谱仪 | Thermo Fisher Scientific | -- | |
| 转录组测序 | TRIzol试剂 | Thermo Fisher Scientific | -- |
| NanoDrop One分光光度计 | NanoDrop Technologies | -- | |
| Qubit 3.0荧光计 | Life Technologies | -- | |
| DNBSEQ测序平台 | BGI Technologies Inc. | -- | |
| 基因敲除 | 嘌呤霉素 | -- | -- |
| qPCR | 逆转录试剂盒 | TaKaRa | -- |
| LightCycler 480实时荧光定量PCR仪 | Roche Applied Science | -- | |
| Western blot | 蛋白提取试剂盒 | Solarbio | -- |
| BCA蛋白定量试剂盒 | Beyotime | -- | |
| PPARG抗体 | Bioss | bs-0530R | |
| β-actin抗体 | Bioss | bs-1571R | |
| ChemiScope 6000 Touch成像系统 | Clinx Science Instruments | -- | |
| 数据分析 | SPSS 17.0统计软件 | IBM | -- |
| GraphPad Prism 6.0绘图软件 | GraphPad Software | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 绵羊前体脂肪细胞分离与分化 | 动物来源(3只2月龄雄性杜泊×小尾寒羊杂交羊)、分离方法(0.2%胶原酶II消化1小时)、培养条件(DMEM-F12、10% FBS、1%青霉素/链霉素)、诱导剂配方(10 μg/mL胰岛素、1.0 μM地塞米松、0.5 mM IBMX处理48小时,随后10 μg/mL胰岛素处理48小时)、分化时间(4或6天) 阅读提示:见Materials and Methods - Isolation, culture, and differentiation of preadipocytes |
| PDK4过表达 | 质粒构建(pEX4-PDK4,XhoI和HindIII酶切位点)、转染量(3 μg质粒、5 μL Lipofectamine 2000、200 μL Opti-MEM)、转染时间(6小时)、后续培养(48小时) 阅读提示:见Materials and Methods - Transfection and verification |
| 脂质组学分析 | 生物学重复数(每组6个)、提取方法(MTBE法)、LC-MS/MS参数(CSH C18柱、正负ESI模式)、差异脂质筛选标准(VIP>1, FC≥1.5或≤0.67, p<0.05) 阅读提示:见Materials and Methods - Lipidome sequencing 和 Results - Lipidome analysis |
| 转录组学分析 | 生物学重复数(每组3个)、测序平台(DNBSEQ)、参考基因组(Oar_rambouillet_v2.0)、差异基因筛选标准(|log2FC|>1, p-adj<0.05) 阅读提示:见Materials and Methods - Transcriptome sequencing 和 Results - Transcriptome analysis |
| NIH/3T3细胞PDK4敲除 | gRNA设计、电穿孔条件(1300V, 30ms, 1脉冲)、嘌呤霉素筛选浓度(2 μg/mL)、敲除验证(PCR和Sanger测序) 阅读提示:见Materials and Methods - Generation of PDK4-knockout NIH/3T3 cell line |